I believe if you simply run: $> recon-all -i /volumetric/Case018/case018_tp2/22-1.dcm -subject case018_tp2 -all
You should be all set. You do not need to type any of the following commands: > clear > cd /volumetric > ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage -Zeke > Zeke, > > I created another directory named "volumetric" and put my data under it. > To final check before running the recon-all, here is the info from > terminal: > -------- freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0 -------- > Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL) > FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer > FSFAST_HOME /usr/local/freesurfer/fsfast > FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz > SUBJECTS_DIR /usr/local/freesurfer/subjects > MNI_DIR /usr/local/freesurfer/mni > ubuntu:~> cd /volumetric > ubuntu:/volumetric> ls > Case018 Case022 > > > and I'm going to run this: > > #!/bin/tcsh > > clear > cd /volumetric > ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage > > recon-all -i /volumetric/Case018/case018_tp2/22-1.dcm -subject > case018_tp2 > -all > > On Fri, Sep 19, 2014 at 1:24 PM, <zkauf...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: > >> Mahmoud, >> >> If I recall correctly, your on a virtual machine with the >> /mnt/hgfs/mydata >> directory being a shared directory, and you werent able to write to it >> when running recon-all. >> >> So, what you want to do is create another directory within your virtual >> machine that holds your subjects data. You will still need the >> $FREESURFER_HOME/subjects directory because that directory contains >> files >> required by recon-all, so you will have a separate directory which >> contains your subjects. >> >> You should not be creating symlinks or anything like that. >> >> Just restore the fsaverage directory from the link I sent you back into >> $FREESURFER_HOME/subjects, put your subject data somewhere else in the >> VM, >> and run recon-all with the correct arguments. >> >> -Zeke >> >> >> > yes, that is true. If it's already there the symlink will fail. You >> > should be able to rm it if it is there an incorrect (or leave it if it >> is >> > there and correct) >> > On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote: >> > >> >> Bruce and Zeke, >> >> Thank you so much for your advice. >> >> The last question before running the recon again. if I say: >> >> cdà /mnt/hgfs/mydata >> >> ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage >> >> >> >> It means that I shouldn't already have the fsaverage under /mydata >> >> directory, right ? >> >> >> >> Mahmoud >> >> >> >> On Fri, Sep 19, 2014 at 12:09 PM, Bruce Fischl >> >> <fis...@nmr.mgh.harvard.edu> >> >> wrote: >> >> the easiest thing to do is: >> >> >> >> cdà /mnt/hgfs/mydata >> >> ln -s /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage >> >> >> >> >> >> then you don't have to worry about source and target. It will >> >> implicitly create the symlink in $PWD >> >> >> >> cheers >> >> Bruce >> >> On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote: >> >> >> >> Bruce, >> >> >> >> By "symlink from your /mnt/hgfs/mydata/fsaverage to >> >> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage" you mean >> >> "ln -s >> >> /mnt/hgfs/mydata/fsaverageà >> >> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage" ? >> >> which fsaverage is the target ? >> >> >> >> Thanks, >> >> Mahmoud >> >> >> >> On Fri, Sep 19, 2014 at 9:50 AM, Mahmoud >> >> <zeydab...@gmail.com> wrote: >> >> à à à Bruce, >> >> Thank you for your follow up and advice. Please let >> >> me know: >> >> 1- How to download the fsaverage again? >> >> 2- should I do the symlink manually or it will be >> >> done by recon-all >> >> later ? >> >> 3- What steps should I take before running the >> >> recon-all -all ? should >> >> I create any specific directory? set any permission >> >> ? >> >> >> >> Best, >> >> Mahmoud >> >> >> >> On Fri, Sep 19, 2014 at 9:41 AM, Bruce Fischl >> >> <fis...@nmr.mgh.harvard.edu> wrote: >> >> à à à yes, you symlinked it to itself which is why >> >> you are >> >> à à à getting the infinite recursion error. You >> need >> >> to delete >> >> à à à /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage >> >> >> >> à à à and download the fsaverage dir again, put it >> >> in that >> >> à à à directory, then symlink from your >> >> à à à /mnt/hgfs/mydata/fsaverage to >> >> à à à /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage >> >> >> >> à à à cheers >> >> à à à Bruce >> >> à à à On Fri, 19 Sep 2014, Mahmoud wrote: >> >> >> >> à à à à à à Bruce, >> >> >> >> à à à à à à I already had my data in a shared >> folder >> >> à à à à à à (/mnt/hgfs/mydata) but I got the >> >> à à à à à à permission error the same point >> that I >> >> got the >> >> à à à à à à symlink error lastly. So, I >> >> à à à à à à tought that might be due to >> something >> >> related >> >> à à à à à à to shared directory. >> >> à à à à à à Then I copied my subjects under >> the >> >> à à à à à à $SUBJECTS_DIR but got the symlink >> error. >> >> >> >> à à à à à à running ls -l >> >> /usr/local/freesurfer/subjects >> >> à à à à à à /fsaverageà shows me this: >> >> >> >> à à à à à à lrwxrwxrwx 1 mahmoud mahmoud 40 >> Sep 18 >> >> 20:23 >> >> à à à à à à >> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage >> >> -> >> >> à à à à à à >> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage >> >> >> >> à à à à à à Thank you, >> >> à à à à à à Mahmoud >> >> >> >> >> >> à à à à à à On Fri, Sep 19, 2014 at 9:23 AM, >> Bruce >> >> Fischl >> >> à à à à à à <fis...