Hello,
Hello,
I am getting the following error:
ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08
--------------------------------
Command line:
mri_glmfit --y lh.BD_SD.thickness.10B.mgh --fsgd
FSGD_Collapsed_Across_Smokers_demeaned.fsgd dods --C BDvsSD1.mtx --surf
fsaverage lh --cortex --glmdir lh.BD_SD.glmdir
The FSGD file (if using one)
Design matrix:
Design matrix ------------------
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -2.151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 9.340 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -2.151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.660 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -31.660 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -2.151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -37.660 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -2.151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 26.340 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 -0.151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -20.660;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -1.151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -22.660 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 3.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -16.660 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -1.151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 14.340 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 2.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -27.660 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 1.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 4.340 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -0.151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -30.660 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -28.660 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -23.660 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -2.151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -27.660 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 2.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 13.340 0.000;
0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 -2.151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 5.340 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 36.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -0.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 54.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 45.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 22.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.849 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 38.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -12.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.849 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -12.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 16.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 50.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 -35.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 59.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 25.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 32.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.151 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 14.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.151
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -23.660 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
3.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -22.660 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.849
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.660 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.151
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -22.660 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.151
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 3.340 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.151
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 35.340 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.849
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -36.660 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.849
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -39.660 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.151
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -25.660 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
-0.151 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -18.660 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.151
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -37.660 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -14.660 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 4.849
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.660 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -26.660 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.151
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 19.340 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
1.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 23.340 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
2.849 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 2.340 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.849
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 33.340 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.151
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 29.340 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -0.151
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -31.660 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 3.849
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 22.340 0.000 0.000 0.000;
--------------------------------
FSGD File:
GroupDescriptorFile 1
Title Title
Class HDMale
Class HDFemale
Class SDMale
Class SDFemale
Class BDMale
Class BDFemale
SomeTag
Variables BG_Proc BD_Clock
Input 0286_recon BDMale -2.150943396 9.339622642
Input 0174_recon BDMale -2.150943396 -2.660377358
Input 0259_recon BDMale 1.849056604 -31.66037736
Input 0119_recon BDMale -2.150943396 -37.66037736
Input 0037_recon BDMale -2.150943396 26.33962264
Input 0027_recon BDFemale -0.150943396 -20.66037736
Input 0312_recon BDMale -1.150943396 -22.66037736
Input 0173_recon BDMale 3.849056604 -16.66037736
Input 0213_recon BDMale -1.150943396 14.33962264
Input 0371_recon BDMale 2.849056604 -27.66037736
Input 0109_recon BDMale 1.849056604 4.339622642
Input 0144_recon BDMale -0.150943396 -30.66037736
Input 0236_recon BDMale 0.849056604 -28.66037736
Input 0028_recon BDMale 0.849056604 -23.66037736
Input 0006_recon BDMale -2.150943396 -27.66037736
Input 0218_recon BDMale 2.849056604 13.33962264
Input 0361_recon BDMale -2.150943396 5.339622642
Input 0026_recon HDMale -2.150943396 36.33962264
Input 0098_recon HDMale -1.150943396 -0.660377358
Input 0273_recon HDMale -2.150943396 54.33962264
Input 0011_recon HDMale -1.150943396 45.33962264
Input 0304_recon HDMale -2.150943396 22.33962264
Input 0147_recon HDMale 1.849056604 38.33962264
Input 0166_recon HDMale -1.150943396 -12.66037736
Input 0170_recon HDMale 0.849056604 -12.66037736
Input 0275_recon HDMale -0.150943396 16.33962264
Input 0133_recon HDMale -0.150943396 50.33962264
Input 0021_recon HDMale -2.150943396 -35.66037736
Input 0013_recon HDMale -1.150943396 59.33962264
Input 0381_recon HDMale -0.150943396 25.33962264
Input 0380_recon HDMale -1.150943396 32.33962264
Input 0139_recon HDMale -2.150943396 14.33962264
Input 0252_recon SDMale -0.150943396 -23.66037736
Input 0209_recon SDFemale 3.849056604 -22.66037736
Input 0262_recon SDMale 2.849056604 -1.660377358
Input 0370_recon SDMale -2.150943396 -22.66037736
Input 0315_recon SDMale -0.150943396 3.339622642
Input 0244_recon SDMale -1.150943396 35.33962264
Input 0104_recon SDMale 1.849056604 -36.66037736
Input 0189_recon SDMale 0.849056604 -39.66037736
Input 0131_recon SDMale -2.150943396 -25.66037736
Input 0292_recon SDFemale -0.150943396 -18.66037736
Input 0266_recon SDMale -2.150943396 -37.66037736
Input 0069_recon SDFemale 1.849056604 -14.66037736
Input 0177_recon SDMale 4.849056604 -2.660377358
Input 0016_recon SDFemale 0.849056604 -26.66037736
Input 0372_recon SDMale -2.150943396 19.33962264
Input 0095_recon SDFemale 1.849056604 23.33962264
Input 0368_recon SDFemale 2.849056604 2.339622642
Input 0015_recon SDMale 1.849056604 33.33962264
Input 0321_recon SDMale -2.150943396 29.33962264
Input 0151_recon SDMale -0.150943396 -31.66037736
Input 0323_recon SDMale 3.849056604 22.33962264
DefaultVariable BD_Clock
Note: In attempt to trouble-shoot, I demeaned this file, and am still
getting the same error.
My contrasts are:
0 0 0.5 0.5 -0.5 -0.5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Thank you for your help,
Arkadiy
_______________________________________________
Freesurfer mailing list
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at
http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error
but does not contain patient information, please contact the sender and properly
dispose of the e-mail.
