Pode fornecer este arquivo para rodar?
Olá.
Pessoal estou tentando analisar uma característica de OPG, utilizando
o pacote MCMCglmm, no entanto o mesmo requer uma matriz de parentesco.
Quando tento calcular a matriz 9a partir de um pedigree) utilizando a
função kin.morgan do pacote "gap" o programa R para e fecha. Creio que
seja o número de animais existente no pedigree (2011 animais), pois
quando utilizo um pedigree com menos animais (até 1000 animais)
consigo calcular.
setwd("D:\\ANALISES\\Alencariano J. S. Falcão - LINDENBERG")
dados=read.table("dados.txt",h=T)
dim(dados)
ped=read.table("gre.txt")
colnames(ped)=c("ani","pai","mae")
dim(ped)
outersect = function(x, y) {sort(c(setdiff(x, y), setdiff(y, x)))}
out=outersect(dados[,1],ped[,1])
length(out)
int=merge(dados,ped,by=intersect("ani","ani"))
dim(int)
library("gap") # pacote para calcular matriz de parentesco
A0=kin.morgan(ped) #funcao do pacote
A=2*A0$kin.matrix
Como posso calcular essa matriz?
--
GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS
ZOOTECNISTA - UFPI
DOUTORANDO EM CIÊNCIA ANIMAL-UFPI
TEL: (89) 9985-5488
.
---
Este email foi escaneado pelo Avast antivírus.
https://www.avast.com/antivirus
_______________________________________________
R-br mailing list
[email protected]
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código
mínimo reproduzível.
