Pelo que entendi a lista "banda" que você enviou contem dados de
correlação e você quer selecionar apenas os cujo valor são menores ou
iguais a 0.3. Se for só isso você pode utilizar o comando:
f<-function(x) x[x<=0.3]
lapply(bandas,FUN=f)
Em 9 de outubro de 2014 18:57, Rodrigo Muniz <[email protected]
<mailto:[email protected]>> escreveu:
Caros,
Tenho uma dataframe com cerca de 1500 variáveis e gostaria de
saber a correlação entre essas variáveis, então gerei uma matriz
de correlação.
Como muitas variáveis estão altamente correlacionadas, eu gostaria
de selecionar apenas as variáveis que tenham, por exemplo, no
máximo uma correlação de 0,3. Para isso eu utilizei a função
findCorrelation do pacote caret. Pela descrição, a função foi
feita para isso, selecionar as variáveis mais correlacionadas,
considerando um limite de corte.
Como eu gostaria das variáveis menos correlacionadas, eu inverti
minha matriz de correlação, pelo seguinte comando:
as.matrix(sqrt((matrix.cor-1)^2), desta forma, a função
selecionaria as variáveis menos correlacionada.
No entanto, o resultado da função sempre me retorna bandas
altamente correlacionada. Por isso gostaria de fazer de uma forma
alternativa. Segue um pequeno exemplo para ajudar nas considerações.
Se alguém souber uma forma de programar para obter esse resultado,
aceito um direcionamento.
Desde já agradeço pela atenção.
require(caret)
filtro=c(0.7) #Este parâmetro foi criado para definir o liminar de
corte, como a #matriz está inversa, um valor de 0,7 que dizer que
a correlação máxima entre as #variáveis deve cer de 0,3.
matrix.cor <- as.data.frame(cor(bandas))# Gerar a matriz de correlação
banda.selecao=bandas[,findCorrelation(as.matrix(sqrt((matrix.cor-1)^2)),
cutoff=as.numeric(filtro), verbose=FALSE)] # selecionar
do dataframe #original apenas as variáveis com fraca correlação.
bandas=structure(list(X1417 = c(0.161042, 0.186075, 0.202966,
0.211156,
0.172813, 0.167929, 0.175015, 0.200225, 0.178143, 0.182516, 0.162152,
0.169258, 0.14955, 0.143907, 0.161655, 0.164643, 0.157703, 0.160282,
0.177145, 0.169043), X1366 = c(0.352479, 0.376561, 0.372766,
0.39279, 0.36767, 0.368855, 0.361146, 0.390109, 0.373625, 0.383793,
0.371615, 0.375047, 0.363033, 0.341382, 0.372219, 0.375438, 0.359356,
0.372921, 0.375115, 0.36681), X469 = c(0.07749, 0.098493, 0.083867,
0.101454, 0.087098, 0.088587, 0.079879, 0.083187, 0.087261, 0.091197,
0.085591, 0.091496, 0.081759, 0.093462, 0.094817, 0.089399, 0.087421,
0.08966, 0.097024, 0.084687), X1549 = c(0.233143, 0.262691, 0.266292,
0.280087, 0.247662, 0.242888, 0.237161, 0.269429, 0.25326, 0.260258,
0.239942, 0.244771, 0.224855, 0.211901, 0.237555, 0.242471, 0.232943,
0.234706, 0.248407, 0.243808), X1424 = c(0.149535, 0.176297,
0.193145, 0.197999, 0.16312, 0.156738, 0.165102, 0.190595, 0.165941,
0.171179, 0.149601, 0.158143, 0.139422, 0.131351, 0.150353, 0.153668,
0.145654, 0.149609, 0.162426, 0.158941), X1957 = c(0.045334,
0.078347, 0.055058, 0.071466, 0.04449, 0.052894, 0.066396, 0.087972,
0.053841, 0.073682, 0.068851, 0.04738, 0.044667, 0.060964, 0.061176,
0.065722, 0.052965, 0.05974, 0.07101, 0.076109), X1848 = c(0.247498,
0.280584, 0.274104, 0.278935, 0.252584, 0.256848, 0.235115, 0.274966,
0.268281, 0.267282, 0.255826, 0.23335, 0.237109, 0.230515, 0.262255,
0.258836, 0.2387, 0.265159, 0.271541, 0.265838), X1537 = c(0.218761,
