FreeSurfer experts, I am attempting to use the two stage model for longitudinal analysis, however I keep receiving an error message that my design matrix is poorly scaled. I'm curious, I've used the same format of design matrix on cross sectional without problem.
Anyway here is the command line input: mri_glmfit --glmdir rh.AllSite.gender.group.Age.thickness.fwhm10.twoStage.glmdir \ --X DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat \ --y rh.testretest.thickness-spc.stack.fwhm10.mgh \ --C DiffDiagnosis_ControlMore_AcctSite_AcctGender_AcctAge_pairedAnalysis.DOSSDS.mtx \ --label rh.testretest.fsaverage.cortex.label \ --surf fsaverage rh The error message is attached within file error_designMtx_12_19_16.txt Additionally I've included my analysis script, all timepoint qdec file, temporal average qdec file, fsgd file, and design matrix. Any help would be extremely beneficial. -Tim Timothy Hendrickson Department of Psychiatry University of Minnesota Office: 612-624-6441 Mobile: 507-259-3434 (texts okay)
Design matrix ------------------
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.878;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.325;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.967;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.552 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.121 0.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.588 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.101 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.205;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.775 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.316 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.590 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.093 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.880 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.131 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.447 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.635 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.859 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.588 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.858 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.051;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.641 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.217;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.032 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.259 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.251 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.037 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.827 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.966 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.969 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.605;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.669 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -0.166 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.730 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.461;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 -1.039 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.172 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.781 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.247;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.624;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.143 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.610;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.620 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.443 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.052 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.490;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.696 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.779;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.252 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.955 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.947 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.352 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.305 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.810 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.734;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.272 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.055;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.017 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.953 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.376;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.376;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.425 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.197 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.117 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.347 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.274 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.127;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.027 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.554 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.741 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.127 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.949 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.135 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.913 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.819 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.887 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.527 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.166;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.244;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.031 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.563 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.239 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.123 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.161 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.738 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.095 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.246 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.104 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.095 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.231 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.099 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.265 0.000 0.000;
--------------------------------
ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08
--------------------------------
Possible problem with experimental design:
Check for duplicate entries and/or lack of range of
continuous variables within a class.
If you seek help with this problem, make sure to send:
1. Your command line:
mri_glmfit --glmdir
rh.AllSite.gender.group.Age.thickness.fwhm10.twoStage.glmdir --X
DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat --y
rh.testretest.thickness-spc.stack.fwhm10.mgh --X
DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat --C
DiffDiagnosis_ControlMore_AcctSite_AcctGender_AcctAge_pairedAnalysis.DOSSDS.mtx
--label rh.testretest.fsaverage.cortex.label --surf fsaverage rh
2. The FSGD file (if using one)
3. And the design matrix above
twoStage_longituindal.AllSite.Group.Gender.Stan_Age.thickness.sh
Description: Bourne shell script
DOSSDS.twoStage_AllSite_Gender_Group_Age.dat
Description: Binary data
twoStageLongitudinal_AllSite_Sex_Group_stanAges.table.dat
Description: Binary data
CROSS_twoStageLongitudinal_AllSite_Sex_Group_stanAge.table.dat
Description: Binary data
_______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
