У меня тоже самое с SATA-винтами. На разных машинах, с разными винтами (с абсолютно новыми в том числе), с разными контроллерами, разными нагрузками.
Вот здесь подробно обсуждали это: http://forum.ubuntu.ru/index.php?topic=23108.0 Как я понял, это баг в ядре, куча людей с ним сталкиваются и никаких изменений в лучшую сторону не происходит. Я этот баг впервые заметил вместе с 18 ядром в Etch. Что делать - не знаю. Отключение NCQ мне не помогло. Смена порта/кабеля, снижение link speed до 1.5 Gb джампером - помогает ненадолго.
