Le Sun, Apr 22, 2007 at 06:53:13PM +0900, Charles Plessy a écrit : > Le Sun, Apr 22, 2007 at 11:23:07AM +0200, Stephane Blondon a écrit : > > Le 22/04/07, Charles Plessy<[EMAIL PROTECTED]> a écrit : > > >Voici la mise a jour pour la page microbio.wml. Il y a deux additions, > > >BALLView et Molekel, ainsi que quelques déplacements. > > > > > > > Quelques détails dans le fichier joint. > > Merci beaucoup. Voici une version révisée de ma rustine.
Pas de réaction ? Voici une nouvelle rustine, anticipant une addition très prochaine dans la version anglaise, ProDA. Bonne journée, -- Charles Plessy http://charles.plessy.org Wako, Saitama, Japan
--- microbio.wml 2007-04-19 22:55:43.000000000 +0900 +++ microbio.wml.nouveau 2007-05-06 17:14:48.000000000 +0900 @@ -1,6 +1,6 @@ <define-tag pagetitle>Debian-Med : Biologie moléculaire et génétique</define-tag> -#use wml::debian::translation-check translation="1.67" maintainer="Charles Plessy" +#use wml::debian::translation-check translation="1.71" maintainer="Charles Plessy" #use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med" #$Id: microbio.wml,v 1.14 2007/04/07 19:22:53 spaillar Exp $ @@ -14,6 +14,18 @@ <title-official-debs /> </h2> +<project name="Amap" + url="http://bio.math.berkeley.edu/amap/"; + license="Public Domain" + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/amap-align";> + AMAP est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements + multiples de séquences peptidiques. Il utilise le décodage a posteriori, et + l'alignement par appariement de séquence, au lieu de la méthode + traditionnelle d'alignement progressif. C'est le seul programme permettant le + contrôle de la sensibilité et de la spécificité. Il est basé sur le code + source de ProbCons, mais utilise une métrique de précision et élimine la + transformation de cohérence. +</project> <project name="ARB" url="http://www.arb-home.de/"; @@ -357,6 +369,24 @@ </ul> </project> +<project name="MUMmer" + url="http://mummer.sourceforge.net/"; + license="Licence artistique" + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/mummer";> + MUMmer a été conçu pour aligner rapidement des génomes entiers, bruts ou + finis. Par exemple, MUMmer 3.0 peut trouver toutes les régions + identiques sur plus de 20 paires de bases entre deux génomes de 5 mégabases + en 13.7 secondes, sur un ordinateur tournant à 2.4 GHz en utilisant + 78 Mo de mémoire. MUMmer peut aussi aligner des génomes + incomplets ; il manipule les centaines ou les milliers de contigs d'un + projet de séquençage « shotgun » avec aisance, et les alignera sur + un autre génome ou une autre collection de contigs en utilisant le programme + NUCmer, inclus dans le système. Si les génomes proviennent d'espèces trop + différentes pour que des similarités soient détectées au niveau + nucléotidique, le programme PROmer générera des alignements basés sur la + traduction des six phases de lectures de chaque génome. +</projet> + <project name="Muscle" url="http://www.drive5.com/muscle/"; license="Public Domain" @@ -407,6 +437,40 @@ </project> +<project name="POA" + url="http://sourceforge.net/projects/poamsa/"; + license="GPL" + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/poa";> + POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (<q>Partial Order Aligment</q> + en anglais). C'est un programme rapide d'alignement multiple de séquences. Ses + points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son + aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement. +</project> + + +<project name="Primer3" + url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html"; + license="<free />" + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/primer3/";> + <p> + Primer3 choisit des amorces pour des réactions de polymérisation en chaîne, + avec les critères suivants : + </p> + <ul> + <li>la température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur + contenu en GC et la possibilité de former des dimères ;</li> + <li>la taille du produit de PCR ;</li> + <li>les contraintes positionnelles dans la séquence source ;</li> + <li>diverses autres contraintes.</li> + </ul> + <p> + Tous ces critères peuvent êtres spécifiés comme des contraintes + par l'utilisateur, et certains sont spécifiables comme les termes + d'une fonction objective qui caractérise une paire idéale d'amorces. + </p> +</project> + + <project name="ProbCons" url="http://probcons.stanford.edu/"; license="Public domain" @@ -424,6 +488,18 @@ </project> +<project name="ProDA" + url="http://proda.stanford.edu/"; + license="Public domain" + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/proda";> + ProDA est un programme pour détecter et aligner les régions homologues dans + des collections de protéines comportant divers arrangements de domaines. À + partir d'un ensemble de séquences non alignées, ProDA identifiera toutes les + régions homologues apparaissant dans une ou plusieurs séquences, et renverra + une collection d'alignements multiples locaux pour chacune d'entre elles. +</project> + + <project name="PyMOL" url="http://pymol.sourceforge.net/"; license="<free />" @@ -517,6 +593,7 @@ améliorer l'alignement localement. </project> + <project name="SIBsim4" url="http://sibsim4.sourceforge.net/"; license="<free />" @@ -534,6 +611,23 @@ </project> +<project name="Sigma" + url="http://www.imsc.res.in/~rsidd/sigma/"; + license="GPL" + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/sigma-align";> + Sigma (simple alignement multiple glouton, <q>SImple Greedy Multiple + Alignment</q> en anglais), est