What you call the output label is up to you. What you call the input label
is more important - it has to be a file that actually exists.
On Mon, 25 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote:
> Ah ok! Sorry... In both places?
>
>
> Quoting Anastasia Yendiki <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>:
>
> > It's .thresh.label, not .threshold.label.
> >
> > On Mon, 25 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote:
> >
> > > > Hi Anastasia!
> > > > The command in the recon-all.log is this one:
> > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel >
> > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label
> > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel ./rh.BA1.label --hemi rh >
> > > --regmethod surface
> > > > And I tried substituing BAxxx.label by BAxxx.thresh.label like
> > > > this:
> > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel
> > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label >
> > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel
> > > ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface
> > > > gave an error :
> > > > SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/
> > > FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
> > > Loading source label.
> > > No such file or directory
> > > mri_label2label: could not open label file >
> > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
> > > Illegal seek
> > > ERROR reading >
> > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label
> > > > Thus, I substitued only in the second BAxxx.label and it worked. I
> > > > > thought that was it, but then the values
> > > were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing.
> > > > Thank you!
> > > > Andreia
> > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki
> > > > > > > > > > > > > <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>:
> > > > > Hi Andreia - What you're rerunning is using BAxxx.label instead
> > > > > of
> > > > BAxxx.thresh.label. So of course the results will be the same as
> > > > before
> > > > you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these new files
> > > > > > aren't
> > > > being used in 5.0.
> > > > > > You'll need to find the "BA labels" section in recon-all.log
> > > > > > and rerun
> > > > those commands yourself, changing every BAxxx.label to > >
> > > > BAxxx.thresh.label.
> > > > > > Hope this helps,
> > > > a.y
> > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote:
> > > > > > > Hello list!
> > > > > > > > Any suggestions on what I may be doing wrong?
> > > > > > > > Thanks!
> > > > > Andreia
> > > > > > > > > > > > > > ----- Mensagem encaminhada de
> > > > > > > > > > > > > > _andre...@sapo.pt -----
> > > > > Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000
> > > > > De: _andre...@sapo.pt
> > > > > Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, surface area
> > > > > and > > > volume
> > > > > Para: Anastasia Yendiki <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>, > >
> > > > > > freesurfer
> > > > > <freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>
> > > > > Cc: Bruce Fischl <fis...@nmr.mgh.harvard.edu>
> > > > > > > > Hi all,
> > > > > > > > I want to study Brodmann Areas cortical thickness, surface
> > > > > > > > area and
> > > > > volume. I've added the 5.2 BAxxx.threshold.label to my 5.0
> > > > > fsaverage
> > > > > and run the recon-all BA labels command. Now I run
> > > > > aparcstats2table
> > > > > and get a table with the values but they are the same as before
> > > > > running the BAxxx.threshold.label.
> > > > > > > > So, everything is working but the values haven't changed.
> > > > > > > > Am I > > > missing
> > > > > something? Do I need to run any other command so to the
> > > > > threshold > > > have
> > > > > effect?
> > > > > > > > Andreia
> > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki
> > > > > > > > > > > <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>:
> > > > > > > > > Sounds like centos4 is probably the safest bet for you,
> > > > > > > > > although > > > > you
> > > > > > should ask the list this question.
> > > > > > > > > > Sorry, I don't know what values you want to get in a
> > > > > > > > > > table.
> > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote:
> > > > > > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking of working with 5.2,
> > > > > > > > > > > should I > > > > > download
> > > > > > > the version for centOS 4 then?
> > > > > > > > > > > > After running the new BAxxx.thresh.label files how
> > > > > > > > > > > > can I get the
> > > > > > > values in a table?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Yendiki
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>:
> > > > > > > > > > > > > It doesn't matter. You just need to use those
> > > > > > > > > > > > > .label files from
> > > > > > > > the fsaverage directory in the 5.2 distritbution. You
> > > > > > > > don't > > > > > > need
> > > > > > > > to run any of the executables from the 5.2 distribution.
> > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > I'm using Centos5, which file should I
> > > > > > > > > > > > > > > download? The one for
> > > > > > > > > CentOS 6 or > 4?
> > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki
> > > > > > > > > > > <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>:
> > > > > > > > > > > You'll need to go to the section of recon-all.log
> > > > > > > > > > > under > > > > > > > > > the
> > > > > > > > > > heading "BA > > labels". You'll need to rerun the
> > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in
> > > > > > > > > > that section, but instead > > of using the BAxxx.label
> > > > > > > > > > > > > > > > > > files, us
> > > > > > > > > > the BAxxx.thresh.label files, which > > you'll find in
> > > > > > > > > > the
> > > > > > > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 distribution.
> > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote:
> > > > > > > > > > > > > Hello Anastasia,
> > > > > > > > > > > > How should I proceed to get the different BAs >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > measures
> > > > > > > > > > output with > > > > FS > 5.0?
> > > > > > > > > > > > Thank you very much!
> > > > > > > > > > > > Andreia
> > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>:
> > > > > > > > > > > > > The thresholded labels are in the 5.2 version
> > > > > > > > > > > > > of
> > > > > > > > > > fsaverage > > > > > under:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label
> > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, Bruce Fischl wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > Anastasia?
> > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > Ok, that was my guess... I am running
> > > > > > > > > > > > > > > against > > > > > > > > > > > > > a
> > > > > > > > > > deadline, > > > > > > > any > > > > > news on
> > > > > > > > > > > > > > automatically computing the correct
> > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > > > > > > > script?
> > > > > > > > > > Will I > > > > > > be > > > > able to
> > > > > > > > > > > > > > use it in 5.0?
> > > > > > > > > > > > > > > > Thanks you!
> > > > > > > > > > > > > > > > Andreia
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > <fis...@nmr.mgh.harvard.edu>:
> > > > > > > > > > > > > > > > > yes. Surface area will be the
> > > > > > > > > > > > > > > > > affected > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > much
> > > > > > > > > > more than > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > (and >
> > > > > > > > > > > > > volume of > > > > > > > > > course scales
> > > > > > > > > > > > > with > > > > > > > > > > > area)
> > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar 2013,
> > > > > > > > > > > > > > > > _andre...@sapo.pt > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Bruce,
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you for the quick response!
> > > > > > > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, does that also
> > > > > > > > > > > > > > > > > > apply > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > to
> > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical >
> > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > thickness >
> > > > > > > > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > volume?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you!
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce Fischl > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > <fis...@nmr.mgh.harvard.edu>:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the issue is that the BA
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > labels > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain
> > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > point > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has
> > > > > > > > > > any > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > non-zero
> > > > > > > > > > > > > > > > > probability (no matter how small!)
> > > > > > > > > > > > > > > > > of > > > > > > > > > > > > > > > being
> > > > > > > > > > > > > > > > > in
> > > > > > > > > > that > > > > > > > > > label. > > > > > > > So
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > total
> > > > > > > > > > > > > > > > > label area is almost certainly
> > > > > > > > > > > > > > > > > always > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > bigger
> > > > > > > > > > than the > > > > > > > > > > > > > > > > actual
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > BA. > > > > > > > > > > > > Anastasia
> > > > > > > > > > > > > > > > > has some scripts for automatically
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computing
> > > > > > > > > > the > > > > > > > > > correct > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > threshold, > > > > > > > > > > > > and I
> > > > > > > > > > > > > > > > > believe she and Nick integrated
> > > > > > > > > > > > > > > > > them > > > > > > > > > > > > > > > into
> > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2
> > > > > > > > > > so that > > > > > > > > > the > > > > > > >
> > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > are
> > > > > > > > > > > > > > > > > computed both thresholded and > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > unthresholded, >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > > > > > > they
> > > > > > > > > > > > > > > > > > can > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>> comment.
> > > > > > > > > > > > > > > > > Bruce
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 2013, > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andre...@sapo.pt
> > > > > > > > > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi all,
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using FS 5.0 and some
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > time > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ago I
> > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > told by > > > > >
> > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>>
> > > > > > > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > to
> > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold the BA in order to have
> > > > > > > > > > > > > > > > > > an
> > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > area > > > > > >
> > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > approximate > > > > >
> > > > > > > > > > approximate > > > > > > > > > > > > > > > when
> > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> overlaying
> > > > > > > > > > > > > > > > > > in the inflated surface. To get >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > surface
> > > > > > > > > > > > > > > > > > area
> > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > I > > > > > > > >
> > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > also > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > need to > > > > > > > > > > > > > > use
> > > > > > > > > > > > > > > > > > the label_area and put a
> > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold
> > > > > > > > > > > > > > > > > > having the possibility to choose
> > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > surface
> > > > > > > > > > that I > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > either > > > > > > > > > > > > > > white
> > > > > > > > > > > > > > > > > > or pial.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > But I can also get the BA
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats in a
> > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > for > > > > > >
> > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > table > > > > > > >
> > > > > > > > > > table > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > all > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > subjects and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > areas
> > > > > > > > > > > > > > > > > > using either
> > > > > > > > > > > > > > > > > > mris_anatomical_stats (on > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > each
> > > > > > > > > > label) > > > > > > > > > > or > > > > > > > >
> > > > > > > > > > usinga > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> script by
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Jamaan to get the table (since I
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > already
> > > > > > > > > > have the > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats >
> > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files),
> > > > > > > > > > > > > > > > > > right?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > My question is, which is
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the
> > > > > > > > > > better/correct > > > > > > > > > > > > > > way > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > >>>> thickness
> > > > > > > > > > > > > > > > > > and surface area values of the BA
> > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > export
> > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > statistical > > > > > > >
> > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > for > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > for > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> analysis
> > > > > > > > > > > > > > > > > > since there are the thresolds
> > > > > > > > > > > > > > > > > > issue.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I want to study mainly >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical
> > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > and > > > >
> > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > thickness >
> > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > area but > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > also
> > > > > > > > > > > > > > > > > > look also at the volume (which is
> > > > > > > > > > surface-based, > > > > > > > > > > thus
> > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness*surface are will not be
> > > > > > > > > > > > > > > > > > = > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > volume
> > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > they > > > > > > > >
> > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > are > > > > > > > > since >
> > > > > > > > > > since > > > > > > > > > > > > > > > > > > > an > >
> > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>> > average
> > > > > > > > > > > > > > > > > > from each label, right?).
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I' not sure of which
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > approach > > > > > > > > > > >
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