What prompted the questions? If it was a specifically biological/genetic package the bioconductor list can probably provide better help than this list.
Michael On Nov 5, 2011, at 3:12 PM, JulianaMF <j...@ib.usp.br> wrote: > Hello Michael, > Sorry, I am just starting to lear all this. > Here is one of my input files (from a .str file) in which the first column > are the individuals, the second is the pop info (in this case I am stating > that I have one pop because I am still trying to find out which are the > clusters in my sample) and the others are the 10 loci. The genotypes for > each individual are in 2 rows and missing data is -9. I tried both R and R > studio and I am working from a Mac. I followed all the routine > SimStru <- read.structure(file = "SimStru.str") > and then I answered all the prompted questions (I am writing from my memory > because the files are back at the lab): 82 individuals (820 genotypes), 10 > loci, no column with marker name, column with pop info = 2, other column = 1 > (names for each sample), row with marker names = 1, missing data = -9. I > didn't change any of the other default settings. And once I answered all the > questions, I got that error message. > Thank you so much to be willing to help and sorry about my ignorance, I am > new to this! > Ind Pop 134 220 28 18 414 24 42 58 423 12 > S3 1 349 163 267 316 287 412 275 234 164 351 > S3 1 369 165 267 336 287 424 275 238 188 351 > S5 1 345 163 271 316 287 360 187 234 152 343 > S5 1 365 163 283 336 287 388 187 246 152 615 > S9 1 353 163 275 300 287 400 231 234 164 347 > S9 1 361 163 279 336 287 416 275 234 170 351 > S10 1 325 -9 259 316 287 384 299 234 140 331 > S10 1 357 -9 279 328 287 400 299 234 152 351 > S15 1 377 163 267 316 287 416 259 234 134 339 > S15 1 385 163 283 344 287 416 267 254 164 363 > S17 1 333 163 263 316 285 380 179 234 164 355 > S17 1 381 163 287 328 287 400 179 238 164 399 > S21 1 333 163 271 356 285 388 219 250 158 335 > S21 1 377 165 271 360 285 416 219 270 200 355 > S22 1 373 163 251 316 285 404 211 234 158 335 > S22 1 377 163 279 352 287 404 211 234 158 355 > S26 1 377 163 259 324 285 424 -9 254 170 327 > S26 1 405 163 283 324 287 424 -9 254 188 351 > S28 1 333 163 267 324 287 380 187 246 164 351 > S28 1 333 163 267 336 287 416 295 246 164 355 > S32 1 321 163 259 300 285 396 291 250 152 343 > S32 1 365 165 259 348 285 396 291 250 164 351 > S33 1 325 163 263 -9 287 408 231 238 140 371 > S33 1 357 163 263 -9 287 432 251 246 146 371 > S37 1 361 163 267 320 285 416 195 254 164 343 > S37 1 361 165 275 320 287 420 195 254 170 355 > S38 1 377 163 267 348 287 416 223 234 164 339 > S38 1 385 165 275 388 287 416 223 254 164 363 > S40 1 373 163 255 336 287 384 191 234 158 347 > S40 1 381 163 267 348 287 416 239 250 170 495 > S44 1 333 163 279 300 287 408 255 238 146 351 > S44 1 333 163 283 316 287 416 255 246 146 387 > S45 1 345 163 -9 -9 287 412 187 234 158 -9 > S45 1 389 163 -9 -9 287 416 215 234 176 -9 > S49 1 349 163 271 312 285 388 191 238 164 351 > S49 1 357 163 283 344 287 400 191 238 182 495 > S52 1 353 163 259 300 287 380 195 258 -9 335 > S52 1 385 163 279 320 287 424 195 258 -9 351 > S56 1 325 163 267 300 287 400 263 226 146 355 > S56 1 389 163 283 316 287 400 263 238 188 407 > S57 1 357 163 263 300 287 412 