Yes. You don't want to sample at the white because you'll get large partial volume effects. The mid is better. Having said that, I don't see large differences in fMRI at typical voxel sizes ~3mm
doug On 03/05/2015 12:27 PM, Matthieu Vanhoutte wrote: > Many thanks Doug ! > > Last point of vue concerning the command : is the --surf mid (mean > surface between pial and white) better than default white ? > > /mri_vol2surf --mov ///cbf.nii.gz/ --hemi lh --surf mid --o > //lh.fwhm3.fsaverage.cbf.mgh --regheader ///subj_id/ --surf-fwhm 3/ > --trgsubject fsaverage --cortex > > Best regards, > > ------------------------------------- > Matthieu Vanhoutte, MSc > Research Engineer - Department of Neuroradiology > Regional University Hospital, Lille, France > > 2015-03-05 18:23 GMT+01:00 Douglas N Greve <gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>: > > > The icoorder is only needed if you don't have a target subject. > > To do your group analysis, you can just run mri_concat, eg, > > mri_concat subject1/lh.fwhm3.fsaverage.cbf.mgh > subject2/lh.fwhm3.fsaverage.cbf.mgh --o > all.subjects.lh.fwhm3.fsaverage.cbf.mgh > > Then use all.subjects.lh.fwhm3.fsaverage.cbf.mgh as input to > mri_glmfit > > > > > On 03/05/2015 12:16 PM, Matthieu Vanhoutte wrote: > > Thanks ! > > > > Why remove icoorder because it was suggested in the mri_vol2surf > > --help examples ? > > > > May I ask you a last question : I want to make a group analyse with > > freesurfer tools. With these CBF projected on fsaverage and smooth > > (with the last command line), could I do as if my data were > previously > > cached (qcached) and use the "mri_preproc --cache-in" command ? > > > > Best regards, > > > > ------------------------------------- > > Matthieu Vanhoutte, MSc > > Research Engineer - Department of Neuroradiology > > Regional University Hospital, Lille, France > > > > 2015-03-05 18:02 GMT+01:00 Douglas N Greve > <gr...@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>: > > > > yes, but remove icoorder > > > > On 03/05/2015 11:50 AM, Matthieu Vanhoutte wrote: > > > Ok, thanks. > > > > > > Then is this command below summarise the best for project on > > fsaverage > > > and smooth, according to our mails exchange : > > > > > > /mri_vol2surf --mov ///cbf.nii.gz/ --hemi lh --surf mid --o > > > //lh.fwhm3.fsaverage.cbf.mgh --regheader ///subj_id/ > --surf-fwhm 3/ > > > --trgsubject fsaverage --icoorder 7 --cortex > > > > > > Best regards, > > > > > > > > > ------------------------------------- > > > Matthieu Vanhoutte, MSc > > > Research Engineer - Department of Neuroradiology > > > Regional University Hospital, Lille, France > > > > > > 2015-03-05 17:24 GMT+01:00 Douglas N Greve > > <gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>>: > > > > > > w format is the paint format output from your vol2surf > > command. We > > > tend > > > not to use either w or curv formats anymore > > > On 03/05/2015 11:19 AM, Matthieu Vanhoutte wrote: > > > > I don't know if we are talking about the same thing. > > > > > > > > In precedent mail you told me solution #1 was better : > > > > > > > > */# Project and smooth onto anatomical surface/* (--surf > > mid : mean > > > > surface between pial and white) > > > > > > > > /mri_vol2surf --mov ///cbf.nii.gz/ --hemi lh --surf > mid --o > > > > lh.fwhm3.cbf.w --regheader ///subj_id/ --out_type paint > > > --surf-fwhm 3 > > > > > > > > mris_w_to_curv ////subj_id/ / lh ///lh.fwhm3.cbf.w/ > > > ////lh.fwhm3.cbf// > > > > > > > > *# Resample cbf to fsaverage* > > > > > > > > mri_surf2surf --srcsubject /////subj_id/// --srchemi lh > > --srcsurfreg > > > > sphere.reg --trgsubject fsaverage --trghemi lh > --trgsurfreg > > > sphere.reg > > > > --sval /////lh.fwhm3.cbf/// --sfmt curv --noreshape > > --no-cortex > > > --tval > > > > lh.fwhm3.fsaverage.cbf.mgh --tfmt curv > > > > > > > > > > > > / > > > > But you told me : > > > > /BTW, why are you changing format from w to curv? > > > > Why use curv at all? I'd use mgz or nifti. > > > > > > > > / > > > > At this point I don't know what this means ? > > > > > > > > Thanks, > > > > > > > > Matthieu > > > > > > > > 2015-03-05 17:12 GMT+01:00 Douglas N Greve > > > <gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>: > > > > > > > > > > > > Just add --trgsubject fsaverage to the mri_vol2surf > > command > > > line. Run > > > > mri_vol2surf with --help to get more info > > > > > > > > On 03/05/2015 10:52 AM, Matthieu Vanhoutte wrote: > > > > > Thank you Douglas but I don't understand the > > solution you > > > propose. > > > > > Could you please show me the command lines ? > > > > > > > > > > ------------------------------------- > > > > > Matthieu Vanhoutte, MSc > > > > > Research Engineer - Department of Neuroradiology > > > > > Regional University Hospital, Lille, France > > > > > > > > > > 2015-03-05 16:45 GMT+01:00 Douglas N Greve > > > > <gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > #1 is probably better. BTW, why are you > changing > > > format from > > > > w to > > > > > curv? > > > > > Why use curv at all? I'd use mgz or nifti. