André, mão está otimizado mas já te dá um norte.
Estou assumindo que o resp do plot é o rep do objeto dados
b <- sort(unique(dados$B)) # ou levels(dados$B)
modelos.summary <- vector(mode = 'list', length = length(b))
for (i in 1:length(b)) {
dados.modelo <- subset(x = dados, subset = B == b[i])
modelos.summary[[i]] <- summary(lm(y ~ rep, data = dados.modelo))
png(paste0("Gráfico ", b[i], ".png"))
plot(dados.modelo$y ~ dados.modelo$rep)
dev.off()
}
names(modelos.summary) <- b
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