Wonderful - thank you. That seemed to fix the problem. Kiely
On Fri, May 18, 2012 at 3:25 PM, Priti Srinivasan < rspr...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > Hi Kiely, > > In your terminal (after sourcing the freesurfer environment) type the > following: > > gedit $FREESURFER_HOME/bin/trac-preproc (use pico if you're using mac, you > can also use other editors like vi or emacs) > > This will open up trac-preproc script in a text editor. > > you can scroll through to #--- Intra-subject registration ----# > > in the script and look for the following lines: > > > if ($doregflt) then > # Register low-b to anatomical using flirt > set cmd = flirt > set cmd = ($cmd -in $dwidir/lowb_brain.nii.gz) > set cmd = ($cmd -ref $dwidir/brain_anat.nii.gz) > set cmd = ($cmd -out $dwidir/lowb_brain_anat.flt.nii.gz) > set cmd = ($cmd -omat $xfmdir/diff2anat.flt.mat) > set cmd = ($cmd -cost mutualinfo) > echo $cmd |& tee -a $LF |& tee -a $CF > if ($RunIt) then > $fs_time $cmd |& tee -a $LF > if ($status) goto error_exit > endif > > Change the mutualinfo in the above line to corratio > > Re-run trac-all -intra -inter -masks -tensor -prior -c <your_dmrirc_file> > and then trac-all -path > > Best, > Priti > > > > > > That's where I looked, but all I see is the following (I don't see the > > command line that creates the diff2anat for me to edit): > > > > > > Last login: Fri May 18 13:45:47 on ttys000 > > /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit; > > Kielys-MacBook-Air:~ kielydonnelly$ > > /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit; > > > > USAGE: trac-preproc > > > > Required arguments: > > -c <file> : dmrirc file (see dmrirc.example) > > > > Other arguments: > > -log <file> : default is trac-all.log in the same dir as dmrirc > > -nolog : do not save a log file > > -cmd <file> : default is trac-all.cmd in the same dir as dmrirc > > -nocmd : do not save a cmd file > > -no-isrunning : do not check whether this subject is currently being > > processed > > -umask umask : set unix file permission mask (default 002) > > -grp groupid : check that current group is alpha groupid > > -allowcoredump : set coredump limit to unlimited > > -debug : generate much more output > > -dontrun : do everything but execute each command > > -version : print version of this script and exit > > -help : print full contents of help > > > > logout > > > > [Process completed] > > > > On Fri, May 18, 2012 at 1:59 PM, Anastasia Yendiki < > > ayend...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > > > >> > >> This is a script, it's in the directory where all freesurfer scripts > >> are. > >> You can find it by doing "which trac-preproc". > >> > >> > >> On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: > >> > >> OK - Can you point me in the direction of the trac-preproc file that I > >>> should edit? > >>> > >>> On Fri, May 18, 2012 at 12:18 PM, Anastasia Yendiki < > >>> ayend...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > >>> > >>> The other registration files depend on diff2anat. For example, > >>> diff2mni is composed of diff2anat and anat2mni. If > >>> you're using the old diff2mni, it's like you didn't change > >>> anything. > >>> > >>> The -intra step creates all these. You need to edit the command > >>> that > >>> generates the diff2anat in your version of > >>> trac-preproc. Either comment that line out so that it runs > >>> everything but that, or change that line to the options > >>> that worked for you. > >>> > >>> > >>> On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: > >>> > >>> I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the old > >>> one. > >>> Do they all need to be recreated? If so, > >>> is that something I > >>> add to the command line? > >>> > >>> On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki < > >>> ayend...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > >>> > >>> Were the old .mat files replaced with the new ones? > >>> > >>> On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote: > >>> > >>> That seemed to fix the registration issue, but I'm > >>> still > >>> unable to > >>> reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm > >>> getting > >>> the same error that > >>> the control points are not within the mask. THis > >>> happens > >>> for all tracts. > >>> Thanks, > >>> > >>> Kiely > >>> > >>> On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki > >>> <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu**> wrote: > >>> > >>> á á áThe .mat registration matrix should be saved under > >>> dmri/xfms/. > >>> > >>> > >>> á á áOn Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote: > >>> > >>> á á á á á áI tried using corratio and it seems to have fixed > >>> á á á á á áthe registration issue. > >>> á á á á á áI'm very new to this so just want to make sure I > >>> did > >>> á á á á á áit correctly before I > >>> á á á á á ámove forward. Should the command line look > >>> something > >>> á á á á á álike this if I am > >>> á á á á á árunning it in this individuals dmri directory:á > >>> > >>> á á á á á áflirt -in dwi_orig.nii.gz -ref brain_anat.nii.gz > >>> á á á á á á-out > >>> á á á á á álowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat > >>> diff2anat.flt.mat > >>> á á á á á á-cost corratio > >>> > >>> > >>> á á á á á áThanks so much for your help. > >>> > >>> á á á á á áKiely > >>> > >>> á á á á á áOn Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti > >>> Srinivasan > >>> á á á á á á<rspr...