On 29/04/2010 5:22 AM, J. Rui Rodrigues wrote:
Hi,
So, there is something going wrong here...
My machine: Mac OS X 10.5.8 with 2 x 3.2 GHz Quad-Core Intel Xeon
--> Compilation of gromacs against fftw3 libs installed with fink (installed
in /sw/; no 64-bit libs) goes fine, but results in 32-bit binaries:
tar xvzf gromacs-4.0.7.tar.gz ; cd gromacs-4.0.7
./configure CPPFLAGS=-I/sw/include LDFLAGS=-L/sw/lib
--prefix=/usr/local/gromacs407 --program-suffix=407
make
sudo make install
file /usr/local/gromacs407/bin/grompp407
/usr/local/gromacs407/bin/grompp407: Mach-O executable i386
After removing the gromacs-4.0.7 folder and also /usr/local/gromacs407, I tried
to compile gromacs against 64-bit fftw libs:
--> Compilation of fftw3 64bit (installed in /usr/local/):
tar xvzf fftw-3.2.2.tar.gz; cd fftw-3.2.2
./configure --enable-float CFLAGS=-m64
make
sudo make install
--> Compilation of gromacs against 64-bit fftw libs
tar xvzf gromacs-4.0.7.tar.gz ; cd gromacs-4.0.7
./configure CPPFLAGS=-I/usr/local/include LDFLAGS=-L/usr/local/lib
--prefix=/usr/local/gromacs407 --program-suffix=407
make
This gives an error (see below). I don't see what I am doing wrong.
It looks fine.
Please note that compilation of gromacs-4.0.5 against these 64bit fftw libs is
OK.
Do you have any suggestion?
Thanks for your time,
Rui Rodrigues
Output from make:
=================
(...)
/bin/sh ../../libtool --tag=CC --mode=link cc -O3 -fomit-frame-pointer
-finline-functions -Wall -Wno-unused -funroll-all-loops -L/usr/local/lib -
framework Accelerate -o grompp grompp.o libgmxpreprocess.la ../mdlib/libmd.la
../gmxlib/libgmx.la -lxml2 -L/usr/X11/lib -lfftw3f -lm -lSM -lICE -lX11
cc -O3 -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused
-funroll-all-loops -framework Accelerate -o grompp grompp.o -L/usr/local/lib
./.libs/libgmxpreprocess.a -L/usr/X11/lib ../mdlib/.libs/libmd.a
/Users/jrui/Desktop/gromacs-4.0.7/src/gmxlib/.libs/libgmx.a
../gmxlib/.libs/libgmx.a
/usr/lib/libxml2.dylib -lpthread -lz -licucore /usr/local/lib/libfftw3f.a -lm
/usr/X11/lib/libSM.6.dylib /usr/X11/lib/libICE.6.dylib
/usr/X11/lib/libX11.6.dylib
/usr/X11/lib/libXau.6.dylib /usr/X11/lib/libXdmcp.6.dylib
ld warning: in /usr/local/lib/libfftw3f.a, file is not of required architecture
What does (e.g.) "nm /usr/local/lib/libfftw3f.a" have to say? Also, look
at "ls -l /usr/local/lib/libfftw*" to see whether you're picking up
versions with the timestamps you expect... Maybe your FFTW configuration
only installed dynamic libraries, or something. I don't know why
compiling 4.0.5 would have succeeded, however.
Mark
Undefined symbols:
"_fftwf_execute_dft", referenced from:
_gmx_fft_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_free", referenced from:
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_execute_dft_c2r", referenced from:
_gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_1d", referenced from:
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_2d", referenced from:
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_3d", referenced from:
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_execute_dft_r2c", referenced from:
_gmx_fft_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_r2c_1d", referenced from:
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_r2c_2d", referenced from:
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_r2c_3d", referenced from:
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_c2r_1d", referenced from:
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_c2r_2d", referenced from:
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_plan_dft_c2r_3d", referenced from:
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_malloc", referenced from:
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
"_fftwf_destroy_plan", referenced from:
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_destroy in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_1d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_2d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
_gmx_fft_init_3d_real in libmd.a(gmx_fft_fftw3.o)
ld: symbol(s) not found
collect2: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [grompp] Error 1
make[2]: *** [all-recursive] Error 1
make[1]: *** [all] Error 2
make: *** [all-recursive] Error 1
On Wed, 28 Apr 2010 13:35:31 -0400, Justin A. Lemkul wrote
J. Rui Rodrigues wrote:
Dear all,
With gromacs-4.0.5, one had the possibility to compile a 64-bit version of
gromacs for Mac OS X using configure --
enable-apple-64bit. This was even suggested by configure to improve performance.
With gromacs-4.0.7, the option --enable-apple-64bit of configure has
disappeared and configure no longer
suggests to compile in 64-bit. Is this no longer recommended for Mac OSX?
This feature is auto-detected in version 4.0.7:
http://www.gromacs.org/About_Gromacs/Release_Notes/Revisions_in_4.0
-Justin
Thanks for your time,
Rui Rodrigues
--
========================================
Justin A. Lemkul
Ph.D. Candidate
ICTAS Doctoral Scholar
MILES-IGERT Trainee
Department of Biochemistry
Virginia Tech
Blacksburg, VA
jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin
========================================
--
gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
www interface or send it to gmx-users-requ...@gromacs.org.
Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
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Webmail ESTG de Leiria (http://webmail.estg.ipleiria.pt)
--
gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
www interface or send it to gmx-users-requ...@gromacs.org.
Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