199 234 146 343 > S57 1 389 163 271 316 287 412 199 242 176 391 > S61 1 369 163 287 316 287 380 175 246 164 339 > S61 1 393 163 287 316 287 432 191 250 182 347 > S62 1 377 163 275 316 287 392 -9 254 164 363 > S62 1 385 165 275 348 287 392 -9 254 164 363 > S63 1 333 163 267 332 285 388 175 234 158 347 > S63 1 401 163 271 340 287 408 199 234 164 355 > S67 1 377 163 251 320 287 412 187 246 158 351 > S67 1 377 163 275 352 287 416 187 246 158 379 > S68 1 377 163 287 332 287 404 291 238 164 339 > S68 1 405 163 287 348 287 420 291 246 176 591 > S69 1 325 163 255 308 285 364 191 226 -9 343 > S69 1 353 163 279 316 285 416 307 242 -9 359 > S71 1 385 163 255 328 285 384 251 230 164 343 > S71 1 385 165 267 352 287 424 251 230 168 363 > S73 1 341 159 259 308 285 416 191 230 164 335 > S73 1 369 163 259 324 285 416 191 230 176 467 > S74 1 -9 -9 271 320 287 384 183 226 152 347 > S74 1 -9 -9 271 348 287 408 227 226 170 455 > S75 1 373 163 251 308 285 380 195 234 158 351 > S75 1 385 163 279 348 287 400 195 234 164 591 > S79 1 333 163 275 304 287 400 211 218 170 339 > S79 1 369 163 279 348 287 400 267 234 176 339 > S80 1 393 163 259 316 287 388 255 230 170 407 > S80 1 401 163 267 332 287 388 255 266 176 587 > S86 1 369 163 283 316 285 388 203 242 152 355 > S86 1 377 163 283 324 287 396 203 242 170 359 > S87 1 333 163 279 300 287 408 255 242 146 351 > S87 1 333 163 283 316 287 416 255 246 146 387 > S92 1 321 163 259 316 287 384 211 230 164 343 > S92 1 393 163 259 352 287 416 247 234 170 435 > S97 1 325 163 263 316 287 380 151 230 152 343 > S97 1 373 163 287 320 287 400 151 230 152 347 > S98 1 357 159 283 316 287 408 191 246 152 355 > S98 1 369 163 283 352 287 416 259 250 152 499 > S99 1 373 163 255 332 285 372 195 234 140 351 > S99 1 389 163 283 332 287 392 219 258 152 403 > S100 1 365 163 263 316 287 384 203 238 152 355 > S100 1 381 165 287 336 287 416 271 242 158 371 > S101 1 325 163 263 320 285 416 243 246 158 355 > S101 1 361 163 279 340 287 416 259 250 158 503 > S102 1 361 163 271 316 285 384 239 250 152 355 > S102 1 393 165 287 356 287 420 239 254 176 359 > S103 1 353 163 263 304 287 388 135 246 146 343 > S103 1 365 163 283 320 287 420 187 250 146 359 > S104 1 361 163 287 304 -9 360 179 230 146 363 > S104 1 365 163 291 312 -9 396 179 250 176 411 > S106 1 333 163 263 316 287 416 295 234 140 327 > S106 1 361 163 271 356 287 428 295 238 170 367 > S109 1 333 163 271 316 287 404 151 250 152 351 > S109 1 389 165 283 316 287 424 151 250 158 355 > S110 1 365 163 279 316 285 404 195 250 188 343 > S110 1 365 163 287 340 287 404 255 254 188 347 > S111 1 329 163 275 320 287 420 203 238 140 399 > S111 1 361 167 275 340 287 420 203 262 176 475 > S112 1 325 163 251 316 287 416 -9 238 146 367 > S112 1 353 165 287 316 287 416 -9 246 176 367 > S113 1 353 163 271 352 -9 404 211 242 140 327 > S113 1 373 163 291 352 -9 408 211 250 152 355 > S116 1 361 163 279 316 287 388 227 226 152 355 > S116 1 361 163 279 316 287 420 255 230 182 371 > S117 1 353 163 291 336 287 388 191 234 140 343 > S117 1 377 163 291 336 287 428 195 254 158 415 > S118 1 325 163 271 336 287 384 179 238 140 367 > S118 1 361 163 271 344 287 384 203 254 158 603 > S122 1 325 163 259 300 -9 388 219 234 158 347 > S122 1 385 163 279 320 -9 400 227 242 164 483 > S124 1 329 163 255 312 287 412 