Prezados,
estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: Genomic
prediction with rrBLUP 4
Jeffrey Endelman,June 15, 2013 . Ao rodar a análise igual ao solicitado no
manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a
dimensão correta desta matriz ??
Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados:
https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz
OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o
arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo
arquivo com os mesmos dados.
Abaixo segue a rotina:
GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";",
dec=",",header=TRUE)
parse.GBS <- function(x) {
unique.x <- unique(x)
alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))
y <- rep(0,length(x))
y[which(x==alleles[1])] <- -1
y[which(x==alleles[2])] <- 1
y[which(x=="N")] <- NA
return(y)
}
X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)
dim(X)
frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)})
length(which(frac.missing<0.5))
hist(frac.missing)
Desde já agradeço. Att,
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