I'm getting the following erorr when running Qdec "Analyze" Model Factors:
Discrete (fixed factors)
ADHD_Persist
MJ_group
Nuisance factor:
Age
ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 10355.4
--------------------------------
Possible problem with experimental design:
Check for duplicate entries and/or lack of range of
continuous variables within a class.
If you seek help with this problem, make sure to send:
1. Your command line:
mri_glmfit --y /Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/y.mgh --fsgd
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/qdec.fsgd dods --glmdir
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD --surf fsaverage rh --label
/Studies/MTA/fsaverage/label/rh.aparc.label --C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-Avg-Intercept-thickness.mat
--C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-Diff-C-D-Intercept-thickness.mat
--C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-Diff-Control-MJuser-Intercept-thickness.mat
--C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-X-ADHD_Persist-MJ_group-Intercept-thickness.mat
2. The FSGD file (if using one)
3. And the design matrix above
Error in Analyze: command failed: mri_glmfit --y
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/y.mgh --fsgd
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/qdec.fsgd dods --glmdir
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD --surf fsaverage rh --label
/Studies/MTA/fsaverage/label/rh.aparc.label --C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-Avg-Intercept-thickness.mat
--C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-Diff-C-D-Intercept-thickness.mat
--C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-Diff-Control-MJuser-Intercept-thickness.mat
--C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-X-ADHD_Persist-MJ_group-Intercept-thickness.mat
command line:
mri_glmfit --y /Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/y.mgh --fsgd
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/qdec.fsgd dods --glmdir
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD --surf fsaverage rh --label
/Studies/MTA/fsaverage/label/rh.aparc.label --C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-Avg-Intercept-thickness.mat
--C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-Diff-C-D-Intercept-thickness.mat
--C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-Diff-Control-MJuser-Intercept-thickness.mat
--C
/Studies/MTA/qdec/MTA_persistanceCD/contrasts/rh-X-ADHD_Persist-MJ_group-Intercept-thickness.mat
no FSGD file
I have attached the qdec dat file
design matrix:
Design matrix ------------------
1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000;
0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 0.000 0.000 0.000 21.000 0.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 22.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 27.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 23.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000 0.000 0.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 25.000;
0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 26.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000;
0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 24.000 0.000 0.000;
MTA_persistanceCD.dat
Description: MTA_persistanceCD.dat
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