Hi R users
I try to use the lme but I can´t!!!!!
My script is (some words in french, sorry!!):
rm(list=ls(all=TRUE)) #Efface tous les objets en mémoire pour éviter des
erreurs
library(MASS) #Chargement des Librairies
library(car)
library(Hmisc)
library(tkWidgets)
library(svDialogs)
library(multtest)
library(nlme)
#Rep <- "C:/Documents and Settings/U3M/Bureau/steph/Scripts R/"
Rep <- "C:/Documents and Settings/rafa/Mis documentos/metabolomics/Scripts
R/Modèles Mixtes/"
# Choix du fichier à traiter
source(sprintf("%sinfile2bis.q",Rep))
para<-infile2bis() # Ouvre une petite interface permettant de sélectionner
le fichier
# que l'on veut traiter
Fic <- para$fichier # fic est le fichier à traiter
pat <- para$pat # Répertoire de résultats
CLASSE <- noquote(para$classe[1:2]) # Facteurs à étudier
.method<-which(para$checks2!=F) #Méthode d'ajustement des p-values
# Vérification qu'on est bien ds le bon répertoire de travail
if ( getwd()!=dirname(Fic[1]) ) setwd(dirname(Fic[1]))
## Quelques conditions à vérifier
if (sum(CLASSE=="")>=1) {
guiDlgMessage("Il faut spécificier deux variables catégorielles.",
title = "ERROR", type = "ok", icon = c("error"), parent =
0)
stop("Il faut spécificier deux variables catégorielles") }
if (sum(para$checks1==c(T,T))==2) {
guiDlgMessage("Il ne faut cocher qu'une seule case pour la ligne
Transformation des données.",
title = "ERROR", type = "ok", icon = c("error"), parent =
0)
stop("Il ne faut cocher qu'une seule case pour la ligne Transformation
des données") }
if (length(which(para$checks2)==T)>1) {
guiDlgMessage("Vous ne pouvez choisir qu'une seule méthode de correction
des p-values, ne cochez qu'une seule case.",
title = "ERROR", type = "ok", icon = c("error"), parent =
0)
stop("Error : vous ne pouvez choisir qu'une seule méthode de correction
des p-values ")}
###################################### Manipulation sur le fichier de
données
titi <- read.table(Fic[2],header=T,sep="\t") # Lecture du fichier
Protocole
indiv <- as.character(titi[,1]) #Identifiant des
individus
Subject <- as.factor(titi[,1])
n <- dim(titi)[1] #Nb individus
toto1 <- read.table(Fic[1],header=T,sep="\t") # Lecture du fichier de
données
ions <- as.character(toto1[,1]) #Identifiant des ions
## La matrice des Intensités
if (sum(para$checks1==c(T,F))==2) {
toto <- log2(t(toto1[,-c(1:(dim(toto1)[2]-n))])+1) }
if (sum(para$checks1==c(F,T))==2) {
toto <- t(toto1[,-c(1:(dim(toto1)[2]-n))]) }
if (sum(para$checks1==c(F,F))==2) {
toto <- t(toto1[,-c(1:(dim(toto1)[2]-n))]) }
nvar <- dim(toto)[2] #Nb variables = Nb ions
if (is.numeric(toto)==F) {
guiDlgMessage("Problème de fichier :\r\n vérifier vos données.",
title = "ERROR", type = "ok", icon = c("error"), parent =
0)
stop("Nombre d'individus différents dans les deux fichiers : vérifier
vos données")}
Facteurs <- titi[,-1] #Les facteurs
#Création d'un répertoire où enregistrer les résultats
if (any(dir(getwd())==strsplit(pat,"/"))==F) {
if (pat!="") { dir.create(file.path(getwd(),pat)) }
}
##################################### ANOVA 2 voies
v1 <- Facteurs[[CLASSE[1]]]
v2 <- Facteurs[[CLASSE[2]]]
if (is.null(v1) | is.null(v2)) {
guiDlgMessage("Vous n'avez pas spécifier un facteur catégoriel
correct.\r\n\r\nAttention, il faut que le nom du facteur que vous entrez