@nmr.mgh.harvard.edu> >> >> à à à à à à wrote: >> >> à à à à à à à à à theà directory >> >> à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects is >> for >> >> subjects >> >> à à à à à à à à à that we distribute >> and NOT where >> >> you >> >> à à à à à à should be putting your >> >> à à à à à à à à à subject data. Is that >> what you >> >> are >> >> à à à à à à doing? You may have >> >> à à à à à à à à à overwritten the >> fsaverage dir >> >> there. Can >> >> à à à à à à you run: >> >> >> >> à à à à à à à à à ls -l >> >> à à à à à à >> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage >> >> >> >> à à à à à à à à à and send us the >> results? >> >> >> >> à à à à à à à à à you should create a >> directory >> >> elsewhere >> >> à à à à à à with your subject data >> >> à à à à à à à à à and point >> SUBJECTS_DIR at it >> >> >> >> à à à à à à à à à cheers >> >> à à à à à à à à à Bruce >> >> >> >> à à à à à à à à à On Fri, 19 Sep 2014, >> Mahmoud >> >> wrote: >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à Bruce, >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à Here is >> the info when I >> >> open >> >> a new >> >> à à à à à à terminal: >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à -------- >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0 >> >> à à à à à à à à à à à à -------- >> >> à à à à à à à à à à à à Setting >> up environment >> >> for >> >> à à à à à à FreeSurfer/FS-FAST (and >> >> à à à à à à à à à à à à FSL) >> >> à à à à à à à à à à à à >> FREESURFER_HOMEà à >> >> à à à à à à /usr/local/freesurfer >> >> à à à à à à à à à à à à >> FSFAST_HOMEà à à à à à >> >> à à à à à à /usr/local/freesurfer/fsfast >> >> à à à à à à à à à à à à >> FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz >> >> à à à à à à à à à à à à >> SUBJECTS_DIRà à à à à >> >> à à à à à à /usr/local/freesurfer/subjects >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> MNI_DIRà à à à à à à à à à >> >> à à à à à à /usr/local/freesurfer/mni >> >> à à à à à à à à à à à à >> ubuntu:~> >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à On Fri, >> Sep 19, 2014 at >> >> 8:56 >> >> AM, >> >> à à à à à à Bruce Fischl >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> <fis...@nmr.mgh.harvard.edu> >> >> à à à à à à à à à à à à wrote: >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à can you tell us >> >> what >> >> your >> >> à à à à à à FREESURFER_HOME is >> >> à à à à à à à à à à à à and what >> your >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à SUBJECTS_DIR >> >> is? You >> >> will >> >> à à à à à à need to remove the >> >> à à à à à à à à à à à à broken >> link >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à probably >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à On Fri, 19 Sep >> >> 2014, >> >> Mahmoud >> >> à à à à à à wrote: >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à Hi >> >> Bruce, >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> Actually I >> >> couldn't. >> >> à à à à à à It says: ls: cannot >> >> à à à à à à à à à à à à access >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage: Too >> >> à à à à à à many >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à levels >> >> of >> >> symbolic >> >> à à à à à à links >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à And >> >> even I >> >> couldn't cd >> >> à à à à à à to fsaverage ! >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à In >> >> fact there is >> >> no >> >> à à à à à à directoryà under >> >> à à à à à à à à à à à à >> SUBJETCS_DIR >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à named >> >> fsaverage, >> >> it >> >> à à à à à à seems >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à the >> >> fsaverage >> >> under >> >> à à à à à à SUBJETCS_DIR is just >> >> à à à à à à à à à à à à a broken >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à link, >> >> and I have >> >> no >> >> à à à à à à idea >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à why >> >> the the link >> >> is >> >> à à à à à à broken and how to >> >> à à à à à à à à à à à à fix it. >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à Any >> >> help would >> >> be >> >> à à à à à à highly appreciated ! >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à Thank >> >> you, >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> Mahmoud >> >> >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à On >> >> Fri, Sep 19, >> >> 2014 >> >> à à à à à à at 8:21 AM, Bruce >> >> à à à à à à à à à à à à Fischl >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à <fis...@nmr.mgh.harvard.edu> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à wrote: >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à Hi Mahmoud >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à were you >> >> able to >> >> à à à à à à create a symlink >> >> à à à à à à à à à à à à to >> fsaverage >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à in >> >> your >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à >> >> SUBJECTS_DIR? If >> >> à à à à à à not, that is the >> >> à à à à à à à à à à à à reason >> for >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à this >> >> error >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à Bruce >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à On Thu, 18 >> >> Sep >> >> à à à à à à 2014, Mahmoud >> >> à à à à à à à à à à à à wrote: >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à Dear >> >> all, >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> After >> >> à à à à à à running "recon-all -i >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> $SUBJECTS_DIR/Case018/case018_tp2/22-1.dcm >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> -subject >> >> à à à à à à case018_tp2 -all" >> >> à à à à à à à à à à à à I'm >> always >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> getting the >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> following >> >> à à à à à à error and really >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> don't know >> >> à à à à à à how to fix.