O rgdal precisa do GDAL e do PROJ.4, que são programas externos ao R (isso está na página do pacote no CRAN http://cran.r-project.org/web/packages/rgdal/index.html). Você precisa instalar os pacotes necessários antes
sudo apt-get install gdal-bin libgdal-dev libgdal1 libgdal1-dev libproj0 libproj-dev Quanto aos pacotes duplicados vc pode deletar um ou mais diretórios que vc acha que nao sao necessarios, e definir uma (ou mais) biblioteca pessoal com a variavel de ambiente R_LIBS dento do ~/.Renviron, por exemplo a minha é R_LIBS=~/R_environment/my_library e reinstale os pacotes. Veja ?.libPaths e ?packageStatus --- Fernando de Pol Mayer Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ Universidade de São Paulo - USP URL: http://fernandomayer.github.io <http://fernandomayer.github.com> e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, usp.br} 2013/9/18 ASANTOS <[email protected]> > Fernando funcionou o Rstudio, porém, > > Solicitou que eu criasse uma library pessoal e criei, mas > vários pacote ficaram duplicados quando fiz: > > update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE) > > E não consigo instalar o rgdal, apresenta o seguinte erro: > > ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’ > * removing ‘/home/santos-a/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal’ > Warning in install.packages : > installation of package ‘rgdal’ had non-zero exit status > > Tem mais alguma coisa que eu poderia fazer? > > Obrigado, > > Alexandre > > > Em 17/09/2013 14:05, Fernando Mayer escreveu: > > Tem que configurar o R como uma shared library para ter o libR.so. > > Desinstale e faça novamente com > > ./configure --enable-R-shlib > make > sudo make install > > > > > --- > Fernando de Pol Mayer > Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica > Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ > Universidade de São Paulo - USP > URL: http://fernandomayer.github.io <http://fernandomayer.github.com> > e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, usp.br} > > > 2013/9/17 ASANTOS <[email protected]> > >> Obrigado Fernando, >> >> A instalação funcionou, porém como fiz: >> >> >> ./configure >> make >> sudo make install >> >> No diretório: santos-a@santosa-K43E:~/Documentos$ R-2.15.2 >> >> No terminal o R funcionou OK, mas quando instalei o Rstudio após ele não >> funciona e acusa a seguinte mensagem: >> >> R Not Found >> >> R shared library (/usr/local/lib/R/lib/libR.so) not find. If this is a >> custom build of R, was it build with the enable –R-shlib option >> >> >> Eu teria que ter instalado a pasta em outro local? >> >> Obrigado, >> >> >> Alexandre >> >> Em 06/09/2013 13:53, Fernando Mayer escreveu: >> >> 1) Vc precisa conferir se os pacotes que vc diz serem incompativeis >> com o R 3.0.1 são realmente incompativeis, ou se falta alguma configuração >> (ou pacote) no seu sistema. Acredito que a grande maioria dos pacotes seja >> compatível pois esse versão já foi lançada há alguns meses. >> >> 2) Caso você veja que é realmente necessário instalar (e _compilar_) a >> versão anterior (2.15.2), vc precisa antes ter todas as ferramentas >> necessárias para a compilação (que aparentemente não estão instaladas). >> Faça: >> >> sudo apt-get install build-essential >> sudo apt-get buil-dep r-base >> >> E depois >> >> ./configure >> make >> sudo make install >> >> >> >> >> >> >> --- >> Fernando de Pol Mayer >> Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica >> Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ >> Universidade de São Paulo - USP >> URL: http://fernandomayer.github.io <http://fernandomayer.github.com> >> e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, usp.br} >> >> >> 2013/9/6 Teodoro Calvo <[email protected]> >> >>> Olá, bom dia ! Tudo bem ? >>> >>> O senhor já tentou instala-lo pelo central de aplicativos Ubuntu ? Ao >>> invés de baixa-lo em formato .tar.gz ? >>> >>> Acredito que seja uma boa saída. >>> >>> Tenho utilizado o RKWard, que utiliza o R 2.15. como base. Este também >>> esta disponível no Central de Aplicativos Ubuntu. >>> >>> Caso não goste de usa um GUI para o R, também há possibilidade de >>> utilização diretamente no terminal. >>> >>> Ctrl + Alt + t >>> >>> depois simplesmente digitando : R >>> >>> Espero que dê certo e tenha ajudado de alguma forma. >>> >>> Caso dê erro, possivelmente deve-se verificar se o R 3.0 foi totalmente >>> removido. >>> >>> Boa sorte. >>> >>> Att Téo Calvo. >>> >>> >>> >>> Em 06-09-2013 10:59, ASANTOS escreveu: >>> >>> Bom dia pessoal, >>> >>> >>> Precisei reinstalar meu ubuntu 12.04 64bits e abaixei o >>> R.2.15.2.tar.gz, pois vários pacotes são incompatíveis com o R.3.0, ou >>> tenho que ficar buscando soluções para cada pacote devido, error zero >>> status na instalação, portanto descompactei o R.2.15.2.tar.gz na área de >>> trabalho e quando faço ./ configure LIBnn=libmake , recebo o seguinte erro: >>> >>> santos-a@santosa-K43E:~/Área de Trabalho/R-2.15.2$ ./configure >>> LIBnn=libmake >>> >>> checking build system type... i686-pc-linux-gnu >>> >>> checking host system type... i686-pc-linux-gnu >>> >>> loading site script './config.site' >>> >>> loading build-specific script './config.site' >>> >>> checking for pwd... /bin/pwd >>> >>> checking whether builddir is srcdir... yes >>> >>> checking for working aclocal... missing >>> >>> checking for working autoconf... missing >>> >>> checking for working automake... missing >>> >>> checking for working autoheader... missing >>> >>> checking for gawk... no >>> >>> checking for mawk... mawk >>> >>> checking whether ln -s works... yes >>> >>> checking for bison... no >>> >>> checking for byacc... no >>> >>> checking for ar... ar >>> >>> checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c >>> >>> checking for sed... /bin/sed >>> >>> checking for which... /usr/bin/which >>> >>> checking for less... /usr/bin/less >>> >>> checking for gtar... no >>> >>> checking for gnutar... no >>> >>> checking for tar... /bin/tar >>> >>> checking for tex... no >>> >>> checking for pdftex... no >>> >>> configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals >>> >>> checking for pdflatex... no >>> >>> configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help >>> pages >>> >>> checking for makeindex... no >>> >>> checking for makeinfo... no >>> >>> configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R >>> manuals >>> >>> checking for texi2dvi... no >>> >>> checking for kpsewhich... no >>> >>> checking for unzip... /usr/bin/unzip >>> >>> checking for zip... /usr/bin/zip >>> >>> checking for gzip... /bin/gzip >>> >>> checking for bzip2... /bin/bzip2 >>> >>> checking for firefox... /usr/bin/firefox >>> >>> using default browser ... /usr/bin/firefox >>> >>> checking for acroread... no >>> >>> checking for acroread4... no >>> >>> checking for xdg-open... /usr/bin/xdg-open >>> >>> checking for notangle... false >>> >>> checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config >>> >>> checking for gcc... gcc >>> >>> checking whether the C compiler works... yes >>> >>> checking for C compiler default output file name... a.out >>> >>> checking for suffix of executables... >>> >>> checking whether we are cross compiling... no >>> >>> checking for suffix of object files... o >>> >>> checking whether we are using the GNU C compiler... yes >>> >>> checking whether gcc accepts -g... yes >>> >>> checking for gcc option to accept ISO C89... none needed >>> >>> checking how to run the C preprocessor... gcc -E >>> >>> checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep >>> >>> checking for egrep... /bin/grep -E >>> >>> checking whether gcc needs -traditional... no >>> >>> checking how to run the C preprocessor... gcc -E >>> >>> checking for gfortran... no >>> >>> checking for f95... no >>> >>> checking for fort... no >>> >>> checking for xlf95... no >>> >>> checking for ifort... no >>> >>> checking for ifc... no >>> >>> checking for efc... no >>> >>> checking for pgf95... no >>> >>> checking for lf95... no >>> >>> checking for gfortran... no >>> >>> checking for ftn... no >>> >>> checking for g95... no >>> >>> checking for f90... no >>> >>> checking for xlf90... no >>> >>> checking for pgf90... no >>> >>> checking for pghpf... no >>> >>> checking for epcf90... no >>> >>> checking for g77... no >>> >>> checking for f77... no >>> >>> checking for xlf... no >>> >>> checking for frt... no >>> >>> checking for pgf77... no >>> >>> checking for cf77... no >>> >>> checking for fort77... no >>> >>> checking for fl32... no >>> >>> checking for af77... no >>> >>> checking for fc... no >>> >>> >>> Alguém poderia me ajudar a selecionar o problema, tudo que tentei no R >>> help Simple compilation não funcionou, >>> >>> Obrigado, >>> >>> -- >>> ====================================================================== >>> Alexandre dos Santos >>> Proteção Florestal >>> IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso >>> Campus Cáceres >>> Caixa Postal 244 >>> Avenida dos Ramires, s/n >>> Bairro: Distrito Industrial >>> Cáceres - MT CEP: 78.200-000 >>> Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 >>> (VIVO)e-mails:[email protected] >>> [email protected] >>> Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 >>> ====================================================================== >>> >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing >>> [email protected]https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código >>> mínimo reproduzível. >>> >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [email protected] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing >> [email protected]https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código >> mínimo reproduzível. >> >> >> -- >> ====================================================================== >> Alexandre dos Santos >> Proteção Florestal >> IFMT - 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