Re: [PerlChina] 欢迎测试自动流程图生成脚本
最好能同时给一个输入文件的范例。 在 2012年5月22日 下午1:08，eexpress 写道： > wget https://raw.github.com/eexpress/eexp-bin/master/flow.pl > > 支持各种源码，写几行注释，生成流程图。依赖graphviz。欢迎测试，找出不方便的地方或者bug。 > > 图例在 http://forum.ubuntu.com.cn/download/file.php?id=157490&mode=view/t.png > > btw: 对 perlchina@googlegroups.com 发邮件不能发贴了？ > > -- > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 > 要在网络上查看此讨论，请访问 https://groups.google.com/d/msg/perlchina/-/SyfEw9OgHTUJ。 > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > -- 世事浮沉如落木，人生聚散似漂萍。 个人博客：http://yixf.name <http://yixf.name> 程序代码：http://code.google.com/p/yixf-codes/<http://code.google.com/p/yixf-codes/> -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
Re: [PerlChina] perl兼职编程
看了一下你给的例子，处理起来不算难。稍微有点编程基础的的就可以完成。 既然是个长期项目，为什么不招一个生物信息学的学生呢？ 在 2012年6月7日 上午1:40，Xusheng 写道： > 我们正在招聘一名perl兼职编程人员，可以利用业余时间做项目，这是一个长期的项目，一旦录用会有较长期的工作安排。工作方式为兼职。受聘人员在本人 > 所在地工作。工作时间有一定程度的灵活度。有兴趣者请将CV/Resume发到 xushengwan...@gmail.com > > -- > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > -- 世事浮沉如落木，人生聚散似漂萍。 个人博客：http://yixf.name <http://yixf.name> 程序代码：http://code.google.com/p/yixf-codes/<http://code.google.com/p/yixf-codes/> -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
Re: [PerlChina] perl兼职编程
正在忙毕业的事情，琐事比较多，要不然我就接这个活了。 如果是长期项目，推荐还是发个招聘信息，招个生信的学生。 在 2012年6月9日 下午1:15，Xusheng Wang 写道： > 没有合适的。你愿意做？ > > Sent from my iPhone > > On Jun 9, 2012, at 12:03 AM, yixf wrote: > > 看了一下你给的例子，处理起来不算难。稍微有点编程基础的的就可以完成。 > 既然是个长期项目，为什么不招一个生物信息学的学生呢？ > > 在 2012年6月7日 上午1:40，Xusheng < > xushengwan...@gmail.com>写道： > >> 我们正在招聘一名perl兼职编程人员，可以利用业余时间做项目，这是一个长期的项目，一旦录用会有较长期的工作安排。工作方式为兼职。受聘人员在本人 >> 所在地工作。工作时间有一定程度的灵活度。有兴趣者请将CV/Resume发到 >> xushengwan...@gmail.com >> >> -- >> 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 >> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com >> 。 >> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 >> perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 >> 若有更多问题，请通过 <http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN> >> http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 >> >> > > > -- > 世事浮沉如落木，人生聚散似漂萍。 > 个人博客： <http://yixf.name>http://yixf.name > 程序代码： <http://code.google.com/p/yixf-codes/> > http://code.google.com/p/yixf-codes/ > > -- > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > -- > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > -- 世事浮沉如落木，人生聚散似漂萍。 个人博客：http://yixf.name <http://yixf.name> 程序代码：http://code.google.com/p/yixf-codes/<http://code.google.com/p/yixf-codes/> -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
Re: [PerlChina] 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序
在云生物上不是有程序源码吗？ 在 2011年6月23日 上午11:12，xiumu 写道： > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示 > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。 > > 承认这是个作业・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・ 程序于简单越好 > > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > >:注释行 > > AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM > > ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK > 数据内容 > >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG > >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVKGENFTETDV > KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY > >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE > >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA > > -- > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
Re: [PerlChina] 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序
在云生物上曾经有一个人问了一个一模一样的问题，不知道是不是同一个人，还是同班同学。
我在上面用Bioperl给出了一种解决方案，但是不知道为什么好像那个帖子找不到了。
在 2011年6月23日 下午1:03，jie liu 写道：
> 写的很乱，请参考。附件有序列文件和程序文件
>
>
> ###///###
> ###//程序名称：..
