desculpe mas não esta claro para mim o formato do arquivo por acaso eh
>XXX aagt... >YYY ggtaa.. ou vc pode ter mais de uma linha entre uma sequencia e outra? eu começaria assim: cut -c 1-3 arquivo depois iria refinando :) On Sun, Mar 14, 2010 at 9:07 AM, Graciela <graciel...@gmail.com> wrote: > > > Trabalho com bioinformática e queria tirar uma dúvida com vocês > Tou com essas sequências de DNA, cada '>' representa uma sequência > Quero verificar apenas as três primeira letras de cada sequência, por shel > script tem como? > > >fig|674.13.peg.56 > gtgacgttaggtgacaatgttgttgttgcctcgggagccgttgtgacaaagagttttggt > agcaatgttgtcattggtggcaacccagcacgagtgttaaaagaaatcgagtaa > >fig|674.13.peg.57 > atgtcaatatacccaactgcaccccaaggtgtgtcagttgatgccaatatgaaaatgata > aagcaaaagtttggccgcattgttggcccaactgatttctattggttttatgaacaggtt > agaaataaaggcccgtgggattataaacaaagtggcccgtttgaaaatttcggtaatttt > cattatggggcagttggttatgcaggtggcattccagaagaagttttgttaagagctgct > ggttgtgctcaaatgaaggcgggtacttcagctgatagctggggtagttgttggagcgat > caaccatttggagatgatccaaacgatcaacgttatatagcactaggtattgaatatgca > aaaagtaaaggctattag > >fig|674.13.peg.58 > atgaacgtggataaagcgaaaaaacgcatattgaaacgagtacaaagaggtttcaaaggt > tatccgcaaatatctttagagtatttcgggaaaacgacagattttgctaccgaagtagtc > atcacttttgttcctgaagaaaacgctgaagcgcaaattcagagatttacgagtgataag > gatgttcgtgaagatgaagcaattcaatcggtattgttgaaaattattgagcgagccgac > gctgctacggttttagaaagccgagaagtatcagtttgttaa > >fig|674.13.peg.59 > atgccagttgttggacaccttcaagtggtgacaaattgggatggtataccgatttgtatt > atagaaatgacgtctgtaaccaagcaaaaatacagcgaagtaacaccggagttcgcggct > ttagaaggtgagggtgacaagactttagcttggtggcgggaggcgcattggaacttcttc > tcaaaagagtgcgtagagttagaaatatcaccgtcggaagatatgttgctggttctagag > cagttcaaagtggtgtacaaataa > > > -- Tiago B. Peczenyj Linux User #405772 http://pacman.blog.br [As partes desta mensagem que não continham texto foram removidas] ------------------------------------ --------------------------------------------------------------------- Esta lista não admite a abordagem de outras liguagens de programação, como perl, C etc. Quem insistir em não seguir esta regra será moderado sem prévio aviso. --------------------------------------------------------------------- Sair da lista: shell-script-unsubscr...@yahoogrupos.com.br --------------------------------------------------------------------- Esta lista é moderada de acordo com o previsto em http://www.listas-discussao.cjb.net --------------------------------------------------------------------- Servidor Newsgroup da lista: news.gmane.org Grupo: gmane.org.user-groups.programming.shell.brazil Links do Yahoo! Grupos <*> Para visitar o site do seu grupo na web, acesse: http://br.groups.yahoo.com/group/shell-script/ <*> Para sair deste grupo, envie um e-mail para: shell-script-unsubscr...@yahoogrupos.com.br <*> O uso que você faz do Yahoo! Grupos está sujeito aos: http://br.yahoo.com/info/utos.html
