Hi Susanne
can you just send us the recon-all command lines that are issued by your
script? And tell us what is different?
Bruce
On Tue, 12 Jan 2016, Schell, Susanne wrote:
Dear colleagues,
as I posted before, we are recently using the freesurfer recon-all command.
Here are three different commands we used:
1)# Version 1: Import as DICOM
#!/bin/sh -e
# Segmentierung mit FreeSurfer.
# Die Ergebnisse werden in dem Verzeichnis gespeichert, in dem sich
# dieses Script befindet.
# Verzeichnis der DICOM Daten
DCMDIR=../../Daten/DICOM
# Verzeichnis der NIFTI Daten
NIIDIR=../../Daten/NIFTI
# Unterverzeichnis der T1 Daten
T1DIR=E010Kopf_Studie/M_MPRAGE_sag
cd `dirname $0`
export SUBJECTS_DIR=`pwd`
for i in $DCMDIR/3001* ; do
ID=`basename $i`
if [ ! -d $i/$T1DIR ] ; then
echo "*** $ID: T1 DICOM Bilder nicht gefunden."
continue
fi
if [ -f $ID/scripts/IsRunning.lh+rh ] ; then
cat $ID/scripts/IsRunning.lh+rh
echo "*** $ID: Segmentierung läuft gerade oder wurde
abgebrochen."
echo "*** $ID: Bei Abbruch '$ID/scripts/IsRunning.lh+rh'
löschen."
continue
fi
if [ ! -f $SUBJECTS_DIR/$ID/mri/orig/001.mgz ] ; then
recon-all -s $ID -i $i/$T1DIR/IM-*-0001.dcm
fi
if ! grep -q "CMDARGS -s $ID -all" \
$SUBJECTS_DIR/$ID/scripts/recon-all.done ; then
recon-all -s $ID -all
fi
done
2)# Version 2: Import as NIFTI in standard orientation
#!/bin/sh -e
# Segmentierung mit FreeSurfer.
# Die Ergebnisse werden in dem Verzeichnis gespeichert, in dem sich
# dieses Script befindet.
# Verzeichnis der DICOM Daten
DCMDIR=../../Daten/DICOM
# Verzeichnis der NIFTI Daten
NIIDIR=../../Daten/NIFTI
cd `dirname $0`
export SUBJECTS_DIR=`pwd`
for i in $NIIDIR/3001*/*_T1_fov.nii.gz ; do
DIR=`dirname $i`
ID=`basename $DIR`
if [ -f $ID/scripts/IsRunning.lh+rh ] ; then
cat $ID/scripts/IsRunning.lh+rh
echo "*** $ID: Segmentierung läuft gerade oder wurde
abgebrochen."
echo "*** $ID: Bei Abbruch '$ID/scripts/IsRunning.lh+rh'
löschen."
continue
fi
if [ ! -f $SUBJECTS_DIR/${ID}_2/mri/orig/001.mgz ] ; then
recon-all -s ${ID}_2 -i $i
fi
if ! grep -q "CMDARGS -s ${ID}_2 -all" \
$SUBJECTS_DIR/${ID}_2/scripts/recon-all.done ; then
recon-all -s ${ID}_2 -all
fi
done
3) # Version 3: Import as NIFTI.gz
#!/bin/sh -e
# Segmentierung mit FreeSurfer.
# Die Ergebnisse werden in dem Verzeichnis gespeichert, in dem sich
# dieses Script befindet.
# Verzeichnis der DICOM Daten
DCMDIR=../../Daten/DICOM
# Verzeichnis der NIFTI Daten
NIIDIR=../../Daten/NIFTI
cd `dirname $0`
export SUBJECTS_DIR=`pwd`
for i in $NIIDIR/3001*/*_T1.nii.gz ; do
DIR=`dirname $i`
ID=`basename $DIR`
if [ -f $ID/scripts/IsRunning.lh+rh ] ; then
cat $ID/scripts/IsRunning.lh+rh
echo "*** $ID: Segmentierung läuft gerade oder wurde
abgebrochen."
echo "*** $ID: Bei Abbruch '$ID/scripts/IsRunning.lh+rh'
löschen."
continue
fi
if [ ! -f $SUBJECTS_DIR/${ID}_3/mri/orig/001.mgz ] ; then
recon-all -s ${ID}_3 -i $i
fi
if ! grep -q "CMDARGS -s ${ID}_3 -all" \
$SUBJECTS_DIR/${ID}_3/scripts/recon-all.done ; then
recon-all -s ${ID}_3 -all
fi
done
If you just look at the different output files, they look slightly different
(just by looking at it).
Maybe you can help us by trying to find out why the output files are
different?
Thanks very much in advance!
Best regards,
Susanne
______________________________________
Susanne Schell, Dipl.-Psych.
Sektion Störungen der Persönlichkeitsentwicklung
Klinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie
Universitätsklinikum Heidelberg
Tel: (+49) – (0)6221-56 35135
e-mail: susanne.sch...@med.uni-heidelberg.de
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