genes <- read.csv('~/Downloads/NePCa.csv')
genes[1:4,1:4]
g_max <- aggregate(. ~X, data = genes, max)
g_max[1:4,1:4]
rownames(g_max) <- g_max$X
gene_matrix <- as.matrix(g_max[,-1])
is.numeric(gene_matrix)
gene_matrix[1:4,1:4]
Daniel
> On 4 Aug 2022, at 21:55, Cesar Rabak por (R-br) <[email protected]>
> wrote:
>
> Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, mas a importação dos seus
> dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR".
>
> Isso perturba a importação da 1ª coluna como nome de linhas (rownames), tanto
> se fosse usada o parâmetro row.names=1 na chamada a read.csv() ou se a
> vírgula inicial da primeira linha do arq CSV fosse retirada...
>
> HTH
>
> On Thu, Aug 4, 2022 at 10:52 AM Michele Claire Breton por (R-br)
> <[email protected] <mailto:[email protected]>> wrote:
> Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,
>
> Estou em outro nível de problema.
> Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte:
>
> dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv")
> head(dados)
> class(dados)
>
> [1] "data.frame"
>
> geneLength <- rowMeans(dados)
> Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric
>
> dadoslog2cpm <- convertCounts(dados,
> unit = "cpm",
> log = TRUE,
> normalize = "tmm")
> Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M
> Samples. All columns must be numeric.
>
> Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. Vocês
> podem me ajudar, por favor?
>
> Obrigada,
>
> Michele
> --
> ------------------------------------------------------------------------
> Dra. Michele Claire Breton
> Researcher in Bioinformatics
> PhD in Cellular and Molecular Biology
> CICS - Health Sciences Research Center
> Faculty of Health Sciences
> University of Beira Interior
> Covilhã - Castelo Branco - Portugal
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia
> <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível.
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