> ###//作者：盛夏
> ###//时间：2011/06/22
> ###//备注：序列处理部分的代码来源于 柳城
>
> ###///###
>
> #!/usr/bin/perl -w
>
> $dirname = "D:/xProject/Perl/3";#指定Random DNA sequences所在目录
>
> opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";
>
> while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) {
>
> #print("$filename\n"); #循环输出该目录下的文件。
>
> $num = 0;
> $/ = '>'; #输入记录分隔符，默认是/n
>
> open FASTA, "<$dirname/$filename";
> open disc, ">disc_$filename"; ## 生成一个文件保存描述信息
> open seq, ">seq_$filename"; ## 生成一个文件保存序列信息
> open all, ">all_$filename"; ## 生成一个文件记录完整的信息
> while () {
>
> $seq_line = '';
> s/>//g;
> @seq = split "\n";
> if (@seq) {
> $desc = $seq[0];## 这是>后面的描述
> chomp($desc);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
> chomp( $seq[$i] );
> $seq[$i] =~ s/\n//g;## 把序列的换行符去掉
> $seq_line .= $seq[$i]; ##把多行的Fasta序列转为一行
> }
> @seq2 = split(//,$seq_line);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
> if(($i+3)%3 != 0) {
> $seq_line2 .= $seq2[$i];
> }else{
> $seq_line2 .= $seq2[$i]." ";
> }
> }
> print disc ">$desc\n";
> print seq ">\n$seq_line\n";
> print all ">$desc\n$seq_line2\n";
> }
> }
> close disc;## 关闭文件
> close seq; ## 关闭文件
> close all; ## 关闭文件
>
> }
> closedir(DIR); ## 关闭目录
>
>
> 2011/6/23 xiumu
>
>> FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示
>> 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。
>>
>> 承认这是个作业・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・ 程序于简单越好
>>
>> >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>> >:注释行
>>
>> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM
>>
>> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ
>> LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
>> 数据内容
>> >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>
>> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>> >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>
>> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVKGENFTETDV
>> KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>> >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>
>> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
>> KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>> >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>> MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
>>
>> --
>> 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。
>> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。
>> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。
>> 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
>>
>>
>
>
> --
> Best regards,
> Liu Jie
>
> 020-32015312
> Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of
> Sciences
> http://www.gibh.cas.cn/
>
> --
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> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。
> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。
> 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
>
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Re: [PerlChina] 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序
那个帖子被莫名其妙的删除了，现在已经恢复：
http://yunbio.com/1262
在 2011年6月23日 下午1:08，yixf 写道：
> 在云生物上曾经有一个人问了一个一模一样的问题，不知道是不是同一个人，还是同班同学。
> 我在上面用Bioperl给出了一种解决方案，但是不知道为什么好像那个帖子找不到了。
>
> 在 2011年6月23日 下午1:03，jie liu 写道：
>
> 写的很乱，请参考。附件有序列文件和程序文件
>>
>>
>> ###///###
>> ###//程序名称：..
