--- En date de : Lun 2.1.12, LAOUCHEDI MAKHLOUF <laouma...@yahoo.fr> a écrit :
De: LAOUCHEDI MAKHLOUF <laouma...@yahoo.fr>
Objet: recon all problem
À: freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
Date: Lundi 2 janvier 2012, 11h15
hi everyone
i run recon-all on 200 subjects on a cloud system and i had
the following message :
mpr2mni305 failed, see transforms/talairach_avi.log
so i attached the corresponding log to this message. does anyone have an idea
of the error
thanks andhappy new
year
/var/spool/pbs/tmpdir/169536.gridgate.scg.nuigalway.ie/https_3a_2f_2fwms01.ihep.ac.cn_3a9000_2fM72N6GZlEC95pE7rgch5YQ/ws15158/.tmp/8d3aa62d-5994-47e5-ba6d-031806ec9ffb/systemExecTask8201883777111446775/2818226/2818226/mri
/var/spool/pbs/tmpdir/169536.gridgate.scg.nuigalway.ie/https_3a_2f_2fwms01.ihep.ac.cn_3a9000_2fM72N6GZlEC95pE7rgch5YQ/ws15158/.tmp/8d3aa62d-5994-47e5-ba6d-031806ec9ffb/systemExecTask8201883777111446775/freesurfer/bin/talairach_avi
--i orig.mgz --xfm transforms/talairach.auto.xfm
$Id: talairach_avi,v 1.9 2011/03/02 18:38:06 nicks Exp $
Linux wn033.grid.scg.nuigalway.ie 2.6.18-274.7.1.el5 #1 SMP Thu Oct 20 15:20:36 EDT 2011 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
Sat Dec 31 03:27:09 GMT 2011
mri_convert orig.mgz talsrcimg.img
$Id: mri_convert.c,v 1.179.2.2 2011/05/16 20:53:47 greve Exp $
reading from orig.mgz...
TR=0.00, TE=0.00, TI=0.00, flip angle=0.00
i_ras = (-1, 0, 0)
j_ras = (0, 0, -1)
k_ras = (0, 1, 0)
writing to talsrcimg.img...
Analyze Output Matrix
-1.000 0.000 0.000 128.335;
0.000 0.000 1.000 -119.864;
0.000 -1.000 0.000 126.610;
0.000 0.000 0.000 1.000;
--------------------
INFO: set hdr.hist.orient to -1
mpr2mni305 talsrcimg
Sat Dec 31 03:27:10 GMT 2011
/var/spool/pbs/tmpdir/169536.gridgate.scg.nuigalway.ie/https_3a_2f_2fwms01.ihep.ac.cn_3a9000_2fM72N6GZlEC95pE7rgch5YQ/ws15158/.tmp/8d3aa62d-5994-47e5-ba6d-031806ec9ffb/systemExecTask8201883777111446775/freesurfer/bin/mpr2mni305 talsrcimg
$Id: mpr2mni305,v 1.4 2009/06/03 16:01:38 nicks Exp $
target=711-2C_as_mni_average_305
---------------------------------------------------------------------
analyzeto4dfp talsrcimg -O0 -y
---------------------------------------------------------------------
$Id: ifh2hdr.c,v 1.3 2007/05/05 10:45:03 nicks Exp $
Sat Dec 31 03:27:10 2011
Writing: talsrcimg.4dfp.hdr
$Id: analyzeto4dfp.c,v 1.2 2007/05/05 00:00:06 nicks Exp $
Reading: talsrcimg.hdr
header size 348 bytes
hdr.dime.datatype offset=70 value=2
hdr.dime.bitpix offset=72 value=8
hdr.hist.orient offset=252 value=-1
dimensionality 4
dimensions 256 256 256 1
Reading: talsrcimg.img
Writing: talsrcimg.4dfp.img
Writing: talsrcimg.4dfp.ifh
ifh2hdr talsrcimg -r0to255
ori=2
---------------------------------------------------------------------
gauss_4dfp talsrcimg 1.1
---------------------------------------------------------------------
$Id: gauss_4dfp.c,v 1.3 2009/05/15 21:43:46 nicks Exp $
Reading: talsrcimg.4dfp.img
Writing: talsrcimg_g11.4dfp.img
image dimensions 256 256 256 padded to 288 288 288
processing volume 1$Id: ifh2hdr.c,v 1.3 2007/05/05 10:45:03 nicks Exp $
Sat Dec 31 03:27:21 2011
Writing: talsrcimg_g11.4dfp.hdr
Writing: talsrcimg_g11.4dfp.ifh
including: talsrcimg.4dfp.img.rec in talsrcimg_g11.4dfp.img.rec
---------------------------------------------------------------------
