Dear all,
At the final step of my mdrun I get LINCS warning. I don't know whats the
issue. Please help me out.
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 51.050964, max 314.598846 (between atoms 3 and 4)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length
51 52 90.0 0.2700 16.3676 0.2700
51 53 90.0 0.2700 17.4243 0.2700
52 53 90.2 0.2700 2.1691 0.2700
57 58 90.0 0.2700 19.9248 0.2700
57 59 90.0 0.2700 27.7437 0.2700
58 59 89.9 0.2700 9.5994 0.2700
67 68 89.1 0.2700 11.0711 0.2700
67 69 89.5 0.2700 17.3915 0.2700
68 69 89.1 0.2700 8.9722 0.2700
68 70 88.7 0.2700 7.4897 0.2700
69 70 89.1 0.2700 10.5427 0.2700
74 75 90.0 0.2700 15.9658 0.2700
74 76 90.0 0.2700 14.3261 0.2700
75 76 90.0 0.2700 15.3014 0.2700
78 79 53.0 0.2700 0.3682 0.2700
78 80 36.0 0.2700 0.2621 0.2700
79 80 78.8 0.2700 0.3108 0.2700
79 81 74.6 0.2700 0.2500 0.2700
96 97 90.0 0.2700 5.6881 0.2700
96 98 90.0 0.2700 12.4635 0.2700
97 98 90.0 0.2700 12.2473 0.2700
105 106 92.0 0.2700 5.3689 0.2700
105 107 90.9 0.2700 4.9643 0.2700
106 107 89.5 0.2700 5.2502 0.2700
106 108 90.2 0.2700 12.9074 0.2700
107 108 89.8 0.2700 13.3348 0.2700
123 124 90.0 0.2700 0.3295 0.2700
123 125 90.0 0.2700 0.4033 0.2700
124 125 90.0 0.2700 0.4582 0.2700
134 135 89.8 0.2700 7.5418 0.2700
134 136 89.8 0.2700 7.6180 0.2700
135 136 89.8 0.2700 7.5943 0.2700
177 178 90.0 0.2700 21.0157 0.2700
177 179 90.0 0.2700 21.3382 0.2700
178 179 90.0 0.2700 5.0506 0.2700
206 207 90.1 0.2700 3.7166 0.2700
206 208 90.0 0.2700 17.1633 0.2700
207 208 90.0 0.2700 14.3937 0.2700
210 211 90.0 0.2700 1.4919 0.2700
210 212 90.0 0.2700 1.4477 0.2700
229 230 89.9 0.2700 46.6891 0.2700
229 231 89.8 0.2700 12.4685 0.2700
230 231 89.9 0.2700 34.3535 0.2700
233 234 90.0 0.2700 17.0640 0.2700
233 235 90.0 0.2700 12.0837 0.2700
234 235 90.0 0.2700 21.1578 0.2700
240 241 90.1 0.2700 14.3404 0.2700
240 242 89.9 0.2700 5.5938 0.2700
241 242 89.5 0.2700 10.7072 0.2700
241 243 90.1 0.2700 11.1853 0.2700
242 243 89.9 0.2700 14.6316 0.2700
278 279 90.4 0.2700 0.4126 0.2700
278 280 90.3 0.2700 0.6367 0.2700
279 280 90.3 0.2700 0.6632 0.2700
321 322 90.1 0.2700 13.7866 0.2700
321 323 90.1 0.2700 8.6467 0.2700
322 323 90.1 0.2700 6.2637 0.2700
325 327 89.9 0.2700 5.2665 0.2700
326 327 89.9 0.2700 5.3472 0.2700
343 344 90.2 0.2700 5.8168 0.2700
343 345 90.5 0.2700 5.0440 0.2700
344 345 90.2 0.2700 5.9636 0.2700
344 346 89.7 0.2700 6.8436 0.2700
345 346 89.5 0.2700 2.4697 0.2700
364 365 89.9 0.2700 1.8601 0.2700
364 366 90.0 0.2700 2.8203 0.2700
365 366 89.9 0.2700 1.4138 0.2700
389 390 90.0 0.2700 0.4660 0.2700