un programme contenant un nouvel algorithme + et un nouveau système d'évaluation conçu tout particulièrement pour les + séquences non-codantes. Sigma utilise comme stratégie la recherche du + meilleur alignement local possible sans indel (stratégie utilisée auparavant + par DiAlign), calculant à chaque étape le meilleur alignement possible qui + soit cohérent avec les alignements existants, puis évalue la pertinence du + l'alignement à partir de la longueur des fragments alignés et d'un modèle de + bruit pouvant être fourni ou estimé à partir d'un fichier auxiliaire + contenant des séquences intergéniques. +</project> + + <project name="T-Coffee" url="http://igs-server.cnrs-mrs.fr/~cnotred/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html"; license="GPL" @@ -641,7 +735,7 @@ fournir l'accès à un grand nombre de méthodes statistiques et graphiques puissantes, pour l'analyse de données génomiques ;</li> <li> - faciliter l'intégration des métadonnées biologiques dans l'analyse des + faciliter l'intégration des méta-données biologiques dans l'analyse des données expérimentales, par exemple données sur la littérature provenant de PubMed, annotations provenant de LocusLink ; </li> @@ -766,28 +860,6 @@ CDT venant de puces à ADN. </project> -<project name="Primer3" - url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html"; - license="<free />" - deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/primer3/";> - <p> - Primer3 choisit des amorces pour des réactions de polymérisation en chaîne, - avec les critères suivants : - </p> - <ul> - <li>la température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur - contenu en GC et la possibilité de former des dimères ;</li> - <li>la taille du produit de PCR ;</li> - <li>les contraintes positionnelles dans la séquence source ;</li> - <li>diverses autres contraintes.</li> - </ul> - <p> - Tous ces critères peuvent êtres spécifiés comme des contraintes - par l'utilisateur, et certains sont spécifiables comme les termes - d'une fonction objective qui caractérise une paire idéale d'amorces. - </p> -</project> - <project name="SMILE" url="http://www-igm.univ-mlv.fr/~marsan/smile_english.html"; @@ -833,19 +905,20 @@ </h2> -<project name="Amap" - url="http://bio.math.berkeley.edu/amap/"; - license="Public Domain"> - AMAP est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements - multiples de séquences peptidiques. Il utilise le décodage a posteriori, et - l'alignement par appariement de séquence, au lieu de la méthode - traditionnelle d'alignement progressif. C'est le seul programme permettant le - contrôle de la sensibilité et de la spécificité. Il est basé sur le code - source de ProbCons, mais utilise une métrique de précision et élimine la - transformation de cohérence. +<project name="BALLView" + url="http://www.ballview.org/"; + license="LGPL"> + BALLView est visualisateur pour les structure biomoléculaires. Il fournit + tous les modèles standards et propose de riches fonctionnalités pour la + modélisation moléculaire et la simulation, comme les méthodes de mécanique + moléculaire (champs de force AMBER et CHARMM), les méthodes électrostatiques + continues employant un solveur de Boltzmann-Poisson pour différences finies, + ou le calcul de structures secondaires. Comme BALLView est basé sur la + bibliothèque BALL (<q lang=en>Biochemical ALgorithms Library</q>), il est + aisément extensible au niveau de son code en C++ et a une interface Python + pour un prototypage interactif rapide. </project> - <project name="Cactus" url="http://www.cactuscode.org/Community/Biology.html"; license="GPL"> @@ -896,6 +969,14 @@ </project> +<project name="Molekel" + url="http://bioinformatics.org/molekel/wiki/Main/HomePage"; + license="GPL"> + Molekel est un visualisateur moléculaire multi-plateforme et libre (GPL) + développé au Centre Suisse se de Calcul Scientifique (CSCS). +</project> + + <project name="PFTOOLS / Prosite Scan" url="ftp://us.expasy.org/databases/prosite/tools/ps_scan/sources"; license="GPL"> @@ -906,16 +987,6 @@ </project> -<project name="POA" - url="http://sourceforge.net/projects/poamsa/"; - license="GPL"> - POA signifie Alignement d'Ordre Partiel (<q>Partial Order Aligment</q> - en anglais). C'est un programme rapide d'alignement multiple de séquences. Ses - points forts sont la vitesse, la déployabilité, la sensibilité et son - aptitude supérieure à gérer les branchements et les indels dans l'alignement. -</project> - - <project name="ProAlign" url="http://evol-linux1.ulb.ac.be/ueg/ProAlign/"; license="GPL"> @@ -926,22 +997,6 @@ </project> -<project name="Sigma" - url="http://www.imsc.res.in/~rsidd/sigma/"; - license="GPL"> - Sigma (simple alignement multiple glouton, <q>SImple Greedy Multiple - Alignment</q> en anglais), est un programme contenant un nouvel algorithme - et un nouveau système d'évaluation conçu tout particulièrement pour les - séquences non-codantes. Sigma utilise comme stratégie la recherche du - meilleur alignement local possible sans indel (stratégie utilisée auparavant - par DiAlign), calculant à chaque étape le meilleur alignement possible qui - soit cohérent avec les alignements existants, puis évalue la pertinence du - l'alignement à partir de la longueur des fragments alignés et d'un modèle de - bruit pouvant être fourni ou estimé à partir d'un fichier auxiliaire - contenant des séquences intergéniques. -</project> - - <project name="Staden" url="http://staden.sourceforge.net/"; license="BSD"> Staden est un ensemble complet d'outils d'assemblage (Gap4), d'édition et