>> ###//作者：盛夏
>> ###//时间：2011/06/22
>> ###//备注：序列处理部分的代码来源于 柳城
>>
>> ###///###
>>
>> #!/usr/bin/perl -w
>>
>> $dirname = "D:/xProject/Perl/3";#指定Random DNA sequences所在目录
>>
>> opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";
>>
>> while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) {
>>
>> #print("$filename\n"); #循环输出该目录下的文件。
>>
>> $num = 0;
>> $/ = '>'; #输入记录分隔符，默认是/n
>>
>> open FASTA, "<$dirname/$filename";
>> open disc, ">disc_$filename"; ## 生成一个文件保存描述信息
>> open seq, ">seq_$filename"; ## 生成一个文件保存序列信息
>> open all, ">all_$filename"; ## 生成一个文件记录完整的信息
>> while () {
>>
>> $seq_line = '';
>> s/>//g;
>> @seq = split "\n";
>> if (@seq) {
>> $desc = $seq[0];## 这是>后面的描述
>> chomp($desc);
>> foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
>> chomp( $seq[$i] );
>> $seq[$i] =~ s/\n//g;## 把序列的换行符去掉
>> $seq_line .= $seq[$i]; ##把多行的Fasta序列转为一行
>> }
>> @seq2 = split(//,$seq_line);
>> foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
>> if(($i+3)%3 != 0) {
>> $seq_line2 .= $seq2[$i];
>> }else{
>> $seq_line2 .= $seq2[$i]." ";
>> }
>> }
>> print disc ">$desc\n";
>> print seq ">\n$seq_line\n";
>> print all ">$desc\n$seq_line2\n";
>> }
>> }
>> close disc;## 关闭文件
>> close seq; ## 关闭文件
>> close all; ## 关闭文件
>>
>> }
>> closedir(DIR); ## 关闭目录
>>
>>
>> 2011/6/23 xiumu
>>
>>> FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示
>>> 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。
>>>
>>> 承认这是个作业・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・ 程序于简单越好
>>>
>>> >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>> >:注释行
>>>
>>> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM
>>>
>>> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ
>>> LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
>>> 数据内容
>>> >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>>
>>> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>>> >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>>
>>> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVKGENFTETDV
>>> KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>>> >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>>
>>> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
>>> KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>>> >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>> MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
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>>> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。
>>> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。
>>> 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
>>>
>>>
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>> --
>> Best regards,
>> Liu Jie
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>> 020-32015312
>> Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of
>> Sciences
>> http://www.gibh.cas.cn/
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>>
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Re: [PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序
你们都在网上寻求帮助，老师知道了不伤心吗？ 在 2011年6月23日 下午2:40，xiumu 写道： > 恩 那个是我同学问的・・・ > > On 6月23日, 下午12时54分, yixf wrote: > > 在云生物上不是有程序源码吗？ > > > > 在 2011年6月23日 上午11:12，xiumu 写道： > > > > > > > > > > > > > > > > > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示 > > > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。 > > > > > 承认这是个作业・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・ 程序于简单越好 > > > > > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > > >:注释行 > > > > > > AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA > WAVAM > > > > > > ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV > NGKYQ > > > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK > > > 数据内容 > > > >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > > > > > MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG > G > > > >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > > > > > GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVKGENF > TETDV > > > KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY > > > >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > > > > > AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD > DNTIG > > > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE > > > >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > > MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA > > > > > -- > > > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > > > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > > > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > > > 若有更多问题，请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访问此网上论坛。 > > -- > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
