O objeto do tipo matrix em R somente aceita variáveis do mesmo tipo. Como você está lendo o CSV que contém caracteres (nomes dos genes) e valores numéricos (expressão), o R converte tudo para caracter. Você precisa colocar a coluna do nome dos genes no rownames, excluir a coluna de nome de genes e converter tudo em uma matriz numérica.
Assim você poderá trabalhar com ela daniel Em qui., 4 de ago. de 2022 às 10:52, Michele Claire Breton por (R-br) < [email protected]> escreveu: > Caríssimos(as) utilizadores(as) do R, > > Estou em outro nível de problema. > Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte: > > dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv") > head(dados) > class(dados) > > *[1] "data.frame"* > > geneLength <- rowMeans(dados) > *Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric* > > > dadoslog2cpm <- convertCounts(dados, > unit = "cpm", > log = TRUE, > normalize = "tmm") > *Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M > Samples. All columns must be numeric.* > > > Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. > Vocês podem me ajudar, por favor? > > Obrigada, > > Michele > -- > ------------------------------------------------------------------------ > *Dra. Michele Claire Breton* > Researcher in Bioinformatics > PhD in Cellular and Molecular Biology > CICS - Health Sciences Research Center > Faculty of Health Sciences > University of Beira Interior > Covilhã - Castelo Branco - Portugal > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- Daniel Tiezzi, MD, PhD Associate Professor Breast Disease and Gynecologic Oncology Division Department of Gynecology and Obstetrics University of São Paulo Brazil
_______________________________________________ R-br mailing list [email protected] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
