Dear Thierry,
Thanks for your advice. However, I would like to understand why when I
build the vignette to get the pdf from the Rnw, it takes just 8 seconds
once the "cache" folder has been created instead of the initial 4 minutes,
but this time reduction does not happen when checking the package.
Best,
Jose Barrera
Statistician, Associate Lecturer
*IS**Global*
Barcelona Institute for Global Health - Campus MAR
Barcelona Biomedical Research Park (PRBB) (Room Hypatia)
Doctor Aiguader, 88
08003 Barcelona, Spain
Tel. +34 93 2147383
jose.barr...@isglobal.org
<https://www.linkedin.com/in/josebarrera>
Personal website: sites.google.com/view/josebarrera
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El lun, 1 feb 2021 a las 13:02, Thierry Onkelinx (<
thierry.onkel...@inbo.be>) escribió:
Dear Jose,
I store the results of CPU intensive chunks in the package. Have a look
at
https://github.com/ropensci/git2rdata/blob/master/vignettes/efficiency.Rmd
.
Best regards,
ir. Thierry Onkelinx
Statisticus / Statistician
Vlaamse Overheid / Government of Flanders
INSTITUUT VOOR NATUUR- EN BOSONDERZOEK / RESEARCH INSTITUTE FOR NATURE
AND FOREST
Team Biometrie & Kwaliteitszorg / Team Biometrics & Quality Assurance
thierry.onkel...@inbo.be
Havenlaan 88 bus 73, 1000 Brussel
www.inbo.be
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
To call in the statistician after the experiment is done may be no more
than asking him to perform a post-mortem examination: he may be able to say
what the experiment died of. ~ Sir Ronald Aylmer Fisher
The plural of anecdote is not data. ~ Roger Brinner
The combination of some data and an aching desire for an answer does not
ensure that a reasonable answer can be extracted from a given body of data.
~ John Tukey
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
<https://www.inbo.be>
Op ma 1 feb. 2021 om 12:49 schreef Jose Barrera <
jose.barr...@isglobal.org>:
Dear all,
I have an issue when checking a package that includes a vignette using
cache = TRUE in some chunks. The vignette is generated with knit from an
Rnw document. The issue is that cache works when building the vignette
locally but it seems not working when checking the package.
I have proceeded as follows:
1) R CMD build collin --resave-data
* creating vignettes... ---> 4 minutes
2) R CMD check --as-cran collin_0.0.1.tar.gz
* checking re-building of vignette outputs ... ---> 4 minutes
3) I install "collin_0.0.1.tar.gz" in my laptop
4) In an R session, I build the vignette "collin/vignettes/collin.Rnw".
It
takes 4.7 minutes and the "cache" folder is created in
"collin/vignettes/"
5) I remove all aux files in "collin/vignettes/" (now, the only extra
item
is the "cache" folder)
6) I re-build the vignette in the R session and now it takes only 8
seconds, so the cache is working
7) Repeat 5)
8) Repeat 1) and 2) but it still takes 4 minutes so it seems like R CMD
build and R CMD check are ignoring the "cache" folder in
"collin/vignettes/".
I would be very grateful if you could provide some advice on how to fix
the
problem.
Best,
Jose Barrera
Statistician, Associate Lecturer
ISGlobal
Barcelona Institute for Global Health - Campus MAR
Barcelona Biomedical Research Park (PRBB) (Room Hypatia)
Doctor Aiguader, 88
08003 Barcelona, Spain
Tel. +34 93 2147383
jose.barr...@isglobal.org
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