imgreg_4dfp /var/spool/pbs/tmpdir/169536.gridgate.scg.nuigalway.ie/https_3a_2f_2fwms01.ihep.ac.cn_3a9000_2fM72N6GZlEC95pE7rgch5YQ/ws15158/.tmp/8d3aa62d-5994-47e5-ba6d-031806ec9ffb/systemExecTask8201883777111446775/freesurfer/average/711-2C_as_mni_average_305 none talsrcimg_g11 none talsrcimg_to_711-2C_as_mni_average_305_t4 4355
---------------------------------------------------------------------
$Id: imgreg_4dfp.c,v 1.4 2010/02/27 01:41:53 nicks Exp $
/var/spool/pbs/tmpdir/169536.gridgate.scg.nuigalway.ie/https_3a_2f_2fwms01.ihep.ac.cn_3a9000_2fM72N6GZlEC95pE7rgch5YQ/ws15158/.tmp/8d3aa62d-5994-47e5-ba6d-031806ec9ffb/systemExecTask8201883777111446775/freesurfer/average/711-2C_as_mni_average_305.4dfp.img
256 256 256 1
1.000000 1.000000 1.000000
orientation T byte_order littleendian
Reading image: /var/spool/pbs/tmpdir/169536.gridgate.scg.nuigalway.ie/https_3a_2f_2fwms01.ihep.ac.cn_3a9000_2fM72N6GZlEC95pE7rgch5YQ/ws15158/.tmp/8d3aa62d-5994-47e5-ba6d-031806ec9ffb/systemExecTask8201883777111446775/freesurfer/average/711-2C_as_mni_average_305.4dfp.img
dimensions: 256 256 256
mmppix: 1.0000 -1.0000 -1.0000
center: 128.0000 -129.0000 -129.0000
talsrcimg_g11.4dfp.img
256 256 256 1
1.000000 1.000000 1.000000
orientation T byte_order littleendian
Reading image: talsrcimg_g11.4dfp.img
dimensions: 256 256 256
mmppix: 1.0000 -1.0000 -1.0000
center: 128.0000 -129.0000 -129.0000
t4_read: talsrcimg_to_711-2C_as_mni_average_305_t4 read error
t4_read: transform initialized to I4
rotation matrix determinant 1.000000
image alignment mode 4355 decimal 1103 hex
-7.5000 -45.0000 -45.0000 9316.1777 10.0851
0.0000 -45.0000 -45.0000 9722.0439 10.0831
7.5000 -45.0000 -45.0000 9331.1240 10.0728
-7.5000 -37.5000 -45.0000 9676.5771 10.1933
0.0000 -37.5000 -45.000010095.1729 10.1894
7.5000 -37.5000 -45.0000 9692.3945 10.1758
-7.5000 -30.0000 -45.000010287.9707 10.1401
0.0000 -30.0000 -45.000010736.5195 10.1345
7.5000 -30.0000 -45.000010298.1475 10.1196
-7.5000 -22.5000 -45.000010852.6885 10.0997
0.0000 -22.5000 -45.000011346.9873 10.0957
7.5000 -22.5000 -45.000010867.0664 10.0831
-7.5000 -15.0000 -45.000011333.1074 10.0621
0.0000 -15.0000 -45.000011871.3965 10.0604
7.5000 -15.0000 -45.000011353.8506 10.0504
-7.5000 -7.5000 -45.000011674.3945 10.0184
0.0000 -7.5000 -45.000012203.8066 10.0176
7.5000 -7.5000 -45.000011660.9805 10.0090
-7.5000 0.0000 -45.000011909.4092 9.9939
0.0000 0.0000 -45.000012456.9658 9.9918
7.5000 0.0000 -45.000011881.0166 9.9820
-7.5000 7.5000 -45.000011281.0195 10.1187
0.0000 7.5000 -45.000011786.0098 10.1148
7.5000 7.5000 -45.000011256.8545 10.1015
-7.5000 15.0000 -45.000010613.1348 10.2954
0.0000 15.0000 -45.000011093.9395 10.2918
7.5000 15.0000 -45.000010621.7607 10.2781
-7.5000 22.5000 -45.0000 9976.4775 10.4839
0.0000 22.5000 -45.000010413.8535 10.4827
7.5000 22.5000 -45.0000 9968.9170 10.4707
-7.5000 30.0000 -45.0000 9335.4658 10.5422
0.0000 30.0000 -45.0000 9736.3125 10.5431
7.5000 30.0000 -45.0000 9306.9277 10.5334
-7.5000 37.5000 -45.0000 8971.9033 10.7813
0.0000 37.5000 -45.0000 9332.3662 10.7809
7.5000 37.5000 -45.0000 8925.4854 10.7706
-7.5000 45.0000 -45.0000 8309.5068 10.7673
0.0000 45.0000 -45.0000 8651.3281 10.7674
7.5000 45.0000 -45.0000 8252.6953 10.7555
-7.5000 -45.0000 -37.5000 9754.7959 10.0543
0.0000 -45.0000 -37.500010186.1064 10.0494
7.5000 -45.0000 -37.5000 9756.5918 10.0353
-7.5000 -37.5000 -37.500010158.9697 10.1648