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > >>> á á á á á áá á áyou have to run flirt commandline separately > >>> to > >>> á á á á á ácheck if it > >>> á á á á á áá á ásolves your > >>> á á á á á áá á áproblem. > >>> > >>> > >>> á á á á á áá á á> Is this something I can change in my > >>> dmrirc > >>> á á á á á áfile or do I need > >>> á á á á á áá á áto run flirt > >>> á á á á á áá á á> on it's own? > >>> á á á á á áá á á> > >>> á á á á á áá á á> Thanks, > >>> á á á á á áá á á> > >>> á á á á á áá á á> Kiely > >>> á á á á á áá á á> > >>> á á á á á áá á á> On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti > >>> á á á á á áSrinivasan < > >>> á á á á á áá á á> rspr...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > >>> á á á á á áá á á> > >>> á á á á á áá á á>> Kiely, For flirt, try using corratio, > >>> cost > >>> á á á á á áfunction instead > >>> á á á á á áá á áof > >>> á á á á á áá á á>> mutualinfo > >>> á á á á á áá á á>> (which is the default in trac-all) to see > >>> if > >>> á á á á á áthat solves your > >>> á á á á á áá á á>> registration > >>> á á á á á áá á á>> problem. > >>> á á á á á áá á á>> > >>> á á á á á áá á á>> > >>> á á á á á áá á á>> > Hi Kiely - Looks like you used flirt > >>> for > >>> á á á á á áthe intra-subject > >>> á á á á á áá á á>> registration, > >>> á á á á á áá á á>> > so you can look in trac-all.log for the > >>> á á á á á áflirt command line > >>> á á á á á áá á áthat > >>> á á á á á áá á á>> registers > >>> á á á á á áá á á>> > diffusion to anatomical and play around > >>> á á á á á áwith the > >>> á á á á á áá á áparameters. > >>> á á á á á áá á á>> > > >>> á á á á á áá á á>> > You can also use bbregister instead of > >>> á á á á á áflirt for the > >>> á á á á á áá á áintra-subject > >>> á á á á á áá á á>> > registration - it has the option to > >>> á á á á á áinitialize with flirt > >>> á á á á á áá á áor with SPM. > >>> á á á á á áá á á>> > > >>> á á á á á áá á á>> > Hope this helps, > >>> á á á á á áá á á>> > a.y > >>> á á á á á áá á á>> > > >>> á á á á á áá á á>> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly > >>> wrote: > >>> á á á á á áá á á>> > > >>> á á á á á áá á á>> >> Hi Priti - Thanks for your help. The > >>> á á á á á áinter-subject > >>> á á á á á áá á áregistration seems > >>> á á á á á áá á á>> to > >>> á á á á á áá á á>> >> have run OK, but there must be > >>> something > >>> á á á á á áwrong with the > >>> á á á á á áá á áintra-subject > >>> á á á á á áá á á>> >> registration. When I try to view it > >>> using > >>> á á á á á áfreeview, it's > >>> á á á á á áá á ácompletely > >>> á á á á á áá á á>> dark > >>> á á á á á áá á á>> >> - I > >>> á á á á á áá á á>> >> don't see a brain at all. Is there a > >>> way > >>> á á á á á áto troubleshoot > >>> á á á á á áá á áthis? > >>> á á á á á áá á á>> >> Thanks, > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> Kiely > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM, Priti > >>> á á á á á áSrinivasan > >>> á á á á á áá á á>> >> <rspr...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á Hi Kiely, > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á Have you checked your inter and > >>> á á á á á áintra subject > >>> á á á á á áá á áregistrations? > >>> á á á á á áá á á>> The > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á control > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á points going off the dwi is not > >>> á á á á á áonly for one paths > >>> á á á á á áá á ábut for all > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á the paths. > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á If the registration goes > >>> terribly > >>> á á á á á áwrong, this can > >>> á á á á á áá á áhappen. You > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á can take a > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á look at > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > >>> /dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.**gz > >>> á á á á á á(For intra subject > >>> á á á á á áá á á>> registration > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á diff-anat) > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á and > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/brain_anat_mni.nii.gz (For > >>> á á á á á áinter-subject > >>> á á á á á áá á áregistration > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á anat-mni) > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á I would start by checking that > >>> á á á á á áfirst. > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á Priti > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > Hello-- > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > I have run Tracula > >>> successfully > >>> á á á á á áfor ~75 healthy > >>> á á á á á áá á ásubjects. > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á However, the > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > pathway reconstruction seems > >>> to > >>> á á á á á áfail for a handful > >>> á á á á á áá á áof people. > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á I've > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > attached > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > the log file for one of these > >>> á á á á á ásubjects. It appears > >>> á á á á á áá á áthat the > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á control points > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > are not within the dwi. A > >>> similar > >>> á á á á á áproblem occurred > >>> á á á á á áá á áin a > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á subject with > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > substantial signal loss in the > >>> á á á á á ádwi, but that > >>> á á á á á áá á ádoesn't seem to > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á be the case > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > for this particular person. I > >>> á á á á á áhave been creating > >>> á á á á á áá á áthe entire > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á set of tracts, > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > but at this point, I'm only > >>> á á á á á áinterested in the SLFt > >>> á á á á á áá á áand SLFp. > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > Thanks, > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > > >>> á á á á á áá á á>> >> á á á > Kiely > >>> á á á á á áá á á>> >> > > >>> á á á á á á_____________________________**__________________ > >>> á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer mailing list > >>> á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > >>> á á á á á áá á á>> >> > > >>> á á á á á áá á > >>> á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.** > >>> harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurfer< > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer> > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> The information in this e-mail is > >>> á á á á á áintended only for the > >>> á á á á á áá á áperson to > >>> á á á á á áá á á>> whom > >>> á á á á á áá á á>> >> it is > >>> á á á á á áá á á>> >> addressed. If you believe this e-mail > >>> was > >>> á á á á á ásent to you in > >>> á á á á á áá á áerror and > >>> á á á á á áá á á>> the > >>> á á á á á áá á á>> >> e-mail > >>> á á á á á áá á á>> >> contains patient information, please > >>> á á á á á ácontact the Partners > >>> á á á á á áá á áCompliance > >>> á á á á á áá á á>> >> HelpLine at > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> http://www.partners.org/**complianceline< > http://www.partners.org/complianceline>. > >>> á á á á á áIf the e-mail was > >>> á á á á á áá á ásent to > >>> á á á á á áá á á>> you > >>> á á á á á áá á á>> >> in error > >>> á á á á á áá á á>> >> but does not contain patient > >>> information, > >>> á á á á á áplease contact > >>> á á á á á áá á áthe sender > >>> á á á á á áá á á>> >> and properly > >>> á á á á á áá á á>> >> dispose of the e-mail. > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> >> -- > >>> á á á á á áá á á>> >> Kiely M. Donnelly, M.A. > >>> á á á á á áá á á>> >> Doctoral Candidate, Clinical > >>> á á á á á áNeuropsychology > >>> á á á á á áá á á>> >> University of Cincinnati > >>> á á á á á áá á á>> >> > >>> á á á á á áá á á>> > >>> á á á á á > >>> á>>___________________________**____________________ > >>> á á á á á áá á á>> > Freesurfer mailing list > >>> á á á á á áá á á>> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > >>> á á á á á áá á á>> > > >>> á á á á á áá á > >>> á á á á á ááhttps://mail.nmr.mgh.** > >>> harvard.edu/mailman/listinfo/**freesurfer< > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer> > >>> á á á á á áá á á>> > >>> á á á á á áá á á>> > >>> á á á á á áá á á> > >>> á á á á á áá á á> > >>> á á á á á áá á á> -- > >>> á á á á á áá á á> Kiely M. Donnelly, M.A. > >>> á á á á á áá á á> Doctoral Candidate, Clinical > >>> Neuropsychology > >>> á á á á á áá á á> University of Cincinnati > >>> á á á á á áá á á> > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> á á á á á á-- > >>> á á á á á áKiely M. Donnelly, M.A. > >>> á á á á á áDoctoral Candidate, Clinical Neuropsychology > >>> á á á á á áUniversity of Cincinnati > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> -- > >>> Kiely M. Donnelly, M.A. > >>> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology > >>> University of Cincinnati > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> -- > >>> Kiely M. Donnelly, M.A. > >>> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology > >>> University of Cincinnati > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> -- > >>> Kiely M. Donnelly, M.A. > >>> Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology > >>> University of Cincinnati > >>> > >>> > > > > > > -- > > Kiely M. Donnelly, M.A. > > Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology > > University of Cincinnati > > > > -- Kiely M. Donnelly, M.A. Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology University of Cincinnati
_______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