211 246 158 343 > S124 1 353 163 267 312 287 420 299 262 158 347 > S125 1 337 163 263 344 287 380 191 242 140 363 > S125 1 365 165 275 344 287 380 191 242 152 423 > S126 1 357 162 263 316 287 400 183 234 152 347 > S126 1 357 163 263 320 287 416 239 242 164 351 > S128 1 325 163 279 312 287 388 215 250 146 359 > S128 1 357 163 287 344 287 408 259 250 170 359 > S129 1 305 161 -9 -9 285 396 -9 230 152 355 > S129 1 305 165 -9 -9 285 396 -9 250 152 355 > S130 1 353 163 263 316 287 400 271 238 152 375 > S130 1 377 163 271 316 287 412 271 254 158 375 > S131 1 325 163 263 316 -9 408 187 230 158 351 > S131 1 377 163 267 316 -9 408 219 234 170 355 > S133 1 325 163 279 308 287 408 279 230 164 335 > S133 1 397 163 283 316 287 416 279 238 182 351 > S134 1 345 163 279 308 287 388 235 238 176 347 > S134 1 365 163 279 340 287 388 235 250 188 499 > S135 1 325 155 275 308 287 412 251 234 170 339 > S135 1 361 163 283 332 287 432 251 254 176 351 > S136 1 349 155 271 344 287 400 195 238 140 351 > S136 1 365 163 275 360 287 408 223 250 176 355 > S138 1 369 165 275 336 285 396 187 234 164 331 > S138 1 397 165 283 360 287 396 187 254 188 343 > S139 1 373 163 279 360 285 388 231 238 140 387 > S139 1 373 163 279 376 287 420 231 250 170 483 > S141 1 365 163 275 308 287 412 179 234 140 395 > S141 1 365 163 283 348 287 420 203 250 170 399 > S142 1 333 163 267 300 287 408 179 238 164 455 > S142 1 393 163 267 340 287 420 179 246 170 507 > S143 1 325 163 255 324 287 388 255 234 176 343 > S143 1 373 165 267 324 287 420 255 246 188 343 > S147 1 369 163 271 300 287 388 227 238 170 351 > S147 1 385 163 271 324 287 416 295 250 182 351 > S149 1 325 163 283 304 287 404 187 238 164 343 > S149 1 345 163 295 304 287 404 219 246 176 395 > S150 1 353 163 263 300 285 388 191 226 158 347 > S150 1 377 163 287 312 287 420 247 250 182 347 > S151 1 365 163 259 316 285 360 175 234 134 447 > S151 1 389 163 259 320 287 396 239 238 176 447 > S154 1 333 163 275 340 285 380 195 234 158 363 > S154 1 361 163 279 356 285 408 215 234 194 395 > S155 1 361 163 255 308 287 416 151 234 134 331 > S155 1 373 163 267 320 287 428 195 234 182 347 > S156 1 361 -9 251 300 287 408 207 238 158 343 > S156 1 381 -9 287 316 287 416 235 238 158 355 > S157 1 365 163 271 348 285 396 195 230 152 347 > S157 1 385 163 275 348 285 416 231 254 170 455 > S158 1 377 163 279 308 285 408 183 234 140 323 > S158 1 445 163 283 352 287 416 259 234 182 355 > S159 1 357 163 263 324 285 380 211 246 152 327 > S159 1 357 163 283 356 287 408 255 246 164 347 > S161 1 329 163 259 308 287 384 191 234 140 359 > S161 1 329 163 263 308 287 400 243 250 164 359 > S162 1 353 163 283 316 287 396 183 242 182 -9 > S162 1 385 163 283 316 287 404 183 242 182 -9 > > -- > View this message in context: > http://r.789695.n4.nabble.com/error-message-tp3223412p3994067.html > Sent from the R help mailing list archive at Nabble.com. > > ______________________________________________ > R-help@r-project.org mailing list > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help > PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html > and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code. ______________________________________________ R-help@r-project.org mailing list https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
