You can run mri_annotation2label on the a2009s annotation. The label file will have a list of vertices and their XYZ coordinate.s They are in "tkregister" space of the conformed anatomical. See http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/CoordinateSystems
On 03/19/2015 04:52 AM, Santosh Yadav wrote: > Dear FreeSurfer Experts, > > Can any one please guide me how to get the XYZ coordinates information > of both left and right ROIs included in > lh.aparc.a2009.thickness.stats.dat, that have 74 ROIs (below), these > ROI I got after Qdec in the state_table folder. > > lh_G_and_S_frontomargin_thickness > lh_G_and_S_occipital_inf_thickness > lh_G_and_S_paracentral_thickness > lh_G_and_S_subcentral_thickness > lh_G_and_S_transv_frontopol_thickness > lh_G_and_S_cingul-Ant_thickness > lh_G_and_S_cingul-Mid-Ant_thickness > lh_G_and_S_cingul-Mid-Post_thickness > lh_G_cingul-Post-dorsal_thickness > lh_G_cingul-Post-ventral_thickness > lh_G_cuneus_thickness > lh_G_front_inf-Opercular_thickness > lh_G_front_inf-Orbital_thickness > lh_G_front_inf-Triangul_thickness > lh_G_front_middle_thickness > lh_G_front_sup_thickness > lh_G_Ins_lg_and_S_cent_ins_thickness > lh_G_insular_short_thickness > lh_G_occipital_middle_thickness > lh_G_occipital_sup_thickness > lh_G_oc-temp_lat-fusifor_thickness > lh_G_oc-temp_med-Lingual_thickness > lh_G_oc-temp_med-Parahip_thickness > lh_G_orbital_thickness > lh_G_pariet_inf-Angular_thickness > lh_G_pariet_inf-Supramar_thickness > lh_G_parietal_sup_thickness > lh_G_postcentral_thickness > lh_G_precentral_thickness > lh_G_precuneus_thickness > lh_G_rectus_thickness > lh_G_subcallosal_thickness > lh_G_temp_sup-G_T_transv_thickness > lh_G_temp_sup-Lateral_thickness > lh_G_temp_sup-Plan_polar_thickness > lh_G_temp_sup-Plan_tempo_thickness > lh_G_temporal_inf_thickness > lh_G_temporal_middle_thickness > lh_Lat_Fis-ant-Horizont_thickness > lh_Lat_Fis-ant-Vertical_thickness > lh_Lat_Fis-post_thickness > lh_Pole_occipital_thickness > lh_Pole_temporal_thickness > lh_S_calcarine_thickness > lh_S_central_thickness > lh_S_cingul-Marginalis_thickness > lh_S_circular_insula_ant_thickness > lh_S_circular_insula_inf_thickness > lh_S_circular_insula_sup_thickness > lh_S_collat_transv_ant_thickness > lh_S_collat_transv_post_thickness > lh_S_front_inf_thickness > lh_S_front_middle_thickness > lh_S_front_sup_thickness > lh_S_interm_prim-Jensen_thickness > lh_S_intrapariet_and_P_trans_thickness > lh_S_oc_middle_and_Lunatus_thickness > lh_S_oc_sup_and_transversal_thickness > lh_S_occipital_ant_thickness > lh_S_oc-temp_lat_thickness > lh_S_oc-temp_med_and_Lingual_thickness > lh_S_orbital_lateral_thickness > lh_S_orbital_med-olfact_thickness > lh_S_orbital-H_Shaped_thickness > lh_S_parieto_occipital_thickness > lh_S_pericallosal_thickness > lh_S_postcentral_thickness > lh_S_precentral-inf-part_thickness > lh_S_precentral-sup-part_thickness > lh_S_suborbital_thickness > lh_S_subparietal_thickness > lh_S_temporal_inf_thickness > lh_S_temporal_sup_thickness > lh_S_temporal_transverse_thickness > > > With best, > > Santosh > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 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Greve, Ph.D. MGH-NMR Center gr...@nmr.mgh.harvard.edu Phone Number: 617-724-2358 Fax: 617-726-7422 Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ _______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
