Prezado Tura, var1 e var2 são variáveis qualitativas com 3 categorias cada (dummies multicategóricas). Na 1ª regressão, note que não há estimativas para var1A e var2A explicitamente porque essas categorias são usadas como referência (ou base) em cada variável. Isto é feito para evitar problemas de multicolinearidade perfeita (consulte os livros de econometria do GUJARATI ou do WOOLDRIDGE para rápida compreensão deste problema, conhecido como "armadilha da variável dummy"). O intercepto do 1º modelo é portanto o intercepto da regressão para o grupo de referência em que var1=A e var2=A. Já os coeficientes estimados da variável dummy de um determinado grupo representa a diferença estimada nos interceptos entre aquele grupo e o grupo-base. Por exemplo, 0.16 (valor do coeficiente de var1B) representa a diferença entre o intercepto deste grupo (var1=B e var2=A) e o intercepto do grupo-base (var1=A e var2=A). Na 2ª regressão, ao optar por excluir o intercepto, não há mais a necessidade de retirar uma categoria de cada variável dummy para evitar colinearidade perfeita. Agora pode-se escolher que uma das variáveis mantenham todas a suas categorias, desde que nas demais variáveis dummies se continue excluindo uma categoria que será utilizada como referência ou base. Note que agora o coeficiente var1A na 2ª regressão é justamente o mesmo valor do intercepto na 1ª regressão e os demais coeficientes da var1 são agora a soma dos coeficientes na 1ª regressão com o intercepto (por exemplo, o var1B da 2ª regressão = intercepto da 1ª regressão + var1B da 1ª regressão).
Espero ter ajudado, Rafael.
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