data <- replicate(5, rnorm(10))
colnames(data) <- paste("Sample", c(1:ncol(data)))
rownames(data) <- paste("Gene", c(1:nrow(data)))
data##passo1 dados2<-subset(data,abs(data[,4])>1.3) dados2 ## passo 2 dados3<-dados2[,-c(3,4,5)] dados3 On Apr 26 2020, at 12:22 pm, Fernando Souza <[email protected]> wrote: > > Acredito que sua solução é essa. > data <- replicate(5, rnorm(10)) > colnames(data) <- paste("Sample", c(1:ncol(data))) > rownames(data) <- paste("Gene", c(1:nrow(data))) > data > > dados2<-subset(data,abs(data[,4])>1.3) > dados2 > > > Att > On Apr 25 2020, at 8:47 pm, Marcelo Laia por (R-br) > <[email protected]> wrote: > > Prezado(a), Tenho o seguinte problema: data <- replicate(5, rnorm(10)) > > colnames(data) <- paste("Sample", c(1:ncol(data))) rownames(data) <- > > paste("Gene", c(1:nrow(data))) head(data) Sample 1 Sample 2 Sample 3 Sample > > 4 Sample 5 Gene 1 -1.29177540 2.61720282 -0.64705357 -2.05636255 0.5752323 > > Gene 2 -1.20619719 1.13791932 1.12844157 -0.04053514 1.2973240 Gene 3 > > -0.15952476 -0.56391140 -1.34226004 -1.21020574 -1.1353717 Gene 4 > > 1.58893451 -1.33082381 0.02267418 1.42659928 2.2377680 Gene 5 -0.56417983 > > -0.14454059 -0.14543579 0.43021823 -1.1564112 Gene 6 -0.01443123 0.08013149 > > 0.44877039 -0.38360173 1.7286058 Gene 7 -0.40133700 -0.84755154 -1.05251409 > > 1.87298617 0.7788947 Gene 8 -1.81773166 -1.50967753 0.30168885 1.06245963 > > 0.2409281 Gene 9 -2.27682903 0.83455263 -0.93035283 -0.49503281 -0.7293654 > > Gene 10 -0.19309118 -0.84698014 -0.12649364 -1.32398348 1.3218277 Eu desejo > > fazer um subset em um novo data.frame com os dados das colunas 1 e 2 > > (Sample 1 e Sample 2) baseados no valor absoluto da coluna 4 (Sample 4). Eu > > tentei o seguinte: mydata <- subset(data, (data[ ,4]>abs(1.3))) mydata > > Sample 1 Sample 2 Sample 3 Sample 4 Sample 5 Gene 4 1.588935 -1.3308238 > > 0.02267418 1.426599 2.2377680 Gene 7 -0.401337 -0.8475515 -1.05251409 > > 1.872986 0.7788947 No entanto, neste primeiro passo ele só pega os > > positivos da coluna 4 que são maiores que 1,3. Os valores negativos maiores > > que módulo de -1,3 são todos excluídos. No segundo passo eu excluiria as > > colunas 3, 4 e 5. myvars <- colnames(mydata) %in% c("Sample 3", "Sample 4", > > "Sample 5") mydata2 <- mydata[!myvars] Como não consegui obter o primeiro > > passo, o segundo também não rodou. Obrigado -- Marcelo > > _______________________________________________ R-br mailing list > > [email protected] > > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de > > postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo > > reproduzível. >
_______________________________________________ R-br mailing list [email protected] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
