Hi Pratap See below for bugr info and I have attached the log file. I assumed you were asking for surfer.log. Let me know if it some other log file.
Thank you Cibu --------------------------------------------------------------------- FREESURFER_HOME: /usr/local/freesurfer/stable4 Build stamp: freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-v4.0.5-20080918 RedHat release: CentOS release 4.2 (Final) Kernel info: Linux 2.6.9-22.0.2.106.unsupported x86_64 NMR Center info (/space/freesurfer exists): machine: snapjudge SUBJECTS_DIR: /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4/ PWD: /autofs/space/barlab_002/users/cibu/dep_LGI --------------------------------------------------------------------- Please include the following additional information in your report: 1) subject name 2) the entire command-line executed 3) the error message generated 4) optionally include the subject's /script/recon-all.log See also: http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting On Thu, 2008-09-18 at 10:46 -0400, Pratap Kunwar wrote: > Hi Cibu, > > can you provide more informations using bugr command? also log file? > > > > Hello > > When I run the mri_preproc command I am getting the message > > ERROR: cannot find fsaverage in /space/barlab_002/users/cibu/dep_LGI > > But the fsaverage folder is in the path and subjects_dir is set > > correctly. > > So I am not sure what's wrong with the command > > Here's the command I am trying to run > > > > mris_preproc --fsgd lgi_N32_Dep_Ctrl_Age_BDI.fsgd --target fsaverage -- > > hemi lh --meas lgi --out N32_lgi_dep_ctrl_Age_BDI_lh.mgh > > > > > > Any help would be greatly appreciated > > > > Thankyou > > Cibu Thomas > > > > _______________________________________________ > > Freesurfer mailing list > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > >
############################ Mon Jul 16 10:48:00 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_fenske_2003 inflated lh ############################ ############################ Mon Jul 16 10:48:42 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_fenske_2003 lh inflated ############################ ############################ Mon Jul 16 10:51:31 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_fenske_2004 lh inflated ############################ ############################ Mon Jul 16 10:51:47 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_fenske_2005 lh inflated ############################ ############################ Mon Jul 16 10:52:47 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_fenske_2006 lh inflated ############################ ############################ Mon Jul 16 10:54:02 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_fenske_2007 lh inflated ############################ ############################ Tue Jul 17 15:54:51 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh --overlay moshe_thick/lh_year_exer_thick_GLM/age_doss/sig.mgh ############################ ############################ Tue Jul 17 15:55:05 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated --overlay moshe_thick/lh_year_exer_thick_GLM/age_doss/sig.mgh ############################ ############################ Tue Jul 17 16:01:52 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated -curv lh.curv ############################ ############################ Tue Jul 17 16:10:48 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated -curv lh.curv ############################ ############################ Tue Jul 17 16:18:58 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lhrinflated -curv rh.curv ############################ ############################ Tue Jul 17 16:19:24 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average rh inflated -curv rh.curv ############################ ############################ Tue Jul 17 17:07:59 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average rh inflated ############################ ############################ Thu Jul 19 12:02:58 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated -curv lh.curv ############################ ############################ Thu Jul 19 13:13:46 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated -curv lh.curv ############################ ############################ Thu Jul 19 13:57:32 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated ############################ ############################ Thu Jul 19 14:02:46 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated ############################ ############################ Thu Jul 19 14:09:28 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated ############################ ############################ Thu Jul 19 15:33:03 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated ############################ ############################ Thu Jul 19 16:16:03 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated ############################ ############################ Thu Jul 19 16:21:53 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average rh inflated ############################ ############################ Thu Jul 19 16:22:14 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated ############################ ############################ Thu Jul 19 16:24:03 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average rh inflated ############################ ############################ Thu Jul 19 16:24:07 EDT 2007 /space/bomba/12/users/freesurfer/subjects /usr/local/freesurfer/stable/bin/tksurfer.bin 1302_average lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:39:50 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0103_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:40:34 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0103_fenske_D rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:41:53 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0112_fenske_D rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:42:17 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 0212_fenske_D inflated lh ############################ ############################ Wed Jan 2 14:42:30 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 0212_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:43:23 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 0212_fenske_D rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:43:38 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0112_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:44:31 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0214_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:44:51 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 0222_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:45:28 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 0222_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:46:36 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0214_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:46:51 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 0312_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:47:30 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 0312_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:47:51 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0313_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:49:54 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0323_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:50:12 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 0413_fenske_D rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:50:43 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0323_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:50:47 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 0413_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:51:30 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 0510_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:51:57 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0706_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:52:38 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0706_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:52:45 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 0510_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:53:50 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1002_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:54:05 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 1006_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:54:49 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 1006_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:54:54 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1002_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:55:48 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1012_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:55:59 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 1012_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:56:55 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 1012_fenske_D rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:57:00 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1012_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:58:07 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1020_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 14:58:27 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 /space/bomba/12/users/freesurfer/bin/tksurfer.bin 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tksurfer.bin 1119_fenske_D rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:02:48 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1107_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:03:10 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1119_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:03:39 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1306_fenske_D rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:04:05 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1306_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:04:41 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1316_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:05:02 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1306_fenske_D rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:05:29 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1306_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:05:48 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1316_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:06:21 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1423_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:07:04 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1603_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:07:22 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1423_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:07:50 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1603_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:08:16 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1902_fenske_D rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:08:44 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1916_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:09:08 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1916_fenske_D rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:09:13 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 1902_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:10:08 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 2015_fenske_C rh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 15:10:29 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 2304_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Wed Jan 2 16:17:24 EST 2008 /space/bomba/12/users/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin fsaverage rh inflated ############################ ############################ Fri Aug 1 13:09:47 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0312_fenske_C/ thickness lh ############################ ############################ Fri Aug 1 13:10:24 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0312_fenske_C/ thickness lh ############################ ############################ Fri Aug 1 13:10:39 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0312_fenske_C/ thickness lh ############################ ############################ Fri Aug 1 13:10:55 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0312_fenske_C/ inflated lh ############################ ############################ Fri Aug 1 13:11:02 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0312_fenske_C inflated lh ############################ ############################ Fri Aug 1 13:11:17 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0312_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Fri Aug 1 13:11:31 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0312_fenske_C lh thickness ############################ ############################ Fri Aug 1 13:11:37 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0312_fenske_C lh inflated ############################ ############################ Fri Aug 1 13:14:43 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0103_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Fri Aug 1 15:47:55 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0103_fenske_D inflated lh ############################ ############################ Fri Aug 1 15:48:12 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0103_fenske_D inflated lh ############################ ############################ Fri Aug 1 15:48:39 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0103_fenske_D inflated lhls ############################ ############################ Fri Aug 1 15:48:54 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0103_fenske_D inflated lh ############################ ############################ Fri Aug 1 15:49:04 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0103_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Fri Aug 1 15:50:39 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 tksurfer.bin 0103_fenske_D lh inflated ############################ ############################ Fri Aug 1 15:51:49 EDT 2008 /space/barlab/5/users/mark/subjects_depMOCS_V4 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/autofs/space/barlab_002/users/cibu/dep_LGI tksurfer.bin fsaverage lh inflated ############################
_______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
