Fantastic, thanks!
On Fri, 30 Nov 2012, Fernando Ventrice wrote:
Dear Anastasia, now it worked perfectly well changing the Z gradient with
*(-1)! Here I send you a screenshot.
Best,
Fernando
-----Mensaje original-----
De: Fernando Ventrice
Enviado el: 29 November 2012 11:39
Para: Anastasia Yendiki
Asunto: RE: [Freesurfer] FW: TRACULA some fiber volumes being too small
Hi Anastasia,
I'll rerun all steps changing the Z gradient with *(-1). Thanks and I'll write
with the results. Best,
Fernando
-----Mensaje original-----
De: freesurfer-boun...@nmr.mgh.harvard.edu
[mailto:freesurfer-boun...@nmr.mgh.harvard.edu] En nombre de Anastasia Yendiki
Enviado el: 28 November 2012 15:30
Para: Fernando Ventrice
CC: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
Asunto: Re: [Freesurfer] FW: TRACULA some fiber volumes being too small
Hi Fernando - I looked at your data and changing the sign of the z
coordinate in your gradient table gave me eigenvectors that looked fine in
both fslview and freeview. Why you would get eigenvectors that look
different in freeview and fslview before flipping z but not after is still
a mystery to me, but at this point I'd just try starting clean, changing
the sign in the 3rd column of your gradient table, and testing the whole
pipeline on a test subject to see if that fixes things. Let me know how it
goes!
a.y
Dear Anastasia,
When I open the dtifit_V1 and dtifit_FA with Freeview the vector directions
actually are OK, but when I open them with FSLview they are similar to your
screen-shot. Here I also send a screen-shot with the comparison between the two
softwares in each monitor.
Best,
Fernando
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