Ao comparar 2 aplicativos certifique-se:
1) a documentação de ambos se refere ao mesmo
modelo/estrutura/parametrização/suposição?
2) ambos estão utilizando o mesmo algorítimo de estimação, inclusive os
mesmos critérios de parada/convergência?
3) simule dados de estrutura/modelo/parâmetros conhecida e estime pelos
dois aplicativos.

Das 3 estruturas que você mencionou, eu nunca vi nada relacionado com a
terceira em implementações em R.

À disposição.
Walmes.
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mínimo reproduzível.

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