2015-03-19 8:54 GMT+01:00 Stefano Gasbarro <pyt...@gasbarro.eu>: > Buongiorno a tutti ragazzi...mi presento sono Stefano da Roma e sono un > biologo. ..é un pò che vi seguo ma non sono mai intervenuto. Prima di > diventare biologo sono stato informatico per più di 10 anni ed ho > un'infarinatura di programmazione. Mi sto approcciando a Python da poco e > da "grande" mi piacerebbe fare il bioinformatico. Ho comprato la guida > completa di Marco Buttu e la trovo ottima...mi servirebbe da voi un > consiglio sugli strumenti necessari alla realizzazione di software per > l'elaborazione dei dati scientifici...cosa usare per creare GUI...quali > sono le potenzialità di Python per la biologia. ..insomma un quadro > generale che vada oltre la mera programmazione. Vi ringrazio e conplimenti > per la mailing list!
Ciao. Python è un buon linguaggio per la biologia, perchè è maturo e trovi molte librerie pronte. Per alcune di queste, ti basta una veloce ricerca "python biology": - NumPy - SciPy - Pandas - BioPython Addirittura c'è un libro: http://www.amazon.com/Python-Biologists-complete-programming-beginners/dp/1492346136 Python però ha anche un grosso problema: non appeni esci "fuori dalle rotaie", ossia incominci a scrivere un algoritmo o simulazione numerica personalizzata, avrai un notevole calo delle prestazioni. Infatti tutte le librerie numeriche per Python hanno il "cuore" scritto in C o Cython. Quindi molto dipende da quello che devi fare. Se le librerie disponibili fanno quello che cerchi, sei a posto; lo stesso se non hai problemi a scrivere codice C o Cython. Altrimenti valuta anche un altro linguaggio. Il problema è che linguaggi *veramente* alternativi a Python sono molto recenti, mi riferisco a Go e soprattutto a Julia, quindi non è una scelta facile. Fai qualche prova e vedi con cosa ti trovi meglio. Per mia esperienza: 1) Se cerchi la comodità e la disponibilià di tools maturi: Python 2) Se cerchi un linguaggio ottimizzato per le applicazioni numeriche: Julia 3) Se cerchi un linguaggio ottimizzato per l'ingegneria del software: Go Ciao Manlio
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