It is really a good output. Maybe I could go on with this output. Everytime I understand R further from your help. The first four cols are irrelevant. It is a negligence
2013/1/10 William Dunlap <wdun...@tibco.com>: > Can you get what you need from the following, where 'd' is your data.frame, > the first four columns of which are irrelevant to this problem? > > dd <- d[,-(1:4)] ; table(rownames(dd)[row(dd)], unlist(dd)) > > AA AG CC CT GA GG GT TC TG TT > 27412 29 10 0 0 13 1 0 0 0 0 > 27413 0 0 4 9 0 0 0 12 0 28 > 27414 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 > 27415 0 0 53 0 0 0 0 0 0 0 > ... > 27430 46 3 0 0 2 2 0 0 0 0 > 27431 19 15 0 0 15 4 0 0 0 0 > table() is pretty quick. > > Bill Dunlap > Spotfire, TIBCO Software > wdunlap tibco.com > > >> -----Original Message----- >> From: r-help-boun...@r-project.org [mailto:r-help-boun...@r-project.org] On >> Behalf >> Of Yao He >> Sent: Wednesday, January 09, 2013 4:04 PM >> To: jim holtman >> Cc: R help >> Subject: Re: [R] how to count "A", "C", "T", "G" in each row in a big >> data.frame? >> >> In fact I want to calculate the gene frequency of each SNP. >> >> The key problems are that: >> 1. my data.frame is large ,about 50,000 rows. So it is so slow to >> split() it by row >> >> 2 .The allele in each SNP (each row) are different.Some are A/G, some >> are G/C. It is a little bit embarrassed for me to handle it. >> >> Thank you for your help >> >> 2013/1/9 jim holtman <jholt...@gmail.com>: >> > forgot the data. this will count the characters; you can add logic >> > with 'table' to count groups >> > >> > ######################## >> > x <- >> > structure(list(name = c("Gga_rs10722041", "Gga_rs10722249", >> > "Gga_rs10722565", >> > "Gga_rs10723082", "Gga_rs10723993", "Gga_rs10724555", "Gga_rs10726238", >> > "Gga_rs10726461", "Gga_rs10726774", "Gga_rs10726967", "Gga_rs10727581", >> > "Gga_rs10728004", "Gga_rs10728156", "Gga_rs10728177", "Gga_rs10728373", >> > "Gga_rs10728585", "Gga_rs10729598", "Gga_rs10729643", "Gga_rs10729685", >> > "Gga_rs10729827"), chr = c(7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, >> > 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L), pos = c(11248993L, >> > 20038370L, 16164457L, 38050527L, 20307106L, 13707090L, 12230458L, >> > 36732967L, 2790856L, 1305785L, 29631963L, 13606593L, 13656397L, >> > 2261611L, 32096703L, 13733153L, 16524147L, 558735L, 12514023L, >> > 3619538L), strand = c("+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", >> > "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"), >> > X2353 = c("AA", "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", >> > "CC", "GG", "AG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA", >> > "GG", "GG"), X2409 = c("AA", "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", >> > "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG", >> > "CC", "AA", "AG", "GA"), X2500 = c("GA", "TT", "TT", "CC", >> > "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "GG", "GG", "GT", >> > "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2598 = c("AA", "TT", >> > "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", "AG", >> > "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2610 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> > "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2300 = c("GA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> > "AA", "AG", "TT", "TC", "AA", "TC", "AA", "AG", "AA"), X2507 = c("AG", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2530 = c("AG", >> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", >> > "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2327 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> > "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2389 = c("AA", >> > "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG", >> > "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2408 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> > "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2463 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2420 = c("GA", >> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> > "GG", "GG", "TG", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2563 = c("GA", >> > "CC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> > "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2462 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", >> > "GG", "GG", "GT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2292 = c("GA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> > "AA", "GG", "TG", "TC", "AA", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2405 = c("GA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "AG", "GG", "TG", "TT", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2543 = c("AA", >> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GA", >> > "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "GG"), X2557 = c("AG", >> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> > "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2583 = c("GA", >> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> > "GG", "GG", "GG", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2322 = c("AG", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2535 = c("AA", >> > "TC", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> > "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2536 = c("GA", >> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2581 = c("AG", >> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2570 = c("AA", >> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "GG"), X2476 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2534 = c("GA", >> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> > "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2280 = c("AA", >> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> > "AG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2316 = c("AA", >> > "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "AA", >> > "AA", "AG", "TT", "TC", "GG", "CT", "AA", "GG", "GG"), X2339 = c("AA", >> > "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AA", >> > "GG", "GG", "GT", "CT", "GG", "TT", "AA", "AA", "AG"), X2331 = c("AA", >> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2343 = c("AA", >> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2352 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", >> > "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2293 = c("GA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> > "AA", "GG", "TT", "TC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2338 = c("GA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2449 