Re: [PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序
真正学到的东西都是自学出来的。 在 2011年6月23日 下午2:58，xiumu 写道： > 也可以这么说，不过作为一所所谓的综合性大学，多一门专业，不显的好多了吗。现在的本科想真正学到有用的东西，难。 > > On 6月23日, 下午2时52分, 金玉玮 wrote: > > 你们学校这不是误人子弟嘛。擦 > > > > 在 2011年6月23日 下午2:50，杨扬 写道： > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 首先得承认我们没有好好学。不过我们这个专业是新的专业（生物信息），课程设计老师也没经验，导致我们课程的学习顺序十分混乱，计算机专业大三的课程在我们这种 > 生物专业大一就开课。而且每课的任课老师在讲第一节课的时候，了解完我们之前学过的内容，都表示课程没法继续。 > > > > > 在 2011-06-23 14:42:45，yixf 写道： > > > > > 你们都在网上寻求帮助，老师知道了不伤心吗？ > > > > > 在 2011年6月23日 下午2:40，xiumu 写道： > > > > >> 恩 那个是我同学问的・・・ > > > > >> On 6月23日, 下午12时54分, yixf wrote: > > >> > 在云生物上不是有程序源码吗？ > > > > >> > 在 2011年6月23日 上午11:12，xiumu 写道： > > > > >> > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示 > > >> > > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。 > > > > >> > > 承认这是个作业・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・ 程序于简单越好 > > > > >> > > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > >> > > >:注释行 > > > > >> > AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA > > >> WAVAM > > > > >> > ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV > > >> NGKYQ > > >> > > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK > > >> > > 数据内容 > > >> > > >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > > > >> > MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG > > >> G > > >> > > >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > > > >> > GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVKGENF > > >> TETDV > > >> > > KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY > > >> > > >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > > > >> > AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD > > >> DNTIG > > >> > > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE > > >> > > >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > >> > > MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA > > > > >> > > -- > > >> > > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > > >> > > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > > >> > > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > > >> > > 若有更多问题，请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN > 访问此网上论坛。 > > > > >> -- > > >> 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > > >> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > > >> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > > >> 若有更多问题，请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访问此网上论坛。 > > > > > -- > > > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > > > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > > > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > > > 若有更多问题，请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访问此网上论坛。 > > > > > -- > > > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > > > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > > > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > > > 若有更多问题，请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访问此网上论坛。 > > -- > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
Re: [PerlChina] Re: 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序
不用Bioperl，直接使用hash也很容易实现的。不过bioperl的普适性更好，毕竟bioperl的诞生就是为了解决大家都会遇到的问题。
如果学完perl，还不会用hash，那就无话可说了。
在 2011年6月23日 下午5:13，xiumu 写道：
> 最好不要引用什么东西，就是单纯的程序就能实现。20种氨基酸比较多，写一个剩下的我自己补就好了。程序越容易理解越好
>
> On 6月23日, 下午1时03分, jie liu wrote:
> > 写的很乱，请参考。附件有序列文件和程序文件
> >
> >
> ###///#
> ##
> > ###//程序名称：..
> > ###//作者：盛夏
> > ###//时间：2011/06/22
> > ###//备注：序列处理部分的代码来源于 柳城
> >
> ###///#
> ##
> >
> > #!/usr/bin/perl -w
> >
> > $dirname = "D:/xProject/Perl/3";#指定Random DNA sequences所在目录
> >
> > opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";
> >
> > while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) {
> >
> > #print("$filename\n"); #循环输出该目录下的文件。
> >
> > $num = 0;
> > $/ = '>'; #输入记录分隔符，默认是/n
> >
> > open FASTA, "<$dirname/$filename";
> > open disc, ">disc_$filename"; ## 生成一个文件保存描述信息
> > open seq, ">seq_$filename"; ## 生成一个文件保存序列信息
> > open all, ">all_$filename"; ## 生成一个文件记录完整的信息
> > while () {
> >
> > $seq_line = '';
> > s/>//g;
> > @seq = split "\n";
> > if (@seq) {
> > $desc = $seq[0];## 这是>后面的描述
> > chomp($desc);
> > foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
> > chomp( $seq[$i] );
> > $seq[$i] =~ s/\n//g;## 把序列的换行符去掉
> > $seq_line .= $seq[$i]; ##把多行的Fasta序列转为一行}
> >
> > @seq2 = split(//,$seq_line);
> > foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
