Qual o prejuízo de fazer um buscar/substituir dos pontos por nada dentro do arquivo? São muitos arquivos? Dá para fazer em batelada via shell linux
sed s/\\.//g lala.txt > lala2.txt em que lala.txt é o arquivo de dados e o lala2.txt está sem o separador de milhar. Além disso, é possível fazer o tratamento depois da leitura, o que considero mais demorado. Veja essas mensagens http://r.789695.n4.nabble.com/read-numeric-values-with-thousands-seperator-from-csv-file-td1477704.html À disposição. Walmes.
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