Wenn ein Angreifer schon Zugriff über eine PHP Shell erlangt hat, müsste er 
innerhalb des web-Verzeichnisses eigentlich auch in der Lage sein, die 
modification time von Dateien zu verändern und damit zu verschleiern, z.B. über 
time().
Auf das Änderungsdatum einer Datei allein würde ich mich nicht verlassen.
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