Ciao Stefano, sono diversi anni che uso python per la mia attività di ricerca in campo bioinformatico e non ho mai avuto problemi. Ti consiglio di dare uno sguardo a questo tutorial orientato alla biologia molecolare http://ece.uprm.edu/~bvelez/courses/ComputingBioinformatics/Python/PythonCourseBioInformatics.pdf Mi sento di suggerirti anche questi due titoli: - http://shop.oreilly.com/product/9780596154516.do - http://www.amazon.com/Bioinformatics-Chapman-Mathematical-Computational-Biology/dp/1584889292
Ernesto Il giorno 19/mar/2015, alle ore 19.05, python ha scritto: > Grazie a tutti per le risposte. In effetti mi piacerebbe fare il > bioinformatico e "vendere" i miei servigi a laboratori (coi quali in realtà > già collaboro) che si occupano dei vari aspetti della biologia (genomica > trascrittomica proteomica studio di sequenze modelli 3d )...dovrei quindi > potermi occupare un po' di tutto....di strada devo percorrerne un bel po'!! > > > Da: python-boun...@lists.python.it > A: "Discussioni generali sul linguaggio Python" python@lists.python.it > Cc: > Data: Thu, 19 Mar 2015 15:34:42 +0100 > Oggetto: Re: [Python] Consigli per biologo > > > 2015-03-19 8:54 GMT+01:00 Stefano Gasbarro <pyt...@gasbarro.eu>: > > Buongiorno a tutti ragazzi...mi presento sono Stefano da Roma e sono un > > biologo. ..é un pò che vi seguo ma non sono mai intervenuto. Prima di > > diventare biologo sono stato informatico per più di 10 anni ed ho > > un'infarinatura di programmazione. Mi sto approcciando a Python da poco e > > da "grande" mi piacerebbe fare il bioinformatico. Ho comprato la guida > > completa di Marco Buttu e la trovo ottima...mi servirebbe da voi un > > consiglio sugli strumenti necessari alla realizzazione di software per > > l'elaborazione dei dati scientifici...cosa usare per creare GUI...quali > > sono le potenzialità di Python per la biologia. ..insomma un quadro > > generale che vada oltre la mera programmazione. Vi ringrazio e conplimenti > > per la mailing list! > > > Ciao. > > > Python è un buon linguaggio per la biologia, perchè è maturo e trovi molte > > librerie pronte. > > Per alcune di queste, ti basta una veloce ricerca "python biology": > > > - NumPy > > - SciPy > > - Pandas > > - BioPython > > > Addirittura c'è un libro: > > http://www.amazon.com/Python-Biologists-complete-programming-beginners/dp/1492346136 > > > Python però ha anche un grosso problema: non appeni esci "fuori dalle > > rotaie", ossia incominci a scrivere un algoritmo o simulazione numerica > > personalizzata, avrai un notevole calo delle prestazioni. Infatti tutte le > > librerie numeriche per Python hanno il "cuore" scritto in C o Cython. > > > Quindi molto dipende da quello che devi fare. > > Se le librerie disponibili fanno quello che cerchi, sei a posto; lo stesso > > se non hai problemi a scrivere codice C o Cython. > > > Altrimenti valuta anche un altro linguaggio. > > Il problema è che linguaggi *veramente* alternativi a Python sono molto > > recenti, mi riferisco a Go e soprattutto a Julia, quindi non è una scelta > > facile. > > > Fai qualche prova e vedi con cosa ti trovi meglio. > > > Per mia esperienza: > > > 1) Se cerchi la comodità e la disponibilià di tools maturi: Python > > 2) Se cerchi un linguaggio ottimizzato per le applicazioni numeriche: Julia > > 3) Se cerchi un linguaggio ottimizzato per l'ingegneria del software: Go > > > > > Ciao Manlio > _______________________________________________ > Python mailing list > Python@lists.python.it > http://lists.python.it/mailman/listinfo/python
_______________________________________________ Python mailing list Python@lists.python.it http://lists.python.it/mailman/listinfo/python
