不用Bioperl，直接使用hash也很容易实现的。不过bioperl的普适性更好，毕竟bioperl的诞生就是为了解决大家都会遇到的问题。
如果学完perl，还不会用hash，那就无话可说了。
在 2011年6月23日 下午5:13，xiumu <yangyang445...@126.com>写道：
> 最好不要引用什么东西，就是单纯的程序就能实现。20种氨基酸比较多，写一个剩下的我自己补就好了。程序越容易理解越好
>
> On 6月23日, 下午1时03分, jie liu <liujie....@gmail.com> wrote:
> > 写的很乱，请参考。附件有序列文件和程序文件
> >
> >
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////#
> ##
> > ###//////////////程序名称：..
> > ###//////////////作者：盛夏
> > ###//////////////时间：2011/06/22
> > ###//////////////备注：序列处理部分的代码来源于 柳城
> >
> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////#
> ##
> >
> > #!/usr/bin/perl -w
> >
> > $dirname = "D:/xProject/Perl/3"; #指定Random DNA sequences所在目录
> >
> > opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";
> >
> > while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) {
> >
> > #print("$filename\n"); #循环输出该目录下的文件。
> >
> > $num = 0;
> > $/ = '>'; #输入记录分隔符，默认是/n
> >
> > open FASTA, "<$dirname/$filename";
> > open disc, ">disc_$filename"; ## 生成一个文件保存描述信息
> > open seq, ">seq_$filename"; ## 生成一个文件保存序列信息
> > open all, ">all_$filename"; ## 生成一个文件记录完整的信息
> > while (<FASTA>) {
> >
> > $seq_line = '';
> > s/>//g;
> > @seq = split "\n";
> > if (@seq) {
> > $desc = $seq[0]; ## 这是>后面的描述
> > chomp($desc);
> > foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
> > chomp( $seq[$i] );
> > $seq[$i] =~ s/\n//g; ## 把序列的换行符去掉
> > $seq_line .= $seq[$i]; ##把多行的Fasta序列转为一行}
> >
> > @seq2 = split(//,$seq_line);
> > foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
> > if(($i+3)%3 != 0) {
> > $seq_line2 .= $seq2[$i];
> > }else{
> > $seq_line2 .= $seq2[$i]." ";}
> > }
> >
> > print disc ">$desc\n";
> > print seq ">\n$seq_line\n";
> > print all ">$desc\n$seq_line2\n";}
> > }
> >
> > close disc; ## 关闭文件
> > close seq; ## 关闭文件
> > close all; ## 关闭文件
> >
> > }
> >
> > closedir(DIR); ## 关闭目录
> >
> > 2011/6/23 xiumu <yangyang445...@126.com>
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> > > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示
> > > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。
> >
> > > 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好
> >
> > > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> > > >:注释行
> >
> > >
> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA
> WAVAM
> >
> > >
> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV
> NGKYQ
> > > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> > > 数据内容
> > > >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> >
> > >
> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG
> G
> > > >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> >
> > >
> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENF
> TETDV
> > > KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
> > > >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> >
> > >
> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD
> DNTIG
> > > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
> > > >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> > > MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
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> > Best regards,
> > Liu Jie
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> > 020-32015312
> > Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of
> Scienceshttp://www.gibh.cas.cn/
> >
> > Protein seq.fasta
> > < 1K查看下载
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> > 1.pl
> > 2K查看下载
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