Hi Alex,

sorry, I wasn't aware that sum does not work with listst. replace "lapply" with "sapply" or place the call in "unlist".

Your second example does not work as you have to provide the additional arguments to the inner function in lapply:

lapply(1:nrow(cells), function(rowInd, i, j), [your function goes here], i=i, j=j)

Viele Grüße,

Andreas

Alaios schrieb:
Dear Andreas,
I would like to thank you for your reply.
I have tried two alternatives but none of the two worked out:

F2[i+1,j+1]<-sum(lapply(1:nrow(cells), function(rowInd) 
Fwithcellvalue(i=i,j=j,a=cells[rowInd,2],b=cells[rowInd,4],c=cells[rowInd,1],d=cells[rowInd,3],e=cells[rowInd,5])))

this one is executed : takes like 2 mins to return(which is normal) but returns 
the following

^@Error in sum(lapply(1:nrow(cells), function(rowInd) Fwithcellvalue(i = i, : invalid 'type' (list) of argument


afterwards I tried to change the function definition so to pass i,j inside:

This one does not execute at all
F2[i+1,j+1]<-sum(lapply(1:nrow(cells), function(rowInd,i,j) 
Fwithcellvalue(i=i,j=j,a=cells[rowInd,2],b=cells[rowInd,4],c=cells[rowInd,1],d=cells[rowInd,3],e=cells[rowInd,5])))
Error in paste("f", i, j, "(a,b,c,d)", sep = "") : argument "i" is missing, with no default


What do you think I should try out now?

Vielen Dank
Alex

--- On Mon, 4/18/11, Andreas Borg <andreas.b...@unimedizin-mainz.de> wrote:

From: Andreas Borg <andreas.b...@unimedizin-mainz.de>
Subject: Re: [R] mapply to lapply
To: "Alaios" <ala...@yahoo.com>
Cc: R-help@r-project.org
Date: Monday, April 18, 2011, 11:10 AM
My solution would be to use an index
variable that goes from 1 to the number of rows that are to
be processed, along with a helper function which calls
Fwithcellvalue with the suitable arguments:

F2[i+1,j+1]<-sum(lapply(1:nrow(cells), function(rowInd)
Fwithcellvalue(i=i,j=j,a=cells[rowInd,2],b=cells[rowInd,4],c=cells[rowInd,1],d=cells[rowInd,3],e=cells[rowInd,5]))


Best regards,

Andreas

Alaios schrieb:
Dear all,

I would like to ask your help concerning converting a
mapply function to lapply. The reason is that I would like
to use mclapply which requires lapply syntax.
The command I would like to convert is:

F2[i+1,j+1]<-sum(mapply(Fwithcellvalue,i=i,j=j,a=cells[,2],b=cells[,4],c=cells[,1],d=cells[,3],e=cells[,5]))
Could you please help me understand how I should
change it?
Best Regards
Alex

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-- Andreas Borg
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Institut für Medizinische Biometrie, Epidemiologie und
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