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> > "AA", "GG", "TT", "CC", "AA", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2296 = c("GA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG", >> > "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2453 = c("AG", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG", >> > "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "GA"), X2460 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG", >> > "GG", "GG", "TG", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2474 = c("AA", >> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG", >> > "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2603 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> > "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2282 = c("GA", >> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2313 = c("AG", >> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> > "GA", "GG", "GT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2538 = c("AA", >> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", >> > "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2522 = c("AG", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AG", "GA"), X2489 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2564 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG", >> > "GG", "GG", "TT", "CC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2594 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", >> > "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2274 = c("AA", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2451 = c("AG", >> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2321 = c("GG", >> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> > "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2356 = c("AA", >> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG", >> > "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "TT", "AA", "AA", "AA"), X2611 = c("AG", >> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> > "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "AG")), .Names = >> > c("name", >> > "chr", "pos", "strand", "X2353", "X2409", "X2500", "X2598", "X2610", >> > "X2300", "X2507", "X2530", "X2327", "X2389", "X2408", "X2463", >> > "X2420", "X2563", "X2462", "X2292", "X2405", "X2543", "X2557", >> > "X2583", "X2322", "X2535", "X2536", "X2581", "X2570", "X2476", >> > "X2534", "X2280", "X2316", "X2339", "X2331", "X2343", "X2352", >> > "X2293", "X2338", "X2449", "X2296", "X2453", "X2460", "X2474", >> > "X2603", "X2282", "X2313", "X2538", "X2522", "X2489", "X2564", >> > "X2594", "X2274", "X2451", "X2321", "X2356", "X2611"), row.names = >> > 27412:27431, class = "data.frame") >> > >> > # create a 'key' of characters in the "X" columns >> > indx <- which(grepl("^X", names(x))) >> > >> > x$key <- apply(x[, indx], 1, paste, collapse = '') >> > >> > # create counts >> > counts <- t(apply(x, 1, function(z){ >> > c(A = nchar(gsub("[^A]", '', z['key'])) >> > , C = nchar(gsub("[^C]", '', z['key'])) >> > , G = nchar(gsub("[^G]", '', z['key'])) >> > , T = nchar(gsub("[^T]", '', z['key'])) >> > ) >> > })) >> > >> > ############# output >> > >> >> counts >> > A.key C.key G.key T.key >> > 27412 81 0 25 0 >> > 27413 0 29 0 77 >> > 27414 0 0 0 106 >> > 27415 0 106 0 0 >> > 27416 0 27 0 79 >> > 27417 0 106 0 0 >> > 27418 0 106 0 0 >> > 27419 0 0 0 106 >> > 27420 0 106 0 0 >> > 27421 10 0 96 0 >> > 27422 37 0 69 0 >> > 27423 39 0 67 0 >> > 27424 4 0 102 0 >> > 27425 0 0 20 86 >> > 27426 0 65 0 41 >> > 27427 40 0 66 0 >> > 27428 0 78 0 28 >> > 27429 106 0 0 0 >> > 27430 97 0 9 0 >> > 27431 68 0 38 0 >> > >> > >> > On Wed, Jan 9, 2013 at 9:23 AM, Yao He <yao.h.1...@gmail.com> wrote: >> >> Dear All >> >> >> >> I have a data.frame like that: >> >> structure(list(name = c("Gga_rs10722041", "Gga_rs10722249", >> >> "Gga_rs10722565", >> >> "Gga_rs10723082", "Gga_rs10723993", "Gga_rs10724555", "Gga_rs10726238", >> >> "Gga_rs10726461", "Gga_rs10726774", "Gga_rs10726967", "Gga_rs10727581", >> >> "Gga_rs10728004", "Gga_rs10728156", "Gga_rs10728177", "Gga_rs10728373", >> >> "Gga_rs10728585", "Gga_rs10729598", "Gga_rs10729643", "Gga_rs10729685", >> >> "Gga_rs10729827"), chr = c(7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, >> >> 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L), pos = c(11248993L, >> >> 20038370L, 16164457L, 38050527L, 20307106L, 13707090L, 12230458L, >> >> 36732967L, 2790856L, 1305785L, 29631963L, 13606593L, 13656397L, >> >> 2261611L, 32096703L, 13733153L, 16524147L, 558735L, 12514023L, >> >> 3619538L), strand = c("+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", >> >> "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"), >> >> X2353 = c("AA", "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", >> >> "CC", "GG", "AG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA", >> >> "GG", "GG"), X2409 = c("AA", "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", >> >> "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG", >> >> "CC", "AA", "AG", "GA"), X2500 = c("GA", "TT", "TT", "CC", >> >> "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "GG", "GG", "GT", >> >> "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2598 = c("AA", "TT", >> >> "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", "AG", >> >> "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2610 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> >> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2300 = c("GA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> >> "AA", "AG", "TT", "TC", "AA", "TC", "AA", "AG", "AA"), X2507 = c("AG", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2530 = c("AG", >> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", >> >> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2327 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> >> "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2389 = c("AA", >> >> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG", >> >> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2408 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> >> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2463 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2420 = c("GA", >> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> >> "GG", "GG", "TG", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2563 = c("GA", >> >> "CC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> >> "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2462 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", >> >> "GG", "GG", "GT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2292 = c("GA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> >> "AA", "GG", "TG", "TC", "AA", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2405 = c("GA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "AG", "GG", "TG", "TT", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2543 = c("AA", >> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GA", >> >> "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "GG"), X2557 = c("AG", >> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> >> "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2583 = c("GA", >> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> >> "GG", "GG", "GG", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2322 = c("AG", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2535 = c("AA", >> >> "TC", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> >> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2536 = c("GA", >> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2581 = c("AG", >> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2570 = c("AA", >> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "GG"), X2476 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2534 = c("GA", >> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> >> "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2280 = c("AA", >> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> >> "AG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2316 = c("AA", >> >> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "AA", >> >> "AA", "AG", "TT", "TC", "GG", "CT", "AA", "GG", "GG"), X2339 = c("AA", >> >> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AA", >> >> "GG", "GG", "GT", "CT", "GG", "TT", "AA", "AA", "AG"), X2331 = c("AA", >> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2343 = c("AA", >> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2352 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", >> >> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2293 = c("GA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA", >> >> "AA", "GG", "TT", "TC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2338 = c("GA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2449 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> >> "AA", "GG", "TT", "CC", "AA", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2296 = c("GA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG", >> >> "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2453 = c("AG", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG", >> >> "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "GA"), X2460 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG", >> >> "GG", "GG", "TG", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2474 = c("AA", >> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG", >> >> "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2603 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> >> "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2282 = c("GA", >> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2313 = c("AG", >> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> >> "GA", "GG", "GT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2538 = c("AA", >> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", >> >> "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2522 = c("AG", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AG", "GA"), X2489 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2564 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG", >> >> "GG", "GG", "TT", "CC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2594 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", >> >> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2274 = c("AA", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2451 = c("AG", >> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2321 = c("GG", >> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG", >> >> "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2356 = c("AA", >> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG", >> >> "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "TT", "AA", "AA", "AA"), X2611 = c("AG", >> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", >> >> "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "AG")), .Names = >> >> c("name", >> >> "chr", "pos", "strand", "X2353", "X2409", "X2500", "X2598", "X2610", >> >> "X2300", "X2507", "X2530", "X2327", "X2389", "X2408", "X2463", >> >> "X2420", "X2563", "X2462", "X2292", "X2405", "X2543", "X2557", >> >> "X2583", "X2322", "X2535", "X2536", "X2581", "X2570", "X2476", >> >> "X2534", "X2280", "X2316", "X2339", "X2331", "X2343", "X2352", >> >> "X2293", "X2338", "X2449", "X2296", "X2453", "X2460", "X2474", >> >> "X2603", "X2282", "X2313", "X2538", "X2522", "X2489", "X2564", >> >> "X2594", "X2274", "X2451", "X2321", "X2356", "X2611"), row.names = >> >> 27412:27431, class = "data.frame") >> >> >> >> how to count how many "A","C","T","G" in each row >> >> an example output what I want is like that >> >> A C AA AC CC >> >> 3 5 1 1 2 >> >> >> >> Thanks in advance >> >> >> >> Yao He >> >> -- >> >> ------------------------- >> >> Master candidate in 2rd year >> >> Department of Animal genetics & breeding >> >> Room 436,College of Animial Science&Technology, >> >> China Agriculture University,Beijing,100193 >> >> E-mail: yao.h.1...@gmail.com >> >> -------------------------- >> >> >> >> ______________________________________________ >> >> R-help@r-project.org mailing list >> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help >> >> PLEASE do read the posting guide >> >> http://www.R-project.org/posting-guide.html >> >> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. >> > >> > >> > >> > -- >> > Jim Holtman >> > Data Munger Guru >> > >> > What is the problem that you are trying to solve? >> > Tell me what you want to do, not how you want to do it. >> >> >> >> -- >> ------------------------- >> Master candidate in 2rd year >> Department of Animal genetics & breeding >> Room 436,College of Animial Science&Technology, >> China Agriculture University,Beijing,100193 >> E-mail: yao.h.1...@gmail.com >> -------------------------- >> >> ______________________________________________ >> R-help@r-project.org mailing list >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help >> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html >> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. -- ————————————————————————— Master candidate in 2rd year Department of Animal genetics & breeding Room 436,College of Animial Science&Technology, China Agriculture University,Beijing,100193 E-mail: yao.h.1...@gmail.com —————————————————————————— ______________________________________________ R-help@r-project.org mailing list https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
