那个帖子被莫名其妙的删除了，现在已经恢复：
http://yunbio.com/1262
在 2011年6月23日 下午1:08，yixf <yixf1...@gmail.com>写道：
> 在云生物上曾经有一个人问了一个一模一样的问题，不知道是不是同一个人，还是同班同学。
> 我在上面用Bioperl给出了一种解决方案，但是不知道为什么好像那个帖子找不到了。
>
> 在 2011年6月23日 下午1:03，jie liu <liujie....@gmail.com>写道：
>
> 写的很乱，请参考。附件有序列文件和程序文件
>>
>>
>> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////###
>> ###//////////////程序名称：..
>> ###//////////////作者：盛夏
>> ###//////////////时间：2011/06/22
>> ###//////////////备注：序列处理部分的代码来源于 柳城
>>
>> ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////###
>>
>> #!/usr/bin/perl -w
>>
>> $dirname = "D:/xProject/Perl/3"; #指定Random DNA sequences所在目录
>>
>> opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n";
>>
>> while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) {
>>
>> #print("$filename\n"); #循环输出该目录下的文件。
>>
>> $num = 0;
>> $/ = '>'; #输入记录分隔符，默认是/n
>>
>> open FASTA, "<$dirname/$filename";
>> open disc, ">disc_$filename"; ## 生成一个文件保存描述信息
>> open seq, ">seq_$filename"; ## 生成一个文件保存序列信息
>> open all, ">all_$filename"; ## 生成一个文件记录完整的信息
>> while (<FASTA>) {
>>
>> $seq_line = '';
>> s/>//g;
>> @seq = split "\n";
>> if (@seq) {
>> $desc = $seq[0]; ## 这是>后面的描述
>> chomp($desc);
>> foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
>> chomp( $seq[$i] );
>> $seq[$i] =~ s/\n//g; ## 把序列的换行符去掉
>> $seq_line .= $seq[$i]; ##把多行的Fasta序列转为一行
>> }
>> @seq2 = split(//,$seq_line);
>> foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'～'
>> if(($i+3)%3 != 0) {
>> $seq_line2 .= $seq2[$i];
>> }else{
>> $seq_line2 .= $seq2[$i]." ";
>> }
>> }
>> print disc ">$desc\n";
>> print seq ">\n$seq_line\n";
>> print all ">$desc\n$seq_line2\n";
>> }
>> }
>> close disc; ## 关闭文件
>> close seq; ## 关闭文件
>> close all; ## 关闭文件
>>
>> }
>> closedir(DIR); ## 关闭目录
>>
>>
>> 2011/6/23 xiumu <yangyang445...@126.com>
>>
>>> FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示
>>> 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。
>>>
>>> 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好
>>>
>>> >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>> >:注释行
>>>
>>> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM
>>>
>>> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ
>>> LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
>>> 数据内容
>>> >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>>
>>> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>>> >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>>
>>> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV
>>> KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>>> >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>>
>>> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
>>> KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>>> >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
>>> MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
>>>
>>> --
>>> 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。
>>> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。
>>> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。
>>> 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
>>>
>>>
>>
>>
>> --
>> Best regards,
>> Liu Jie
>>
>> 020-32015312
>> Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of
>> Sciences
>> http://www.gibh.cas.cn/
>>
>> --
>> 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。
>> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。
>> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。
>> 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
>>
>
>
--
您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。
要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 perlchina@googlegroups.com。
要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 perlchina+unsubscr...@googlegroups.com。
若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
