Caro Walmes, Há algum tempo atrás, postei um dúvida sobre a função render do pacote Rmarkdown. Você me passou um bash script para poder fazer a compilação via terminal. Eu estou tendo um problem com este script. Eu não possuo em meu sistema a função "purl" utilizada no código. Já procurei na internet e não sei como obtê-la. Você poderia me ajudar?
Att. Em 16 de março de 2015 14:28, walmes . <[email protected]> escreveu: > Eu uso o Emacs para edição de documentos R. Para compilar eu abro um > terminal e dou instrução lá. Antes eu abria um terminal do linux e chamava > o R dentro. Hoje já uso um shell script que facilita bem mais as coisas. > Segue o shell script. Dentro tem o comentário logo no topo de como fazer o > link simbólico. > > ## COMEÇA ARQUIVO render > > #!/bin/bash > > # Seguir as intruções aqui > # https://github.com/rstudio/rmarkdown/blob/master/PANDOC.md para criar > # links simbólicos para o pandoc. No caso, tem-se que fazer > # $ sudo ln -s /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc /usr/local/bin > # $ sudo ln -s /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc-citeproc /usr/local/bin > # para poder usar esse bash. > > > #----------------------------------------------------------------------------- > # Compilar *.Rmd para *.html com rmarkdown::render. > # Walmes > Zeviani > > #----------------------------------------------------------------------------- > > echo > echo > "=============================================================================" > echo "Compilando *.Rmd para *.html com rmarkdown::render." > echo " > Walmes Zeviani" > echo > "=============================================================================" > echo > > > ##----------------------------------------------------------------------------- > ## > http://stackoverflow.com/questions/402377/using-getopts-in-bash-shell-script-to-get-long-and-short-command-line-options > > Options=$@ > Optnum=$# > > _usage() { > #-------------------------------------------- > # Shows how use. > cat <<EOF > render $Options > $* > Usage: render <[options]> file > > file Is a filename with extension *.Rmd. > > Options: > -h --help Show this message > -p --purl To purl the file > > EOF > } > if [ $# = 0 ]; then _usage; fi > > > #----------------------------------------------------------------------------- > # NOTE: This requires GNU getopt. On Mac OS X and FreeBSD, you have to > # install this separately. > > TEMP=`getopt -o hp --long help,purl -n 'render' -- "$@"` > if [ $? != 0 ] ; then echo "Terminating." >&2 ; exit 1 ; fi > > # Note the quotes around `$TEMP': they are essential! > eval set -- "$TEMP" > > PURL= > while true; do > case "$1" in > -h | --help ) > _usage > break > exit 1 > ;; > -p | --purl ) > PURL=true > shift > ;; > -- ) > shift; break ;; > * ) > _usage > break > exit 1 > ;; > esac > done > > INPUT=$1 > case "$INPUT" in > *.Rmd ) > echo; echo "Running rmarkdown::render(\"$INPUT\")."; echo > Rscript -e "require(knitr); require(rmarkdown); render(\"$INPUT\")" > ;; > *) > echo "The file $INPUT has a non supported file extension." > exit 1 > ;; > esac > > if [[ "$PURL" == "true" ]] > then > purl -n $INPUT > fi > > > ##----------------------------------------------------------------------------- > > ## Para fazer em batelada. > ## for file in `ls *.Rmd` > ## do > ## rmarkdownRender -p $file > ## done > > > ## FIM DO ARQUIVO render > > > Esse arquivo "render" você pode deixar na sua pasta "/bin" do linux. Tem > que dar permissão de execussão. Suponha que o arquivo seja criado num lugar > qualquer então execute esses passos. > > $ ls -l render ## Lista permissões. > $ chmod +x render ## Permite execução. > $ ls -l render ## Lista novamente. > $ sudo cp render /bin ## Copia para a pasta /bin > $ render nome_do_arquivo.Rmd ## Modo de usar. > > Eu na verdade prefiro deixar meus shell numa pasta própria ao inves da > /bin. Vamos supor que seja a /home/bashs. Você só precisa adicionar o PATH > ao conjunto de paths monitorados. Se faz isso incluindo a seguinte linha > dentro do seu arquivo /home/walmes/.bashrc > > export PATH=$PATH:/home/walmes/bashs/ > > À disposição. > Walmes. > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -- ======================================================================= Fernando Souza Zootecnista, DSc. Produção Animal e-mail:[email protected] https://producaoanimalcomr.wordpress.com/ ========================================================================
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