That's where I looked, but all I see is the following (I don't see the command
line that creates the diff2anat for me to edit):
Last login: Fri May 18 13:45:47 on ttys000
/Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ; exit;
Kielys-MacBook-Air:~ kielydonnelly$ /Applications/freesurfer/bin/trac-preproc ;
exit;
USAGE: trac-preproc
Required arguments:
-c <file> : dmrirc file (see dmrirc.example)
Other arguments:
-log <file> : default is trac-all.log in the same dir as dmrirc
-nolog : do not save a log file
-cmd <file> : default is trac-all.cmd in the same dir as dmrirc
-nocmd : do not save a cmd file
-no-isrunning : do not check whether this subject is currently being
processed
-umask umask : set unix file permission mask (default 002)
-grp groupid : check that current group is alpha groupid
-allowcoredump : set coredump limit to unlimited
-debug : generate much more output
-dontrun : do everything but execute each command
-version : print version of this script and exit
-help : print full contents of help
logout
[Process completed]
On Fri, May 18, 2012 at 1:59 PM, Anastasia Yendiki
<ayend...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
This is a script, it's in the directory where all freesurfer scripts are. You
can find it by doing "which
trac-preproc".
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
OK - Can you point me in the direction of the trac-preproc file
that I should edit?
On Fri, May 18, 2012 at 12:18 PM, Anastasia Yendiki
<ayend...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
The other registration files depend on diff2anat. For example,
diff2mni is composed of diff2anat
and anat2mni. If
you're using the old diff2mni, it's like you didn't change
anything.
The -intra step creates all these. You need to edit the
command that generates the diff2anat in
your version of
trac-preproc. Either comment that line out so that it runs
everything but that, or change that line
to the options
that worked for you.
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
I only created a diff2anat.flt.mat file which replaced the old
one. Do they all need to be
recreated? If so,
is that something I
add to the command line?
On Fri, May 18, 2012 at 10:55 AM, Anastasia Yendiki
<ayend...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
Were the old .mat files replaced with the new ones?
On Fri, 18 May 2012, Kiely Madhavan wrote:
That seemed to fix the registration issue, but I'm
still unable to
reconstruct the tracts using trac-all -path. I'm
getting the same error that
the control points are not within the mask. THis
happens for all tracts.
Thanks,
Kiely
On Wed, May 16, 2012 at 11:39 AM, Anastasia Yendiki
<ayend...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
á á áThe .mat registration matrix should be saved under
dmri/xfms/.
á á áOn Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly wrote:
á á á á á áI tried using corratio and it seems to have
fixed
á á á á á áthe registration issue.
á á á á á áI'm very new to this so just want to make
sure I did
á á á á á áit correctly before I
á á á á á ámove forward. Should the command line look
something
á á á á á álike this if I am
á á á á á árunning it in this individuals dmri
directory:á
á á á á á áflirt -in dwi_orig.nii.gz -ref
brain_anat.nii.gz
á á á á á á-out
á á á á á álowb_brain_anat.flt.nii.gz -omat
diff2anat.flt.mat
á á á á á á-cost corratio
á á á á á áThanks so much for your help.
á á á á á áKiely
á á á á á áOn Wed, May 16, 2012 at 10:12 AM, Priti
Srinivasan
á á á á á á<rspr...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
á á á á á áá á áyou have to run flirt commandline
separately to
á á á á á ácheck if it
á á á á á áá á ásolves your
á á á á á áá á áproblem.
á á á á á áá á á> Is this something I can change in my
dmrirc
á á á á á áfile or do I need
á á á á á áá á áto run flirt
á á á á á áá á á> on it's own?
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á> Thanks,
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á> Kiely
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á> On Wed, May 16, 2012 at 9:27 AM, Priti
á á á á á áSrinivasan <
á á á á á áá á á> rspr...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á>> Kiely, For flirt, try using corratio,
cost
á á á á á áfunction instead
á á á á á áá á áof
á á á á á áá á á>> mutualinfo
á á á á á áá á á>> (which is the default in trac-all) to
see if
á á á á á áthat solves your
á á á á á áá á á>> registration
á á á á á áá á á>> problem.
á á á á á áá á á>>
á á á á á áá á á>>
á á á á á áá á á>> > Hi Kiely - Looks like you used
flirt for
á á á á á áthe intra-subject
á á á á á áá á á>> registration,
á á á á á áá á á>> > so you can look in trac-all.log for
the
á á á á á áflirt command line
á á á á á áá á áthat
á á á á á áá á á>> registers
á á á á á áá á á>> > diffusion to anatomical and play
around
á á á á á áwith the
á á á á á áá á áparameters.
á á á á á áá á á>> >
á á á á á áá á á>> > You can also use bbregister instead
of
á á á á á áflirt for the
á á á á á áá á áintra-subject
á á á á á áá á á>> > registration - it has the option to
á á á á á áinitialize with flirt
á á á á á áá á áor with SPM.
á á á á á áá á á>> >
á á á á á áá á á>> > Hope this helps,
á á á á á áá á á>> > a.y
á á á á á áá á á>> >
á á á á á áá á á>> > On Wed, 16 May 2012, Kiely Donnelly
wrote:
á á á á á áá á á>> >
á á á á á áá á á>> >> Hi Priti - Thanks for your help.
The
á á á á á áinter-subject
á á á á á áá á áregistration seems
á á á á á áá á á>> to
á á á á á áá á á>> >> have run OK, but there must be
something
á á á á á áwrong with the
á á á á á áá á áintra-subject
á á á á á áá á á>> >> registration. When I try to view
it using
á á á á á áfreeview, it's
á á á á á áá á ácompletely
á á á á á áá á á>> dark
á á á á á áá á á>> >> - I
á á á á á áá á á>> >> don't see a brain at all. Is there
a way
á á á á á áto troubleshoot
á á á á á áá á áthis?
