Hi, I have a genotype data for both case and controls and would like to calculate the HW p-value. However, since the number of one genotype is 0, I got wired result. Would someone help me to figure it out? Or confirm it's right? Thanks a lot.
============ > library( "genetics" ) NOTE: THIS PACKAGE IS NOW OBSOLETE. The R-Genetics project has developed an set of enhanced genetics packages to replace 'genetics'. Please visit the project homepage at http://rgenetics.org for informtion. > case.data <- > c("G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","A/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G /G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","A/G","G/G","G/G ","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G", "G/G","G/G","G/G") > g1 <- genotype(case.data) > g1 [1] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/A" [13] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [25] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [37] "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [49] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" [61] "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [73] "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" Alleles: G A > HWE.exact(g1) Exact Test for Hardy-Weinberg Equilibrium data: g1 N11 = 71, N12 = 9, N22 = 0, N1 = 151, N2 = 9, p-value = 1 > control.data <- c("G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G" ,"G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G"," G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/ G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","A/G","G/G","G/G" ,"G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G"," G/G","G/G","G/G","G/G","G+ /G","G/G","G/G","G/G","G/G","G/G") > g2 <- genotype(control.data) > g2 [1] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [13] "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [25] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [37] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [49] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [61] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [73] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [85] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" [97] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [109] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [121] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/A" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [133] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [145] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [157] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" [169] "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" "G/G" Alleles: G A > HWE.exact(g2) Exact Test for Hardy-Weinberg Equilibrium data: g2 N11 = 168, N12 = 5, N22 = 0, N1 = 341, N2 = 5, p-value = 1 ============ Becky This email is intended only for the use of the individua...{{dropped:12}} ______________________________________________ R-help@r-project.org mailing list https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
