Já que vc quer controlar bastante coisa assim, o ideal seria era vc fazer uma base LDAP no server, assim ficaria tudo centralizado e não teria que ficar criando script pra isso ou aquilo e mechendo toda hora na base com o samba. Apenas uma sugestão :)
Agora me responsa uma coisa, este servidor com samba, vc simplesmente usa pra logar os usuarios ou ele é o seu file server ? Usa algum script tipo *.bat pra mapear alguma unidade ?