389 391 90.0 0.2700 0.4625 0.2700
390 391 90.0 0.2700 0.4644 0.2700
417 418 89.9 0.2700 3.9010 0.2700
417 419 89.9 0.2700 3.8294 0.2700
418 419 51.6 0.2700 0.2606 0.2700
418 420 89.6 0.2700 0.5341 0.2700
419 420 89.7 0.2700 0.7429 0.2700
441 442 89.9 0.2700 13.9652 0.2700
441 443 89.9 0.2700 10.3452 0.2700
442 443 89.8 0.2700 4.5213 0.2700
544 545 90.1 0.2700 15.9781 0.2700
544 546 90.1 0.2700 30.0933 0.2700
545 546 90.1 0.2700 22.2106 0.2700
548 549 90.2 0.2700 25.9365 0.2700
548 550 90.7 0.2700 26.2207 0.2700
549 550 90.3 0.2700 14.0951 0.2700
549 551 91.6 0.2700 11.6914 0.2700
550 551 90.3 0.2700 21.9519 0.2700
553 554 90.7 0.2700 3.3299 0.2700
553 555 90.6 0.2700 3.9172 0.2700
554 555 92.9 0.2700 0.8229 0.2700
585 586 90.2 0.2700 11.2296 0.2700
585 587 90.3 0.2700 5.7745 0.2700
586 587 90.3 0.2700 7.9541 0.2700
610 611 90.3 0.2700 9.4740 0.2700
610 612 90.3 0.2700 8.4819 0.2700
611 612 90.3 0.2700 11.3421 0.2700
627 628 90.3 0.2700 8.1411 0.2700
627 629 90.4 0.2700 6.7729 0.2700
628 629 90.2 0.2700 13.2208 0.2700
658 659 90.2 0.2700 8.6001 0.2700
658 660 90.6 0.2700 3.1046 0.2700
659 660 90.3 0.2700 7.0261 0.2700
662 663 91.0 0.2700 2.3870 0.2700
662 664 90.9 0.2700 2.7549 0.2700
663 664 93.7 0.2700 0.6352 0.2700
679 680 90.3 0.2700 13.4498 0.2700
679 681 91.1 0.2700 16.7951 0.2700
680 681 90.4 0.2700 14.8215 0.2700
680 682 91.5 0.2700 13.3099 0.2700
681 682 90.3 0.2700 12.9139 0.2700
686 687 90.3 0.2700 9.1711 0.2700
686 688 90.1 0.2700 21.0202 0.2700
687 688 90.2 0.2700 15.7967 0.2700
692 693 90.3 0.2700 9.1086 0.2700
692 694 90.1 0.2700 26.5014 0.2700
693 694 90.1 0.2700 28.4044 0.2700
732 733 90.2 0.2700 8.9898 0.2700
732 734 90.1 0.2700 15.0593 0.2700
733 734 90.1 0.2700 19.4212 0.2700
765 766 90.2 0.2700 11.7151 0.2700
765 767 90.1 0.2700 17.2003 0.2700
766 767 90.3 0.2700 5.7251 0.2700
775 776 90.0 0.2700 23.4327 0.2700
775 777 90.0 0.2700 18.5738 0.2700
776 777 90.0 0.2700 7.5046 0.2700
779 780 90.1 0.2700 16.1949 0.2700
779 781 90.2 0.2700 4.8202 0.2700
780 781 90.1 0.2700 11.4123 0.2700
799 800 89.7 0.2700 27.3454 0.2700
799 801 89.6 0.2700 21.0301 0.2700
800 801 89.7 0.2700 13.7919 0.2700
800 802 89.3 0.2700 12.7552 0.2700
801 802 89.7 0.2700 26.5439 0.2700
832 833 89.5 0.2700 17.9044 0.2700
832 834 90.1 0.2700 20.5144 0.2700
833 834 89.9 0.2700 13.9714 0.2700
833 835 90.1 0.2700 17.8861 0.2700
834 835 89.6 0.2700 26.0753 0.2700
856 857 90.2 0.2700 10.1381 0.2700
856 858 90.2 0.2700 11.8072 0.2700
857 858 90.1 0.2700 16.2464 0.2700
885 886 90.1 0.2700 8.4484 0.2700
885 887 90.2 0.2700 4.0135 0.2700
886 887 90.2 0.2700 4.4632 0.2700
