Hallo! <?xml:namespace prefix = o ns =
"urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
I want to compare different samples with the formula
<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
Here some example data: <o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
<o:p> </o:p>
sample1<o:p></o:p>
sample2<o:p></o:p>
sample3<o:p></o:p>
sample4<o:p></o:p>
a<o:p></o:p>
2.05<o:p></o:p>
2.65<o:p></o:p>
1.28<o:p></o:p>
1.85<o:p></o:p>
b<o:p></o:p>
0<o:p></o:p>
6.69<o:p></o:p>
6.48<o:p></o:p>
4.86<o:p></o:p>
c<o:p></o:p>
0<o:p></o:p>
44.13<o:p></o:p>
31.66<o:p></o:p>
30.21<o:p></o:p>
d<o:p></o:p>
5.73<o:p></o:p>
18.96<o:p></o:p>
20.29<o:p></o:p>
13.65<o:p></o:p>
e<o:p></o:p>
41.47<o:p></o:p>
52.73<o:p></o:p>
43.1<o:p></o:p>
52.88<o:p></o:p>
f<o:p></o:p>
0<o:p></o:p>
2.78<o:p></o:p>
4.82<o:p></o:p>
1.56<o:p></o:p>
g<o:p></o:p>
1.66<o:p></o:p>
2.72<o:p></o:p>
0<o:p></o:p>
2.47<o:p></o:p>
h<o:p></o:p>
3.58<o:p></o:p>
10.98<o:p></o:p>
8.78<o:p></o:p>
9.11<o:p></o:p>
i<o:p></o:p>
3.09<o:p></o:p>
3.6<o:p></o:p>
1.49<o:p></o:p>
3.72<o:p></o:p>
j<o:p></o:p>
3.51<o:p></o:p>
5.38<o:p></o:p>
2.69<o:p></o:p>
4.1<o:p></o:p>
k<o:p></o:p>
2.87<o:p></o:p>
4.14<o:p></o:p>
3<o:p></o:p>
2.87<o:p></o:p>
l<o:p></o:p>
5.96<o:p></o:p>
7.26<o:p></o:p>
3.45<o:p></o:p>
4.8<o:p></o:p>
m<o:p></o:p>
3.87<o:p></o:p>
11.56<o:p></o:p>
7.28<o:p></o:p>
3.15<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
The rows are amounts of substances found in plant samples. Some substances are
not present in some samples (=0). <o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
The formula: Xi = (sum (from i=1 to n) (pi/Pi))/ n <o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
*Xi* is a measure for the similarity of chromatograms with an ideal value of 1
(100 % similarity)*,n *is the number of peaks in both chromatograms to compare.
xi is a measure for the similarity of the peaks in chromatograms.* **pi* is the
integration (area) of the peak i (i=1 to n) of one chromatogram and *Pi,* the
integration of the peak i (i=1 to n) of the other chromatogram. <o:p></o:p>
The amount of each substance in two samples, sum it up and divide it through
the total number of substance. (In the table above maximum 14). <o:p></o:p>
At the moment I have this: <o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
ksi <- function(a,b) { <o:p></o:p>
p <- apply(cbind(a,b),1,min) <o:p></o:p>
P <- apply(cbind(a,b),1,max) <o:p></o:p>
piPi <- p[P>0]/P[P>0]
print(piPi) <o:p></o:p>
ksi <- sum(piPi)/sum(as.numeric(P>0)) <o:p></o:p>
} <o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
d <- read.csv('data.csv') <o:p></o:p>
n.prob <- 5 <o:p></o:p>
x <- matrix(1,n.prob,n.prob) <o:p></o:p>
for (i in 2:n.prob) for (j in 1:(i-1)) { <o:p></o:p>
print(paste(i,j)) <o:p></o:p>
x[i,j] <- ksi(d[,i+1], d[,j+1]) <o:p></o:p>
x[j,i] <- x[i,j] <o:p></o:p>
} <o:p></o:p>
rownames(x)<-names(d)[-1] <o:p></o:p>
colnames(x)<-names(d)[-1] <o:p></o:p>
x<o:p></o:p>
<o:p> </o:p>
How can I change it that pi isnt the smaller number and P1 is the bigger one.
<o:p></o:p>
P1 should always the number of e. g. sample 1 and P1 of sample 2.
Yours, Serena <o:p></o:p>
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