Es una partición Ext3 y sí que estaba marcado con un * todo lo referente a ella menos la opción de seguridad que había aparecido al hacer make oldconfig.
Bueno el caso es que lo he solucionado compilando el núcleo a pelo, pensando y releyendo todo y tardando media tarde, arrancando y viendo que funciona todo menos la red a volver a configurarla y el sonido (me olvidé de que había cambiado de tarjeta y ahora uso una integrada) así que ahora a volver a compilar marcando la opción Via no sé cuantos. Aún así no entiendo el porqué del fallo y me ha mosqueado mucho por que el compilar entero el núcleo implica que siempre la cague en algo y me toque compilarlo cientos de veces más y con ello reiniciar otras tantas, y esto fue por una de las cosas de dejé Windows, por que odio reiniciar. Bueno Iñaki muchas gracias aunque todavía no sé muy bien qué pasó.