Obrigado, Walmes. Vou analisar a rotina.
Att. 2015-05-10 23:10 GMT-03:00 Walmes Zeviani 2 [via R-br] < [email protected]>: > Segue uma rotina que pode ser útil ou servir de inspiração. > > > ##----------------------------------------------------------------------------- > > require(doBy) > require(multcomp) > > str(fat_data) > str(adi_data) > > adi_data$Conc <- factor(0, levels=c(0, levels(fat_data$Conc))) > > da <- merge(fat_data, adi_data, all=TRUE) > str(da) > > da$Conc <- factor(da$Conc, > levels=sort(as.numeric(levels(da$Conc)))) > da$Solo <- factor(da$Solo, levels=c("E","A","B","C","D")) > da$Sol <- factor(da$Sol, levels=c("Água","PO4","SO4")) > str(da) > > ftable(xtabs(~Solo+Sol+Conc, data=da)) > > ## Especificação do modelo completo. > m0 <- lm(Rep~Solo*Sol*Conc, data=da) > > ## Efeitos não estimáveis devido ausência de celas. > coef(m0) > > ## Quadro de anova. > anova(m0) > > ##-------------------------------------------- > ## TRUQUE: criar um conjunto de dados artificiais mas que seja um > ## fatorial completo. > > ## Dados artificiais. > fac <- c("Solo","Sol","Conc") > L <- lapply(fac, function(x) levels(da$x)) > > m0$xlevels > > ## Dados artificiais, possui todas as celas. > db <- do.call(what=expand.grid, args=m0$xlevels) > db$Rep <- runif(nrow(db)) > > ## Fatorial completo com um registro por cela. > ftable(xtabs(~Solo+Sol+Conc, data=db)) > > ## Com este, ajustar um modelo de mentira apenas para que se possa obter > ## a matriz de coeficientes para se chegar as médias marginais. > ## mb <- lm(formula(m0), data=db) > mb <- update(m0, data=db) > anova(mb) > > ## Ajustou sem restar graus de liberdade pois não colocou-se > ## repetições. Não é um problema pois quer-se apenas tirar proveito da > ## estrutura completa. > > sum(is.na(coef(mb))) ## Todos os efeitos estimados. > > ## Matriz para médias ajustadas de Solo. > t(LSmatrix(mb, effect="Solo")) > > ## Cuidado! Essa matriz não contém os pesos corretos. É muito útil em > ## experimentos fatorias completos, mas nos incompletos deve ser usada > ## com o devido cuidado. > > ## Nessa matriz, remover as colunas dos efeitos não estimáveis. Guardar > ## o nome dos efeitos estimados. > estm <- names(coef(m0))[!is.na(coef(m0))] > > ## Matriz do modelo com colunas correspondentes à efeitos estimáveis. > X <- model.matrix(m0)[, estm] > > ## Reajuste do modelo sem uso de fórmula, mas com o uso da matriz do > ## modelo contendo apenas colunas de efeitos estimáveis. > m1 <- lm(Rep~0+X, data=da) > > c(deviance(m0), deviance(m1)) ## São o mesmo modelo. > > ## Partindo a matriz do modelo. Havendo desbalanceamento (caselas > ## presentes com frequência não igual), esse passo precisa ser revisto e > ## adaptado. > > M <- by(data=X, INDICES=da$Solo, FUN=as.matrix) > ## M <- by(data=X, INDICES=da$Sol, FUN=as.matrix) > ## M <- by(data=X, INDICES=da$Conc, FUN=as.matrix) > > K <- t(sapply(M, FUN=colMeans)) > str(K) > > ## "Pesos". Os pesos estão corretos, diferente daquela retornada pela > ## LSmatrix(). > MASS::fractions(t(K)) > > ## Médias ajustadas. > K%*%coef(m1) > > ## Médias amostrais coincidem com as médias matriciais. > with(da, tapply(Rep, Solo, FUN=mean)) > ## with(da, tapply(Rep, Sol, FUN=mean)) > ## with(da, tapply(Rep, Conc, FUN=mean)) > > ## Médias ajustadas são sempre bem vindas pela maioria das pessoas mas > ## elas raramente fazem sentido. Por exemplo, fazem sentido se os > ## efeitos marginalizados são nulos (termo pode ser removido do modelo) > ## ou talvez considerados como aleatórios (esperança 0). > > ##-------------------------------------------- > ## Contrastes entre níveis de Solo. > > require(wzRfun) > > ## No caso de não desejar instalar o wzRfun, apenas copie o código da > ## função apc() para uma sessão R. Acesso pelo link: > ## https://raw.githubusercontent.com/walmes/wzRfun/master/R/apc.R > > source("https://raw.githubusercontent.com/walmes/wzRfun/master/R/apc.R";) > > G <- apc(K) > > summary(glht(m1, linfct=G), test=adjusted(type="fdr")) > ## summary(glht(m1, linfct=G), test=adjusted(type="bonferroni")) > > > ##----------------------------------------------------------------------------- > > À disposição. > Walmes. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4664466&i=0> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > ------------------------------ > If you reply to this email, your message will be added to the discussion > below: > > http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Fatorial-tiplo-com-dados-adicionais-tp4664459p4664466.html > To unsubscribe from R-br, click here > <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=YWxpc3Nvbi5sdWNyZWNpb0BpZmdvaWFuby5lZHUuYnJ8MzM1Nzk4MnwtNTI1NDI5NDE3> > . > NAML > <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml> > -- Alisson Lucrecio da Costa
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