forgot the data. this will count the characters; you can add logic
with 'table' to count groups
########################
x <-
structure(list(name = c("Gga_rs10722041", "Gga_rs10722249", "Gga_rs10722565",
"Gga_rs10723082", "Gga_rs10723993", "Gga_rs10724555", "Gga_rs10726238",
"Gga_rs10726461", "Gga_rs10726774", "Gga_rs10726967", "Gga_rs10727581",
"Gga_rs10728004", "Gga_rs10728156", "Gga_rs10728177", "Gga_rs10728373",
"Gga_rs10728585", "Gga_rs10729598", "Gga_rs10729643", "Gga_rs10729685",
"Gga_rs10729827"), chr = c(7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L,
7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L), pos = c(11248993L,
20038370L, 16164457L, 38050527L, 20307106L, 13707090L, 12230458L,
36732967L, 2790856L, 1305785L, 29631963L, 13606593L, 13656397L,
2261611L, 32096703L, 13733153L, 16524147L, 558735L, 12514023L,
3619538L), strand = c("+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"),
X2353 = c("AA", "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT",
"CC", "GG", "AG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA",
"GG", "GG"), X2409 = c("AA", "CT", "TT", "CC", "CT", "CC",
"CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG",
"CC", "AA", "AG", "GA"), X2500 = c("GA", "TT", "TT", "CC",
"TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "GG", "GG", "GT",
"CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2598 = c("AA", "TT",
"TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", "AG",
"GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2610 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2300 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"AA", "AG", "TT", "TC", "AA", "TC", "AA", "AG", "AA"), X2507 = c("AG",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2530 = c("AG",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
"GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2327 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2389 = c("AA",
"CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
"AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2408 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2463 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2420 = c("GA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"GG", "GG", "TG", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2563 = c("GA",
"CC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2462 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
"GG", "GG", "GT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2292 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"AA", "GG", "TG", "TC", "AA", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2405 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"AG", "GG", "TG", "TT", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2543 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GA",
"GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "GG"), X2557 = c("AG",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2583 = c("GA",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GG", "GG", "GG", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2322 = c("AG",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2535 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2536 = c("GA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2581 = c("AG",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2570 = c("AA",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "GG"), X2476 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2534 = c("GA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2280 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"AG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2316 = c("AA",
"CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "AA",
"AA", "AG", "TT", "TC", "GG", "CT", "AA", "GG", "GG"), X2339 = c("AA",
"CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AA",
"GG", "GG", "GT", "CT", "GG", "TT", "AA", "AA", "AG"), X2331 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2343 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2352 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
"GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2293 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
"AA", "GG", "TT", "TC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2338 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2449 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"AA", "GG", "TT", "CC", "AA", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2296 = c("GA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
"AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2453 = c("AG",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
"GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "GA"), X2460 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
"GG", "GG", "TG", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2474 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
"AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2603 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2282 = c("GA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2313 = c("AG",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"GA", "GG", "GT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2538 = c("AA",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
"AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2522 = c("AG",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AG", "GA"), X2489 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2564 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2594 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
"AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2274 = c("AA",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2451 = c("AG",
"TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2321 = c("GG",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
"AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2356 = c("AA",
"TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
"AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "TT", "AA", "AA", "AA"), X2611 = c("AG",
"CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
"GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "AG")), .Names = c("name",
"chr", "pos", "strand", "X2353", "X2409", "X2500", "X2598", "X2610",
"X2300", "X2507", "X2530", "X2327", "X2389", "X2408", "X2463",
"X2420", "X2563", "X2462", "X2292", "X2405", "X2543", "X2557",
"X2583", "X2322", "X2535", "X2536", "X2581", "X2570", "X2476",
"X2534", "X2280", "X2316", "X2339", "X2331", "X2343", "X2352",
"X2293", "X2338", "X2449", "X2296", "X2453", "X2460", "X2474",
"X2603", "X2282", "X2313", "X2538", "X2522", "X2489", "X2564",
"X2594", "X2274", "X2451", "X2321", "X2356", "X2611"), row.names =
27412:27431, class = "data.frame")
# create a 'key' of characters in the "X" columns
indx <- which(grepl("^X", names(x)))
x$key <- apply(x[, indx], 1, paste, collapse = '')
# create counts
counts <- t(apply(x, 1, function(z){
c(A = nchar(gsub("[^A]", '', z['key']))
, C = nchar(gsub("[^C]", '', z['key']))
, G = nchar(gsub("[^G]", '', z['key']))
, T = nchar(gsub("[^T]", '', z['key']))
)
}))
############# output
> counts
A.key C.key G.key T.key
27412 81 0 25 0
27413 0 29 0 77
27414 0 0 0 106
27415 0 106 0 0
27416 0 27 0 79
27417 0 106 0 0
27418 0 106 0 0
27419 0 0 0 106
27420 0 106 0 0
27421 10 0 96 0
27422 37 0 69 0