0.248475, 0.254953, 0.264756, 0.233748, 0.230395, 0.224644, 0.256149,
0.236666, 0.24462, 0.223847, 0.229429, 0.210074, 0.198872, 0.220081,
0.227677, 0.217309, 0.21968, 0.231893, 0.226282), X1621 = c(0.285036,
0.31607, 0.313035, 0.331176, 0.302131, 0.300669, 0.290153, 0.323815,
0.307194, 0.318355, 0.298653, 0.303098, 0.285467, 0.269884, 0.297272,
0.301428, 0.291555, 0.300164, 0.302502, 0.299489), X1602 =
c(0.273662,
0.302662, 0.304277, 0.319991, 0.29179, 0.291713, 0.281382, 0.313998,
0.296813, 0.305874, 0.286391, 0.294462, 0.27532, 0.260575, 0.287217,
0.289802, 0.279721, 0.285657, 0.291856, 0.289307), X1865 =
c(0.199668,
0.229541, 0.230852, 0.245059, 0.226876, 0.215756, 0.207998, 0.254432,
0.20988, 0.226653, 0.206045, 0.194866, 0.195796, 0.183774, 0.214694,
0.231647, 0.207081, 0.208682, 0.223025, 0.199142), X1476 =
c(0.144097,
0.170145, 0.187837, 0.192702, 0.158221, 0.154393, 0.160075, 0.184072,
0.162413, 0.166724, 0.147404, 0.15375, 0.133576, 0.128008, 0.146151,
0.150793, 0.143929, 0.141969, 0.158288, 0.154279), X2034 =
c(0.081108,
0.110882, 0.100852, 0.109914, 0.109893, 0.06942, 0.128299, 0.139094,
0.10447, 0.125726, 0.118003, 0.075258, 0.090784, 0.055216, 0.102326,
0.101315, 0.08443, 0.123796, 0.104067, 0.102786), X1460 = c(0.136055,
0.161915, 0.177241, 0.184844, 0.149423, 0.143712, 0.150499, 0.173385,
0.150807, 0.156626, 0.138878, 0.145282, 0.125618, 0.120778, 0.138968,
0.139961, 0.133014, 0.132243, 0.150618, 0.144916), X1236 = c(0.41637,
0.440245, 0.422308, 0.453948, 0.428499, 0.436163, 0.427196, 0.454866,
0.433779, 0.451874, 0.447265, 0.44747, 0.44684, 0.422101, 0.451307,
0.452207, 0.436043, 0.454355, 0.44641, 0.437131), X1913 = c(0.049649,
0.06384, 0.080675, 0.0761, 0.062756, 0.056635, 0.074517, 0.084222,
0.054835, 0.05488, 0.06389, 0.058421, 0.054827, 0.050249, 0.063544,
0.066275, 0.057604, 0.072578, 0.070545, 0.061034), X1885 =
c(0.105368,
0.136086, 0.161411, 0.146339, 0.115904, 0.121671, 0.149059, 0.145293,
0.125417, 0.145147, 0.124081, 0.112018, 0.101411, 0.096761, 0.122112,
0.114244, 0.105535, 0.122283, 0.140519, 0.121402), X492 = c(0.080821,
0.102833, 0.088743, 0.10809, 0.093344, 0.096766, 0.083556, 0.089436,
0.091601, 0.100154, 0.089925, 0.096294, 0.087353, 0.097834, 0.102614,
0.09692, 0.096883, 0.094752, 0.102917, 0.089361), X1916 = c(0.037402,
0.063136, 0.08053, 0.071535, 0.059838, 0.0555, 0.060523, 0.079581,
0.044433, 0.055137, 0.055831, 0.054455, 0.054067, 0.055332, 0.062323,
0.0651, 0.05896, 0.075877, 0.069466, 0.064714), X1249 = c(0.416616,
0.440854, 0.423568, 0.455739, 0.428821, 0.436904, 0.42868, 0.455141,
0.432762, 0.45234, 0.447037, 0.448069, 0.445743, 0.420802, 0.455476,
0.453444, 0.43817, 0.454327, 0.444599, 0.437981)), .Names =
c("X1417",
"X1366", "X469", "X1549", "X1424", "X1957", "X1848", "X1537",
"X1621", "X1602", "X1865", "X1476", "X2034", "X1460", "X1236",
"X1913", "X1885", "X492", "X1916", "X1249"), row.names = c(NA,
20L), class = "data.frame")
--
*Rodrigo A. Muniz*
Eng. Agrônomo. Ms Produção Vegetal (UENF)
Doutorando em Engenharia de Sistemas Agrícolas (ESALQ/USP)
E-mail - [email protected] <mailto:[email protected]>
Cel (19) 98300-4333 (Pessoal)
_______________________________________________
R-br mailing list
[email protected] <mailto:[email protected]>
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e
forneça código mínimo reproduzível.