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On 03/05/2015 08:10 AM, Matthieu Vanhoutte > wrote: > > > > > > Thank you Doug for precisely helping me > on smooth > > > detailed > > > > command. > > > > > > > > > > > > Concerning projection on fsaverage, is > it better, > > > worse or > > > > > equivalent > > > > > > to do (1) or (2) ? > > > > > > > > > > > > (1) > > > > > > > > > > > > */# Project and smooth onto anatomical > > surface/* (--surf > > > > mid : mean > > > > > > surface between pial and white) > > > > > > > > > > > > /mri_vol2surf --mov ///cbf.nii.gz/ --hemi lh > > --surf > > > mid --o > > > > > > lh.fwhm3.cbf.w --regheader ///subj_id/ > > --out_type paint > > > > > --surf-fwhm 3 > > > > > > > > > > > > mris_w_to_curv ////subj_id/ / lh > > ///lh.fwhm3.cbf.w/ > > > > > ////lh.fwhm3.cbf// > > > > > > > > > > > > mv ${DIR}/surf/lh.fwhm${FWHM}.intensity > > > > > > ${DIR}/ictus/lh.fwhm${FWHM}.intensity > > > > > > > > > > > > rm -f ${DIR}/surf/lh.fwhm${FWHM}.intensity.w > > > > > > > > > > > > *# Resample cbf to fsaverage* > > > > > > > > > > > > mri_surf2surf --srcsubject /////subj_id/// > > --srchemi lh > > > > --srcsurfreg > > > > > > sphere.reg --trgsubject fsaverage > --trghemi lh > > > > --trgsurfreg sphere.reg > > > > > > --sval /////lh.fwhm3.cbf/// --sfmt curv > > --noreshape > > > > --no-cortex > > > > > --tval > > > > > > lh.fwhm3.fsaverage.cbf.mgh --tfmt curv/ > > > > > > > > > > > > > > > > > > (2) > > > > > > > > > > > > */# Project and smooth onto fsaverage/* > > > > > > /mri_vol2surf --mov cbf.nii.gz --regheader > > > subj_id--trgsubject > > > > > > fsaverage --interp trilin --projfrac 0.5 > > --hemi lh --o > > > > > > lh.fsaverage.cbf.mgh --noreshape --cortex > > --surfreg > > > > sphere.reg// > > > > > > / > > > > > > */# Smooth/* > > > > > > /mris_fwhm --s fsaverage --hemi lh > > --smooth-only --i > > > > > > lh.fsaverage.cbf.mgh --fwhm 3 --o > > > > lh.fwhm3.fsaverage.cbf.mgh --mask > > > > > > brain.fsaverage.lh.mgh// > > > > > > / > > > > > > > > > > > > Many thanks in advance !! > > > > > > > > > > > > Best regards, > > > > > > > > > > > > ------------------------------------- > > > > > > Matthieu Vanhoutte, MSc > > > > > > Research Engineer - Department of > Neuroradiology > > > > > > Regional University Hospital, Lille, France > > > > > > > > > > > > 2015-03-02 21:13 GMT+01:00 Douglas N Greve > > > > > <gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>: > > > > > > > > > > > > > > > > > > On 03/02/2015 04:04 AM, Matthieu > Vanhoutte > > wrote: > > > > > > > Dear Doug, > > > > > > > > > > > > > > Thank you for helping ! > > > > > > > > > > > > > > Yes I directly used the regheader > option > > > because in > > > > the steps > > > > > > before I > > > > > > > already registered ASL maps on > > anatomical T1. > > > > > > > > > > > > > > The brain.fsaverage.lh.mgh come > from the > > > projection > > > > of the > > > > > T1 brain > > > > > > > mask (dilated by 1) on the fsaverage. > > > > > > > > > > > > > > 1) So isn't it better to project first > > on the > > > anatomical > > > > > subject > > > > > > then > > > > > > > on fsaverage than what I've done ? > > > > > > This is what is done internally when you > > spec a > > > target > > > > > subject that is > > > > > > not the same as the source subject. > > > > > > > > > > > > > > 2) Smoothing with mris_fwhm is a good > > way with > > > > --mask option ? > > > > > > Yes, though I don't think that masking > > will have > > > an effect > > > > > the way you > > > > > > created the mask (everything will be in > > the mask). I > > > > would use > > > > > > --cortex > > > > > > to smooth only within cortex (and so > > exclude the > > > > medial wall). > > > > > > doug > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you for your precious advices ! > > > > > > > > > > > > > > Best regards, > > > > > > > > > > > > > > ------------------------------------- > > > > > > > Matthieu Vanhoutte, MSc > > > > > > > Research Engineer - Department of > > Neuroradiology > > > > > > > Regional University Hospital, > Lille, France > > > > > > > > > > > > > > 2015-03-01 19:45 GMT+01:00 Douglas > Greve > > > > > > <gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>>>: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Basically looks ok. The only > things that > > > jump out at > > > > > me are that > > > > > > > you are using regheader (I would > > create a > > > > registration > > > > > file with > > > > > > > bbregister rather than assuming > that there > > > was no > > > > > motion between > > > > > > > the anatomical and the ASL). > Where did > > > > > > brain.fsaverage.lh.mgh come > > > > > > > from? > > > > > > > doug > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On 2/27/15 2:16 PM, Matthieu > > Vanhoutte wrote: > > > > > > >> Dear Freesurfer's experts, > > > > > > >> > > > > > > >> I computed some perfusion maps > from ASL > > > data. These > > > > > perfusion > > > > > > >> maps were registered on anatomical T1 > > and I > > > > would like to > > > > > > make a > > > > > > >> group analysis on surfaces. Please > > find below > > > > my actual > > > > > > commands > > > > > > >> in order to project these volumic > maps on > > > fsaverage > > > > > then smooth > > > > > > >> the data projected on fsaverage : > > > > > > >> > > > > > > >> *Project CBF maps on fsaverage* : > > > > > > >> /mri_vol2surf --mov cbf.nii.gz > --regheader > > > > > subj_id--trgsubject > > > > > > >> fsaverage --interp trilin > --projfrac 0.5 > > > --hemi > > > > lh --o > > > > > > >> lh.fsaverage.cbf.mgh --noreshape > --cortex > > > --surfreg > > > > > > sphere.reg// > > > > > > >> //mri_vol2surf --mov cbf.nii.gz > > --regheader > > > > > subj_id--trgsubject > > > > > > >> fsaverage --interp trilin > --projfrac 0.5 > > > --hemi > > > > rh --o > > > > > > >> rh.fsaverage.cbf.mgh --noreshape > --cortex > > > --surfreg > > > > > sphere.reg/ > > > > > > >> > > > > > > >> *Smooth the data projected on > fsaverage > > > (native ASL > > > > > data size > > > > > > >> voxel of 3mm)* : > > > > > > >> /mris_fwhm --s fsaverage --hemi lh > > > > --smooth-only --i > > > > > > >> lh.fsaverage.cbf.mgh --fwhm 3 --o > > > > > lh.fwhm3.fsaverage.cbf.mgh > > > > > > >> --mask brain.fsaverage.lh.mgh// > > > > > > >> //mris_fwhm --s fsaverage --hemi rh > > > > --smooth-only --i > > > > > > >> rh.fsaverage.cbf.mgh --fwhm 3 --o > > > > > rh.fwhm3.fsaverage.cbf.mgh > > > > > > >> --mask brain.fsaverage.rh.mgh/ > > > > > > >> > > > > > > >> Could you advise me on these two > steps > > > and tell me > > > > > first if > > > > > > this > > > > > > >> is the best way to project CBF > maps on > > > > fsaverage, then to > > > > > > smooth > > > > > > >> the data on surfaces ? Is my process > > could be > > > > improved ? > > > > > > >> > > > > > > >> Best regards, > > > > > > >> -- > > > > > > >> ----------------------------- > > > > > > >> Matthieu Vanhoutte, MSc > > > > > > >> Research Engineer - Department of > > > Neuroradiology > > > > > > >> Regional University Hospital, Lille, > > France > > > > > > >> > > > > > > >> > > > > > > >> > > _______________________________________________ > > > > > > >> Freesurfer mailing list > > > > > > >> Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>>> > > > > > > > > > > > > >>https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu 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If you believe this e-mail > > was sent > > > > to you in > > > > > > error and > > > > > > > the e-mail > > > > > > > contains patient information, please > > > contact the > > > > Partners > > > > > > > Compliance HelpLine at > > > > > > > > http://www.partners.org/complianceline . > > If the > > > > e-mail was > > > > > sent to > > > > > > > you in error > > > > > > > but does not contain patient > > information, > > > please > > > > > contact the > > > > > > > sender and properly > > > > > > > dispose of the e-mail. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>> > > > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu>>>>>> > > > > > > > > > > > > >https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > -- > > > > > > Douglas N. Greve, Ph.D. > > > > > > MGH-NMR Center > > > > > > gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>>> > > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>> > > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu> > > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu > <mailto:gr...@nmr.mgh.harvard.edu>>> > > > 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