894 895 90.0 0.2700 14.5554 0.2700
894 896 90.0 0.2700 10.5658 0.2700
895 896 90.0 0.2700 13.5083 0.2700
902 903 90.2 0.2700 3.3980 0.2700
902 904 90.0 0.2700 17.1564 0.2700
903 904 90.0 0.2700 14.9801 0.2700
915 916 90.0 0.2700 17.1524 0.2700
915 917 90.0 0.2700 21.5888 0.2700
916 917 90.0 0.2700 5.2435 0.2700
941 942 90.0 0.2700 0.7282 0.2700
941 943 90.0 0.2700 0.7765 0.2700
942 943 90.0 0.2700 0.7311 0.2700
957 958 89.9 0.2700 15.0232 0.2700
957 959 90.0 0.2700 26.1044 0.2700
958 959 90.0 0.2700 25.6456 0.2700
961 962 94.3 0.2700 9.2229 0.2700
961 963 93.3 0.2700 9.6838 0.2700
962 963 92.5 0.2700 8.9941 0.2700
962 964 97.3 0.2700 4.4124 0.2700
963 964 97.2 0.2700 5.5336 0.2700
996 997 35.8 0.2700 0.2724 0.2700
1027 1028 90.0 0.2700 7.7884 0.2700
1027 1029 90.0 0.2700 6.7579 0.2700
1028 1029 90.0 0.2700 7.7841 0.2700
1039 1040 66.2 0.2700 0.3580 0.2700
1039 1041 31.9 0.2700 0.2668 0.2700
1040 1041 39.6 0.2700 0.3169 0.2700
1040 1042 89.5 0.2700 0.3264 0.2700
1041 1042 45.4 0.2700 0.3012 0.2700
1044 1045 93.5 0.2700 13.2243 0.2700
1044 1046 93.3 0.2700 14.8205 0.2700
1045 1046 91.7 0.2700 13.0874 0.2700
1045 1047 95.9 0.2700 8.3207 0.2700
1046 1047 93.9 0.2700 11.8244 0.2700
1065 1066 38.7 0.2700 0.2739 0.2700
1065 1067 60.8 0.2700 0.2732 0.2700
1074 1075 90.1 0.2700 0.4393 0.2700
1074 1076 64.3 0.2700 0.2699 0.2700
1075 1076 90.1 0.2700 0.3526 0.2700
1086 1087 90.2 0.2700 0.4147 0.2700
1086 1088 67.1 0.2700 0.3393 0.2700
1087 1088 90.2 0.2700 0.7327 0.2700
1087 1089 90.2 0.2700 0.7690 0.2700
1088 1089 90.1 0.2700 0.7878 0.2700
1118 1119 90.0 0.2700 0.9195 0.2700
1118 1120 38.5 0.2700 0.2696 0.2700
1119 1120 90.0 0.2700 0.9050 0.2700
1136 1137 62.3 0.2700 0.2896 0.2700
1137 1138 36.4 0.2700 0.2924 0.2700
1137 1139 44.8 0.2700 0.2942 0.2700
1141 1142 90.0 0.2700 11.4892 0.2700
1141 1143 90.0 0.2700 11.4891 0.2700
1142 1143 90.0 0.2700 11.4892 0.2700
3 4 90.0 0.2650 83.6337 0.2650
54 55 90.0 0.2600 23.8534 0.2600
60 61 90.0 0.2600 0.8260 0.2600
71 72 90.0 0.3100 27.7548 0.3100
109 110 90.0 0.3100 21.8345 0.3100
114 115 90.0 0.3100 0.8140 0.3100
116 117 90.0 0.3100 1.4351 0.3100
155 156 90.0 0.2600 4.3213 0.2600
173 174 90.0 0.2600 15.3048 0.2600
192 193 90.0 0.2600 0.3646 0.2600
203 204 90.0 0.2650 21.3496 0.2650
237 238 90.0 0.2650 7.2122 0.2650
247 248 90.0 0.2600 0.3020 0.2600
253 254 90.0 0.2600 0.3692 0.2600
255 256 90.0 0.2650 2.3883 0.2650
265 266 90.0 0.2600 0.2947 0.2600
275 276 90.0 0.2650 2.7267 0.2650
295 296 90.0 0.2600 34.2205 0.2600
303 304 90.0 0.2650 2.3091 0.2650
305 306 90.0 0.2600 47.5697 0.2600
314 315 90.0 0.2650 2.4219 0.2650
