can you send the fsgd file? On 08/04/2015 03:42 PM, Matthieu Vanhoutte wrote: > > Hello experts, > > Could anyone provide me an advice or answer to this problem ? > > Thanks in advance ! > > Best regards, > > Matthieu > > Le 28 juil. 2015 14:12, "Matthieu Vanhoutte" > <matthieuvanhou...@gmail.com <mailto:matthieuvanhou...@gmail.com>> a > écrit : > > Dear Freesurfer's Experts, > > Please find below an error occuring when I use mri_glmfit : > > Design matrix ------------------ > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 9.804 0.000 > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 -10.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 -21.114 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > 0.000 0.000; > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -12.936 0.000 > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 15.129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.562 0.000 > 0.000 0.000; > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.402 0.000 > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 -6.889 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > 0.000 0.000; > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 10.584 > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 37.017 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 5.243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 7.675 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 20.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 43.865 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 5.287 > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 23.719 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 10.735 0.000 > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 3.734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 21.167 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > -8.197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.765 0.000 > 0.000 0.000; > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.431 0.000 > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 0.000 -18.456 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 4.976; > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -18.437 0.000 > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 0.150 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > -1.417 0.000; > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 -16.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > 0.000 0.000; > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.442 > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 21.991 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 9.298 0.000 > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 6.360 0.000 > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 -17.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 1.896 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 -19.658 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > -5.226 0.000; > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 1.919 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 10.834 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 6.266 0.000; > 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -2.360 0.000 > 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.939 > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 17.494 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 -12.457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 0.000 -8.279 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 6.153; > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 10.505 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 7.838 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > 0.000 0.000; > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.889 > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -12.457 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 0.000 3.680 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 -8.888; > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 0.000 1.769 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 -8.799; > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 0.000 -1.235 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 13.197; > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 0.000 19.411 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 -0.156; > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 0.000 12.892 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 -11.675; > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 0.000 -0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 7.268; > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 16.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.516 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 12.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 16.848 0.000; > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -8.548 > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 16.885 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 12.550 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 37.983 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 -17.897 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 1.535 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 -3.502 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > -11.069 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 15.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 34.161 0.000; > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -5.574 > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -8.142 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 0.000 2.965 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 9.397; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 -6.973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 14.459 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 -7.546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 19.887 0.000; > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > -19.266 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -3.834 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -14.218 > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -10.785 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 4.594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 25.026 0.000; > 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > -13.709 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -5.276 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -1.577 > 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 8.855 0.000 0.000 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 7.729 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 6.161 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 9.202 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > -12.366 0.000; > 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 0.000 12.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > -3.551 0.000; > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 -4.449 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 14.354 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > 0.000 0.000; > 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 > 0.000 -0.386 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 -15.576 > 0.000 0.000; > -------------------------------- > ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08 > -------------------------------- > Possible problem with experimental design: > Check for duplicate entries and/or lack of range of > continuous variables within a class. > If you seek help with this problem, make sure to send: > 1. Your command line: > mri_glmfit --y > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/lh.all.subjects.fwhm3.cbf_s_oldz.mgh > --fsgd > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/g6v2.demean.fsgd > dods --C > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.age.slope.mtx > --C > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.duration.slope.mtx > --C > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-left.intercept.mtx > --C > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.age.slope.mtx > --C > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.duration.slope.mtx > --C > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/control-right.intercept.mtx > --C > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/perfusion_duration.slope.mtx > --C > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.age.slope.mtx > --C > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.duration.slope.mtx > --C > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/right-left.intercept.mtx > --surf fsaverage lh --cortex --glmdir > > /NAS/dumbo/matthieu/ASL_Epilepsy/FS_5.3//SurfaceAnalysis_mri_glmfit/V4/DODS/lh.g6v2.demean.fwhm3.cbf_s.z > > 2. The FSGD file (if using one) > 3. And the design matrix above > > You'll find attached my FSGD file. > > What's wrong with this ? > > Many thanks for helping ! > > Best regards, > Matthieu > > > > _______________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
-- Douglas N. Greve, Ph.D. MGH-NMR Center gr...@nmr.mgh.harvard.edu Phone Number: 617-724-2358 Fax: 617-726-7422 Bugs: surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BugReporting FileDrop: https://gate.nmr.mgh.harvard.edu/filedrop2 www.nmr.mgh.harvard.edu/facility/filedrop/index.html Outgoing: ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/transfer/outgoing/flat/greve/ _______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