á á á á á áá á á>> >> Thanks,
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> Kiely
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> On Wed, May 9, 2012 at 2:08 PM,
Priti
á á á á á áSrinivasan
á á á á á áá á á>> >> <rspr...@nmr.mgh.harvard.edu>
wrote:
á á á á á áá á á>> >> á á á Hi Kiely,
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á Have you checked your inter
and
á á á á á áintra subject
á á á á á áá á áregistrations?
á á á á á áá á á>> The
á á á á á áá á á>> >> á á á control
á á á á á áá á á>> >> á á á points going off the dwi is
not
á á á á á áonly for one paths
á á á á á áá á ábut for all
á á á á á áá á á>> >> á á á the paths.
á á á á á áá á á>> >> á á á If the registration goes
terribly
á á á á á áwrong, this can
á á á á á áá á áhappen. You
á á á á á áá á á>> >> á á á can take a
á á á á á áá á á>> >> á á á look at
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á
/dmri/lowb_brain_anat.flt.nii.gz
á á á á á á(For intra subject
á á á á á áá á á>> registration
á á á á á áá á á>> >> á á á diff-anat)
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á and
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á /dmri/brain_anat_mni.nii.gz
(For
á á á á á áinter-subject
á á á á á áá á áregistration
á á á á á áá á á>> >> á á á anat-mni)
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á I would start by checking
that
á á á á á áfirst.
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á Priti
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> á á á > Hello--
á á á á á áá á á>> >> á á á >
á á á á á áá á á>> >> á á á > I have run Tracula
successfully
á á á á á áfor ~75 healthy
á á á á á áá á ásubjects.
á á á á á áá á á>> >> á á á However, the
á á á á á áá á á>> >> á á á > pathway reconstruction
seems to
á á á á á áfail for a handful
á á á á á áá á áof people.
á á á á á áá á á>> >> á á á I've
á á á á á áá á á>> >> á á á > attached
á á á á á áá á á>> >> á á á > the log file for one of
these
á á á á á ásubjects. It appears
á á á á á áá á áthat the
á á á á á áá á á>> >> á á á control points
á á á á á áá á á>> >> á á á > are not within the dwi. A
similar
á á á á á áproblem occurred
á á á á á áá á áin a
á á á á á áá á á>> >> á á á subject with
á á á á á áá á á>> >> á á á > substantial signal loss in
the
á á á á á ádwi, but that
á á á á á áá á ádoesn't seem to
á á á á á áá á á>> >> á á á be the case
á á á á á áá á á>> >> á á á > for this particular
person. I
á á á á á áhave been creating
á á á á á áá á áthe entire
á á á á á áá á á>> >> á á á set of tracts,
á á á á á áá á á>> >> á á á > but at this point, I'm only
á á á á á áinterested in the SLFt
á á á á á áá á áand SLFp.
á á á á á áá á á>> >> á á á >
á á á á á áá á á>> >> á á á > Thanks,
á á á á á áá á á>> >> á á á >
á á á á á áá á á>> >> á á á > Kiely
á á á á á áá á á>> >> >
á á á á á
á_______________________________________________
á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer mailing list
á á á á á áá á á>> >> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
á á á á á áá á á>> >> >
á á á á á áá á
á á á á á
ááhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> The information in this e-mail is
á á á á á áintended only for the
á á á á á áá á áperson to
á á á á á áá á á>> whom
á á á á á áá á á>> >> it is
á á á á á áá á á>> >> addressed. If you believe this
e-mail was
á á á á á ásent to you in
á á á á á áá á áerror and
á á á á á áá á á>> the
á á á á á áá á á>> >> e-mail
á á á á á áá á á>> >> contains patient information,
please
á á á á á ácontact the Partners
á á á á á áá á áCompliance
á á á á á áá á á>> >> HelpLine at
á á á á á áá á á>> >>
http://www.partners.org/complianceline .
á á á á á áIf the e-mail was
á á á á á áá á ásent to
á á á á á áá á á>> you
á á á á á áá á á>> >> in error
á á á á á áá á á>> >> but does not contain patient
information,
á á á á á áplease contact
á á á á á áá á áthe sender
á á á á á áá á á>> >> and properly
á á á á á áá á á>> >> dispose of the e-mail.
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>> >> --
á á á á á áá á á>> >> Kiely M. Donnelly, M.A.
á á á á á áá á á>> >> Doctoral Candidate, Clinical
á á á á á áNeuropsychology
á á á á á áá á á>> >> University of Cincinnati
á á á á á áá á á>> >>
á á á á á áá á á>>
á á á á á
á>>_______________________________________________
á á á á á áá á á>> > Freesurfer mailing list
á á á á á áá á á>> > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
á á á á á áá á á>> >
á á á á á áá á
á á á á á
ááhttps://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
á á á á á áá á á>>
á á á á á áá á á>>
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á>
á á á á á áá á á> --
á á á á á áá á á> Kiely M. Donnelly, M.A.
á á á á á áá á á> Doctoral Candidate, Clinical
Neuropsychology
á á á á á áá á á> University of Cincinnati
á á á á á áá á á>
á á á á á á--
á á á á á áKiely M. Donnelly, M.A.
á á á á á áDoctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
á á á á á áUniversity of Cincinnati
--
Kiely M. Donnelly, M.A.
Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
University of Cincinnati
--
Kiely M. Donnelly, M.A.
Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
University of Cincinnati
--
Kiely M. Donnelly, M.A.
Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
University of Cincinnati
--
Kiely M. Donnelly, M.A.
Doctoral Candidate, Clinical Neuropsychology
University of Cincinnati