334 335 90.0 0.2650 33.8116 0.2650
336 337 90.0 0.2600 18.5406 0.2600
338 339 90.0 0.2650 17.4524 0.2650
340 341 90.0 0.2600 17.6973 0.2600
361 362 90.0 0.2650 13.8628 0.2650
367 368 90.0 0.2600 14.8104 0.2600
376 377 90.0 0.2650 7.2635 0.2650
392 393 90.0 0.2600 2.4593 0.2600
402 403 90.0 0.2650 1.7343 0.2650
404 405 90.0 0.2600 0.3920 0.2600
429 430 90.0 0.2650 0.5364 0.2650
437 438 90.0 0.2650 21.9520 0.2650
451 452 90.0 0.2600 1.4554 0.2600
468 469 59.7 0.2650 0.2650 0.2650
479 480 90.0 0.3100 18.8023 0.3100
485 486 90.0 0.2600 13.6847 0.2600
494 495 90.0 0.3100 7.7065 0.3100
500 501 90.0 0.2650 21.6147 0.2650
512 513 90.0 0.2650 17.9209 0.2650
534 535 83.6 0.3100 0.3100 0.3100
537 538 90.0 0.2600 4.4189 0.2600
541 542 90.0 0.3100 3.5603 0.3100
563 564 90.0 0.2600 31.5551 0.2600
579 580 90.0 0.3100 2.3912 0.3100
595 596 90.0 0.3100 4.4694 0.3100
600 601 90.0 0.3100 11.0915 0.3100
622 623 90.0 0.2600 12.0944 0.2600
636 637 90.0 0.3100 0.3940 0.3100
642 643 90.0 0.2650 14.4601 0.2650
652 653 90.0 0.3100 0.5690 0.3100
689 690 90.0 0.2600 6.6641 0.2600
699 700 90.0 0.2600 2.0476 0.2600
723 724 90.0 0.2600 20.7928 0.2600
725 726 90.0 0.2650 12.7657 0.2650
729 730 90.0 0.3100 0.9696 0.3100
749 750 90.0 0.2600 31.1056 0.2600
758 759 90.0 0.2650 21.0433 0.2650
760 761 90.0 0.2650 19.7754 0.2650
789 790 90.0 0.3100 0.7369 0.3100
793 794 90.0 0.2650 18.9454 0.2650
806 807 90.0 0.3100 1.9967 0.3100
823 824 90.0 0.2650 1.6391 0.2650
836 837 90.0 0.2600 0.6547 0.2600
853 854 90.0 0.2600 18.6495 0.2600
867 868 90.0 0.2600 17.8526 0.2600
871 872 90.0 0.2600 16.3901 0.2600
875 876 90.0 0.2600 17.4624 0.2600
905 906 90.0 0.2600 25.7169 0.2600
912 913 90.0 0.2600 14.7408 0.2600
921 922 90.0 0.2600 1.6534 0.2600
925 926 90.0 0.2600 33.0797 0.2600
931 932 90.0 0.3100 36.2703 0.3100
933 934 90.0 0.2650 51.8164 0.2650
1002 1003 90.0 0.2650 23.1537 0.2650
1050 1051 90.0 0.2650 18.2299 0.2650
1057 1058 90.0 0.2600 13.3863 0.2600
1059 1060 90.0 0.2600 24.0983 0.2600
1079 1080 90.0 0.2650 2.4137 0.2650
1081 1082 56.2 0.2600 0.2600 0.2600
1096 1097 90.0 0.2650 0.3483 0.2650
1099 1100 90.0 0.2650 12.3598 0.2650
1101 1102 90.0 0.2650 5.1454 0.2650
1111 1112 90.0 0.3100 0.3131 0.3100
1124 1125 46.8 0.2650 0.2650 0.2650
1133 1134 90.0 0.2600 3.6020 0.2600
1144 1145 90.0 0.2650 13.1949 0.2650
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault
Thanks,
Sunny
_______________________________________________
gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
www interface or send it to gmx-users-requ...@gromacs.org.
Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