0.0000 -37.5000 -37.500010597.5039 10.1586
7.5000 -37.5000 -37.500010155.5791 10.1403
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0.0000 -30.0000 -37.500011287.0449 10.1068
7.5000 -30.0000 -37.500010801.4268 10.0882
-7.5000 -22.5000 -37.500011398.7109 10.0698
0.0000 -22.5000 -37.500011906.5078 10.0639
7.5000 -22.5000 -37.500011385.5068 10.0493
-7.5000 -15.0000 -37.500011885.3955 10.0265
0.0000 -15.0000 -37.500012426.1719 10.0224
7.5000 -15.0000 -37.500011852.0928 10.0116
-7.5000 -7.5000 -37.500012233.9414 9.9825
0.0000 -7.5000 -37.500012748.8203 9.9789
7.5000 -7.5000 -37.500012181.0986 9.9684
-7.5000 0.0000 -37.500012491.6846 9.9628
0.0000 0.0000 -37.500013013.6162 9.9580
7.5000 0.0000 -37.500012442.4297 9.9444
-7.5000 7.5000 -37.500011820.8281 10.0900
0.0000 7.5000 -37.500012309.4189 10.0838
7.5000 7.5000 -37.500011782.7090 10.0659
-7.5000 15.0000 -37.500011135.0244 10.2634
0.0000 15.0000 -37.500011605.7305 10.2581
7.5000 15.0000 -37.500011124.0850 10.2406
-7.5000 22.5000 -37.500010500.8740 10.4433
0.0000 22.5000 -37.500010940.9473 10.4407
7.5000 22.5000 -37.500010493.8018 10.4270
-7.5000 30.0000 -37.5000 9815.1592 10.4932
0.0000 30.0000 -37.500010229.8311 10.4926
7.5000 30.0000 -37.5000 9806.5996 10.4827
-7.5000 37.5000 -37.5000 9405.0176 10.7320
0.0000 37.5000 -37.5000 9760.1006 10.7291
7.5000 37.5000 -37.5000 9376.1338 10.7168
-7.5000 45.0000 -37.5000 8688.7930 10.7280
0.0000 45.0000 -37.5000 9021.6777 10.7261
7.5000 45.0000 -37.5000 8656.6680 10.7088
-7.5000 -45.0000 -30.000010370.6777 10.4486
0.0000 -45.0000 -30.000010860.6855 10.4418
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-7.5000 -37.5000 -30.000010791.2393 10.5688
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7.5000 -37.5000 -30.000010765.3076 10.5383
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0.0000 -30.0000 -30.000012002.4971 10.5077
7.5000 -30.0000 -30.000011455.3037 10.4853
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7.5000 -22.5000 -30.000012103.7109 10.4404
-7.5000 -15.0000 -30.000012638.5537 10.4119
0.0000 -15.0000 -30.000013215.6230 10.4067
7.5000 -15.0000 -30.000012603.8975 10.3948
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7.5000 -7.5000 -30.000012981.7021 10.3488
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7.5000 7.5000 -30.000012530.8359 10.4583
-7.5000 15.0000 -30.000011844.9170 10.6696
0.0000 15.0000 -30.000012322.3887 10.6624
7.5000 15.0000 -30.000011821.6279 10.6405
-7.5000 22.5000 -30.000011199.8193 10.8491
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7.5000 22.5000 -30.000011154.0186 10.8276
-7.5000 30.0000 -30.000010455.8145 10.8961
0.0000 30.0000 -30.000010847.7354 10.8937
7.5000 30.0000 -30.000010403.9648 10.8819
-7.5000 37.5000 -30.0000 9967.5469 11.1464
0.0000 37.5000 -30.000010322.8418 11.1403
7.5000 37.5000 -30.0000 9938.8359 11.1257
-7.5000 45.0000 -30.0000 9195.3701 11.1620
0.0000 45.0000 -30.0000 9524.3447 11.1577
7.5000 45.0000 -30.0000 9162.7588 11.1352
-7.5000 -45.0000 -22.500010974.3887 10.8000
0.0000 -45.0000 -22.500011512.1309 10.7942
7.5000 -45.0000 -22.500010971.9346 10.7787
-7.5000 -37.5000 -22.500011396.2285 10.9254
0.0000 -37.5000 -22.500011960.9834 10.9169
7.5000 -37.5000 -22.500011392.3154 10.8959
-7.5000 -30.0000 -22.500012137.7373 10.8672
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