Alguém pode me ajudar a tirar umas dúvidas a respeito de quantas vezes posso 
transformar os dados. Já ouvi as duas situações, pode somente
transformar uma vez seus dados e outros falam que posso transformar os dados 
quantas vezes forem  necessárias para obter as pressuposições
básicas. O que é o correto? Quantas transformações posso fazer nos mesmos dados?

Uma funcao de uma funcao ainda é uma função e ainda pode ser uma transformação.

Outra dúvida é sobre parcela perdida, como deve usar ao digitar os dados para 
que o R entenda? Em branco,  ponto, NA, Na ou na?
Agradeço quem puder ajudar.

No R diretamente NA (que indica "not available")
se for em um arquivo para importar use o que quiser
e quando for ler os dados use o argumento na.string
de read.table() e similares para indicar qual o código de dado perdido.
Se quiser simplificar: use sempre NA

 
Ederson


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