\r\ndans l'interface et celui du fichier protocole soient \r\nexactement les
mêmes.\r\n\r\nR est sensible à la case.",
title = "ERROR", type = "ok", icon = c("error"),
parent = 0)
}
## ANOVA 2 facteurs
Resultats=NULL
Res=NULL
i=0
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
#summary(mixed)
#anova(mixed)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
if (i!=length(ions)) {
while(i!=length(ions)) {
i=i+1
myion=toto[,i]
mixed=lme(myion ~ v1*v2, random= ~ 1 | Subject/v1,method="REML")
## effet aléatoire sujet(v1)
zz=anova(mixed)
Res <-
data.frame(ions[i],toto1[i,2:(dim(toto1)[2]-n)],t(zz[-1,4]),toto1[i,c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
Resultats <- rbind(Resultats,Res)
}}
dimnames(zz)[[1]][-1] <-
c(para$classe[1],para$classe[2],sprintf("%s:%s",para$classe[1],para$classe[2]))
names(Resultats) <- c("IONS",
dimnames(toto1)[[2]][2:(dim(toto1)[2]-n)],
dimnames(zz)[[1]][-1],
dimnames(toto1)[[2]][c((dim(toto1)[2]-n+1):dim(toto1)[2])])
## Sauvegarde des résultats
if (.method==1) {
write.table(Resultats,sprintf("%sModèleMIXED-%sfacteurs - %s-%s
avec interaction.txt",
pat,sum(CLASSE!=""),para$classe[1],para$classe[2]),
sep="\t",quote=F,row.names=F,
col.names=names(Resultats))
}
if (.method != 1) {
procs<-c("Bonferroni","BH") [.method-1]
adj1<-mt.rawp2adjp(Resultats[,2],procs)
Resultats[,2] <- adj1[[1]][,2][order(adj1$index)]
adj2<-mt.rawp2adjp(Resultats[,3],procs)
Resultats[,3] <- adj2[[1]][,2][order(adj2$index)]
adj3<-mt.rawp2adjp(Resultats[,4],procs)
Resultats[,4] <- adj3[[1]][,2][order(adj3$index)]
## Sauvegarde des p-values ajustées avec la méthode choisie
write.table(Resultats,
sprintf("%sModèleMIXED-%sfacteurs - %s-%s avec
interaction - avec correction %s.txt",pat,sum(CLASSE!=""),
para$classe[1],para$classe[2],procs[.method-1]),
sep="\t",quote=F,row.names=F,
col.names=names(Resultats))
}
#################################### Calcul des moyennes par niveau de
facteurs
titi1=toto1[,-c(1:(dim(toto1)[2]-n))]
moy<-NULL
for ( u in 1:length(levels(v1)) ) {
y <- apply(titi1[v1==levels(v1)[u]],1,mean)
moy <- cbind(moy,y)
}
dimnames(moy)[[1]] <- ions
for ( u in 1:length(levels(v2)) ) {
y <- apply(titi1[v2==levels(v2)[u]],1,mean)
moy <- cbind(moy,y)
}
for ( u in 1:length(levels(v1:v2)) ) {
y <- apply(titi1[v1:v2==levels(v1:v2)[u]],1,mean)
moy <- cbind(moy,y)
}
dimnames(moy)[[2]] <- c(levels(v1),levels(v2),
levels(v1:v2))
## Sauvegarde des moyennes
write.table(data.frame(ions,moy),
sprintf("%sRésumé - moyenne des différents facteurs %s-%s
avec interaction.csv",pat,
para$classe[1],para$classe[2]),
sep=";",quote=F,row.names=F,
col.names=c("IONS",dimnames(moy)[[2]]) )
## Boite d'information que la modélisation est terminée
guiDlgMessage("modélisation GLM 2-WAY terminée.", title = "Message",
type = c("ok"),
default = 1, icon = "info", parent = 0,
GUI = getOption("guiWwidgets"))
I got this error message:
Erro en lme.formula(myion ~ v1 * v2, random = ~1 | Subject/v1, method =
"REML") :
nlminb problem, convergence error code = 1; message = false
convergence (8)
Some idea about what is happening???
Thanks in advance
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PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