> > if(($i+3)%3 != 0) {
> > $seq_line2 .= $seq2[$i];
> > }else{
> > $seq_line2 .= $seq2[$i]." ";}
> > }
> >
> > print disc ">$desc\n";
> > print seq ">\n$seq_line\n";
> > print all ">$desc\n$seq_line2\n";}
> > }
> >
> > close disc;## 关闭文件
> > close seq; ## 关闭文件
> > close all; ## 关闭文件
> >
> > }
> >
> > closedir(DIR); ## 关闭目录
> >
> > 2011/6/23 xiumu
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> > > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示
> > > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。
> >
> > > 承认这是个作业・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・ 程序于简单越好
> >
> > > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> > > >:注释行
> >
> > >
> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA
> WAVAM
> >
> > >
> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV
> NGKYQ
> > > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> > > 数据内容
> > > >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> >
> > >
> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG
> G
> > > >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> >
> > >
> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVKGENF
> TETDV
> > > KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
> > > >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> >
> > >
> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD
> DNTIG
> > > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
> > > >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
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> >
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> >
> > --
> > Best regards,
> > Liu Jie
> >
> > 020-32015312
> > Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of
> Scienceshttp://www.gibh.cas.cn/
> >
> > Protein seq.fasta
> > < 1K查看下载
> >
> > 1.pl
> > 2K查看下载
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Re: Re: Re: [PerlChina] 招聘perl程序员
俺的简历是用LaTeX做的。 在 2012年3月29日 下午11:25，夏凯 写道： > > 一般做技术都不太喜欢doc文档，就像我的求职简历，就用的htm，我讨厌doc，能用htm的地方绝对不用doc，特别是在vcs里面用doc，因为二进制文件，所以vcs基本没用了，而且占用空间会很大。而且很多人很恶心，明明就一段纯文本几行字而已，直接qq或者msn发给我就行了，偏偏用个doc文档发过来，你用txt会死啊。 > > 2012/3/29 s740011611 : > > 在线看又不会有问题 > > > > 在 2012-03-29 10:46:17，"杨毅涛" 写道： > > > > 主要是.doc的东西比较吓人吧。 > > > > 在 2012年3月29日 上午10:14，步天歌 写道： > >> > >> 表示这简历中的个人信息还是比较全的呃 > >> > >> -- > >> 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > >> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > >> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > >> 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > > > > > -- > > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > > > > > > > -- > > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > > > -- > contact me: > MSN: walke...@gmail.com > GTALK: walke...@gmail.com > > -- > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > -- 世事浮沉如落木，人生聚散似漂萍。 个人博客：http://yixf.name <http://yixf.name> 程序代码：http://code.google.com/p/yixf-codes/<http://code.google.com/p/yixf-codes/> -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
Re: Re: Re: [PerlChina] 招聘perl程序员
当然是发PDF格式的了，这个格式通用性广。 不向doc，03的都打不开07的，这可是自家的东西哎…… 在 2012年3月30日 上午8:57，Lee Duhem 写道： > On Fri, Mar 30, 2012 at 7:22 AM, zhihua zheng > wrote: > > 简历都做得这么专业啊？ 那怎么过猎头 和人事那关呀? > > > > 输出十有八九是 PDF 格式，难道直接发 LaTeX 源码？ > > lee > > -- > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 > 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 > > -- 世事浮沉如落木，人生聚散似漂萍。 个人博客：http://yixf.name <http://yixf.name> 程序代码：http://code.google.com/p/yixf-codes/<http://code.google.com/p/yixf-codes/> -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
Re: Re: Re: [PerlChina] 招聘perl程序员
我的简历成品在我的博客上可以找到： http://yixf.name/%E4%B8%AA%E4%BA%BA%E7%AE%80%E5%8E%86/ 在 2012年3月30日 下午4:05，yixf 写道： > 当然是发PDF格式的了，这个格式通用性广。 > 不向doc，03的都打不开07的，这可是自家的东西哎…… > > 在 2012年3月30日 上午8:57，Lee Duhem 写道： > > On Fri, Mar 30, 2012 at 7:22 AM, zhihua zheng >> wrote: >> > 简历都做得这么专业啊？ 那怎么过猎头 和人事那关呀? >> > >> >> 输出十有八九是 PDF 格式，难道直接发 LaTeX 源码？ >> >> lee >> >> -- >> 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 >> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 >> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 >> 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。 >> >> > > > -- > 世事浮沉如落木，人生聚散似漂萍。 > 个人博客：http://yixf.name <http://yixf.name> > 程序代码：http://code.google.com/p/yixf-codes/<http://code.google.com/p/yixf-codes/> > > -- 世事浮沉如落木，人生聚散似漂萍。 个人博客：http://yixf.name <http://yixf.name> 程序代码：http://code.google.com/p/yixf-codes/<http://code.google.com/p/yixf-codes/> -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