à >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> Could >> >> à à à à à à anybody please help >> >> à à à à à à à à à à à à me. The >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> recon-all.log >> >> file >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à is >> >> à à à à à à attached. >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> Thank you, >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> Mahmoud >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> Reporting >> >> à à à à à à on à 70 >> >> à à à à à à à à à à à à >> segmentations >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à mri_segstats done >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> /usr/local/freesurfer/subjects/case018_tp2/label >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> #-------------------------------------------- >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à #@# >> >> BA >> >> à à à à à à Labels lh Thu Sep 18 >> >> à à à à à à à à à à à à 20:23:27 >> EDT >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à 2014 >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> INFO: >> >> à à à à à à fsaverage subject does >> >> à à à à à à à à à à à à not >> exist >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à in >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à SUBJECTS_DIR >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> INFO: >> >> à à à à à à Creating symlink to >> >> à à à à à à à à à à à à >> fsaverage >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> subject... >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à à cd >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> /usr/local/freesurfer/subjects; ln >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à -s >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage; cd >> >> à à à à à à -à >> >> >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à à mri_label2label >> >> à à à à à à à à à à à à >> --srcsubject fsaverage >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> --srclabel >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à --trgsubject >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à case018_tp2 --trglabel >> >> à à à à à à à à à à à à >> ./lh.BA1.label >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à --hemi >> >> lh >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à --regmethod surfaceà >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à Too >> >> many >> >> à à à à à à levels of symbolic >> >> à à à à à à à à à à à à links >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à mri_label2label: could not >> >> à à à à à à à à à à à à open >> label >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à file >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> srclabel = >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> srcsubject >> >> à à à à à à = fsaverage >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> trgsubject >> >> à à à à à à = case018_tp2 >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> trglabel = >> >> à à à à à à ./lh.BA1.label >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> regmethod >> >> à à à à à à = surface >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> srchemi = >> >> à à à à à à lh >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> trghemi = >> >> à à à à à à lh >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> trgsurface >> >> à à à à à à = white >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> srcsurfreg >> >> à à à à à à = sphere.reg >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> trgsurfreg >> >> à à à à à à = sphere.reg >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> usehash = >> >> à à à à à à 1 >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à Use >> >> à à à à à à ProjAbs à = 0, 0 >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à Use >> >> à à à à à à ProjFrac = 0, 0 >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> DoPaint 0 >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à SUBJECTS_DIR à >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à >> /usr/local/freesurfer/subjects >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à FREESURFER_HOME >> >> à à à à à à à à à à à à >> /usr/local/freesurfer >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> Loading >> >> à à à à à à source label. >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> Invalid >> >> à à à à à à argument >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> ERROR >> >> à à à à à à reading >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> /usr/local/freesurfer/subjects/fsaverage/label/lh.BA1.label >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> Linux >> >> à à à à à à ubuntu >> >> à à à à à à à à à à à à >> 3.13.0-35-generic >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> #62-Ubuntu SMP >> >> Fri >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à Aug >> >> 15 >> >> à à à à à à 01:58:42 UTC 2014 >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> x86_64 >> >> à à à à à à x86_64 x86_64 >> >> à à à à à à à à à à à à >> GNU/Linux >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> recon-all >> >> à à à à à à -s case018_tp2 >> >> à à à à à à à à à à à à exited >> with >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à ERRORS >> >> at Thu >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à Sep >> >> 18 >> >> à à à à à à 20:23:27 EDT 2014 >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à For >> >> more >> >> à à à à à à details, see the >> >> à à à à à à à à à à à à log file >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à à à >> >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> >> /usr/local/freesurfer/subjects/case018_tp2/scripts/recon-all.log >> >> >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> _______________________________________________ >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> Freesurfer >> >> mailing >> >> à à à à à à list >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à >> >> à à à à à à à à à à à à >> >> à à à à à à >> >> >> https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer >> >> >> >> >> >> à à à à à à à à à à à à à à >> à à à à The >> >> information 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