27423 39 0 67 0
27424 4 0 102 0
27425 0 0 20 86
27426 0 65 0 41
27427 40 0 66 0
27428 0 78 0 28
27429 106 0 0 0
27430 97 0 9 0
27431 68 0 38 0
On Wed, Jan 9, 2013 at 9:23 AM, Yao He <yao.h.1...@gmail.com> wrote:
> Dear All
>
> I have a data.frame like that:
> structure(list(name = c("Gga_rs10722041", "Gga_rs10722249", "Gga_rs10722565",
> "Gga_rs10723082", "Gga_rs10723993", "Gga_rs10724555", "Gga_rs10726238",
> "Gga_rs10726461", "Gga_rs10726774", "Gga_rs10726967", "Gga_rs10727581",
> "Gga_rs10728004", "Gga_rs10728156", "Gga_rs10728177", "Gga_rs10728373",
> "Gga_rs10728585", "Gga_rs10729598", "Gga_rs10729643", "Gga_rs10729685",
> "Gga_rs10729827"), chr = c(7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L,
> 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L), pos = c(11248993L,
> 20038370L, 16164457L, 38050527L, 20307106L, 13707090L, 12230458L,
> 36732967L, 2790856L, 1305785L, 29631963L, 13606593L, 13656397L,
> 2261611L, 32096703L, 13733153L, 16524147L, 558735L, 12514023L,
> 3619538L), strand = c("+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
> "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"),
> X2353 = c("AA", "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT",
> "CC", "GG", "AG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA",
> "GG", "GG"), X2409 = c("AA", "CT", "TT", "CC", "CT", "CC",
> "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG",
> "CC", "AA", "AG", "GA"), X2500 = c("GA", "TT", "TT", "CC",
> "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "GG", "GG", "GT",
> "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2598 = c("AA", "TT",
> "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", "AG",
> "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2610 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2300 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "AA", "AG", "TT", "TC", "AA", "TC", "AA", "AG", "AA"), X2507 = c("AG",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2530 = c("AG",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2327 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2389 = c("AA",
> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2408 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2463 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2420 = c("GA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "GG", "GG", "TG", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2563 = c("GA",
> "CC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2462 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> "GG", "GG", "GT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2292 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "AA", "GG", "TG", "TC", "AA", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2405 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "AG", "GG", "TG", "TT", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2543 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GA",
> "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "GG"), X2557 = c("AG",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2583 = c("GA",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GG", "GG", "GG", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2322 = c("AG",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2535 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2536 = c("GA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2581 = c("AG",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2570 = c("AA",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "GG"), X2476 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2534 = c("GA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2280 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "AG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2316 = c("AA",
> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "AA",
> "AA", "AG", "TT", "TC", "GG", "CT", "AA", "GG", "GG"), X2339 = c("AA",
> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AA",
> "GG", "GG", "GT", "CT", "GG", "TT", "AA", "AA", "AG"), X2331 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2343 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2352 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2293 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> "AA", "GG", "TT", "TC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2338 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2449 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "AA", "GG", "TT", "CC", "AA", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2296 = c("GA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
> "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2453 = c("AG",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "GA"), X2460 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> "GG", "GG", "TG", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2474 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
> "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2603 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2282 = c("GA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2313 = c("AG",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "GA", "GG", "GT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2538 = c("AA",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2522 = c("AG",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AG", "GA"), X2489 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2564 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2594 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2274 = c("AA",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2451 = c("AG",
> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2321 = c("GG",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2356 = c("AA",
> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
> "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "TT", "AA", "AA", "AA"), X2611 = c("AG",
> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "AG")), .Names = c("name",
> "chr", "pos", "strand", "X2353", "X2409", "X2500", "X2598", "X2610",
> "X2300", "X2507", "X2530", "X2327", "X2389", "X2408", "X2463",
> "X2420", "X2563", "X2462", "X2292", "X2405", "X2543", "X2557",
> "X2583", "X2322", "X2535", "X2536", "X2581", "X2570", "X2476",
> "X2534", "X2280", "X2316", "X2339", "X2331", "X2343", "X2352",
> "X2293", "X2338", "X2449", "X2296", "X2453", "X2460", "X2474",
> "X2603", "X2282", "X2313", "X2538", "X2522", "X2489", "X2564",
> "X2594", "X2274", "X2451", "X2321", "X2356", "X2611"), row.names =
> 27412:27431, class = "data.frame")
>
> how to count how many "A","C","T","G" in each row
> an example output what I want is like that
> A C AA AC CC
> 3 5 1 1 2
>
> Thanks in advance
>
> Yao He
> --
> —————————————————————————
> Master candidate in 2rd year
> Department of Animal genetics & breeding
> Room 436,College of Animial Science&Technology,
> China Agriculture University,Beijing,100193
> E-mail: yao.h.1...@gmail.com
> ——————————————————————————
>
> ______________________________________________
> R-help@r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
--
Jim Holtman
Data Munger Guru
What is the problem that you are trying to solve?
Tell me what you want to do, not how you want to do it.
______________________________________________
R-help@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
