在云生物上曾经有一个人问了一个一模一样的问题，不知道是不是同一个人，还是同班同学。
我在上面用Bioperl给出了一种解决方案，但是不知道为什么好像那个帖子找不到了。
在 2011年6月23日 下午1:03，jie liu <liujie....@gmail.com>写道：
> 写的很乱，请参考。附件有序列文件和程序文件
>
>
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////###
> ###//////////////程序名称：..
> ###//////////////作者：盛夏
> ###//////////////时间：2011/06/22
> ###//////////////备注：序列处理部分的代码来源于 柳城
>
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////###
>
> #!/usr/bin/perl -w
>
> $dirname = "D:/xProject/Perl/3"; #指定Random DNA sequences所在目录
>
> opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";
>
> while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) {
>
> #print("$filename\n"); #循环输出该目录下的文件。
>
> $num = 0;
> $/ = '>'; #输入记录分隔符，默认是/n
>
> open FASTA, "<$dirname/$filename";
> open disc, ">disc_$filename"; ## 生成一个文件保存描述信息
> open seq, ">seq_$filename"; ## 生成一个文件保存序列信息
> open all, ">all_$filename"; ## 生成一个文件记录完整的信息
> while (<FASTA>) {
>
> $seq_line = '';
> s/>//g;
> @seq = split "\n";
> if (@seq) {
> $desc = $seq[0]; ## 这是>后面的描述
> chomp($desc);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
> chomp( $seq[$i] );
> $seq[$i] =~ s/\n//g; ## 把序列的换行符去掉
> $seq_line .= $seq[$i]; ##把多行的Fasta序列转为一行
> }
> @seq2 = split(//,$seq_line);
> foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
> if(($i+3)%3 != 0) {
> $seq_line2 .= $seq2[$i];
> }else{
> $seq_line2 .= $seq2[$i]." ";
> }
> }
> print disc ">$desc\n";
> print seq ">\n$seq_line\n";
> print all ">$desc\n$seq_line2\n";
> }
> }
> close disc; ## 关闭文件
> close seq; ## 关闭文件
> close all; ## 关闭文件
>
> }
> closedir(DIR); ## 关闭目录
>
>
> 2011/6/23 xiumu <yangyang445...@126.com>
>
>> FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示
>> 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。
>>
>> 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好
>>
>> >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>> >:注释行
>>
>> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM
>>
>> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ
>> LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
>> 数据内容
>> >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>
>> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>> >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>
>> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV
>> KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>> >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>
>> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
>> KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>> >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>> MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
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>>
>
>
> --
> Best regards,
> Liu Jie
>
> 020-32015312
> Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of
> Sciences
> http://www.gibh.cas.cn/
>
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